seq1 = pF1KE3215.tfa, 1473 bp
seq2 = pF1KE3215/gi568815591f_107648874.tfa (gi568815591f:107648874_107859175), 210302 bp

>pF1KE3215 1473
>gi568815591f:107648874_107859175 (Chr7)

8-181  (100001-100174)   99% ->
182-282  (104538-104638)   100% ->
283-366  (105022-105105)   100% ->
367-440  (106545-106618)   100% ->
441-1473  (109270-110302)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 ACACTGACAATGAGTTACAAGGCACTAATAGTTCTGGATCCTTGGGTGGT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ACACAGACAATGAGTTACAAGGCACTAATAGTTCTGGATCCTTGGGTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 CTTGATGTTCGCAGACGAATTCCTATAAAGCTCATCTCCAAACAAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGATGTTCGCAGACGAATTCCTATAAAGCTCATCTCCAAACAAGCAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 CAAAGCGAAACCTGCACCGCGAACTCAAAGAACTATAAACAGGATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAAGCGAAACCTGCACCGCGAACTCAAAGAACTATAAACAGGATGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    158 CAAAGGCTCCACCTGGTGATGAAG         AAGGATTTGATTATAAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 CAAAGGCTCCACCTGGTGATGAAGGTA...CAGAAGGATTTGATTATAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199 GAAGAAGAACGGTATGACTGTAAAGGGGGTGAGCTGTTTGCAAATCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104555 GAAGAAGAACGGTATGACTGTAAAGGGGGTGAGCTGTTTGCAAATCAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249 AAGATTTCCTGGACACCTTTTTTGGGACTTTCAG         ATAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104605 AAGATTTCCTGGACACCTTTTTTGGGACTTTCAGGTA...CAGATAAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290 TCTTAGGTGAAAAGGATGATACACCAGTTCATTTCTGTGACAAGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105029 TCTTAGGTGAAAAGGATGATACACCAGTTCATTTCTGTGACAAGTGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340 TTGCCTATTAAAATCTATGGGAGAATG         ATTCCATGCAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105079 TTGCCTATTAAAATCTATGGGAGAATGGTA...CAGATTCCATGCAAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381 TGTTTTTTGCTATGACTGTGCTATTTTACATGAAAAAAAGGGAGATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106559 TGTTTTTTGCTATGACTGTGCTATTTTACATGAAAAAAAGGGAGATAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431 TGTGTCCAGG         CTGTAGTGATCCTGTGCAGCGAATTGAGCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106609 TGTGTCCAGGGTA...TAGCTGTAGTGATCCTGTGCAGCGAATTGAGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472 TGTACACGAGGTTCTCTCTTCATGTGTAGCATTGTTCAAGGGTGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109301 TGTACACGAGGTTCTCTCTTCATGTGTAGCATTGTTCAAGGGTGCAAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522 AACATATTTGTCTCAGAGAGACTTACAGGCTCATATCAACCATCGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109351 AACATATTTGTCTCAGAGAGACTTACAGGCTCATATCAACCATCGCCATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572 TGAGAGCTGGAAAACCTGTTACCCGTGCTTCACTTGAAAATGTTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109401 TGAGAGCTGGAAAACCTGTTACCCGTGCTTCACTTGAAAATGTTCATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    622 CCTATTGCCCCACCACCAACTGAAATCCCTGAGCGTTTTATAATGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109451 CCTATTGCCCCACCACCAACTGAAATCCCTGAGCGTTTTATAATGCCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    672 AGACAAGCACCATATGAGCCATATTCCGCCAAAGCAGCACATCATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109501 AGACAAGCACCATATGAGCCATATTCCGCCAAAGCAGCACATCATGATGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    722 CACCACCTCCTTTGCAACATGTGCCACATGAGCACTATAATCAGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109551 CACCACCTCCTTTGCAACATGTGCCACATGAGCACTATAATCAGCCACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    772 GAGGATATTCGTGCTCCTCCAGCAGAATTGTCCATGGCTCCACCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109601 GAGGATATTCGTGCTCCTCCAGCAGAATTGTCCATGGCTCCACCTCCACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822 TCGATCGGTCAGTCAGGAAACCTTTCGTATTTCAACAAGAAAACACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109651 TCGATCGGTCAGTCAGGAAACCTTTCGTATTTCAACAAGAAAACACAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    872 ATTTAATAACCGTCCCTATTCAGGATGACTCAAATTCAGGTGCTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109701 ATTTAATAACCGTCCCTATTCAGGATGACTCAAATTCAGGTGCTAGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922 CCACCACCTCCTGCCCCAGCACCTGCTCACCATCATCCTGAATATCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109751 CCACCACCTCCTGCCCCAGCACCTGCTCACCATCATCCTGAATATCAGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    972 TCAACCAGTGGTATCGCACCCTCATCATATTATGCCTCCACAGCAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109801 TCAACCAGTGGTATCGCACCCTCATCATATTATGCCTCCACAGCAACATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1022 ATGCACCACCCCCACCTCCTCCACCACCAATAAGCCATCCAATGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109851 ATGCACCACCCCCACCTCCTCCACCACCAATAAGCCATCCAATGCCACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1072 CCTCCCCAGGCTGCAGGTACTCCTCACTTGGTATATAGCCAAGCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109901 CCTCCCCAGGCTGCAGGTACTCCTCACTTGGTATATAGCCAAGCTCCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1122 TCCACCAATGACCTCTGCTCCACCACCAATAACCCCTCCCCCTGGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109951 TCCACCAATGACCTCTGCTCCACCACCAATAACCCCTCCCCCTGGACATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1172 TTATTGCCCAGATGCCACCTTATATGAATCATCCTCCTCCAGGACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110001 TTATTGCCCAGATGCCACCTTATATGAATCATCCTCCTCCAGGACCTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1222 CCACCTCAACATGGTGGTCCACCTGTAACTGCACCCCCTCCTCACCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110051 CCACCTCAACATGGTGGTCCACCTGTAACTGCACCCCCTCCTCACCATTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1272 TAATCCTAACTCATTACCCCAGTTCACTGAAGATCAAGGAACTCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110101 TAATCCTAACTCATTACCCCAGTTCACTGAAGATCAAGGAACTCTGAGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1322 CTCCATTTACACAACCAGGGGGAATGAGTCCTGGTATATGGCCTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110151 CTCCATTTACACAACCAGGGGGAATGAGTCCTGGTATATGGCCTGCACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1372 AGAGGGCCACCACCACCTCCACGATTGCAGGGTCCGCCTTCTCAAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110201 AGAGGGCCACCACCACCTCCACGATTGCAGGGTCCGCCTTCTCAAACCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1422 ACTTCCTGGACCACATCATCCAGATCAGACAAGATATAGACCGTATTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110251 ACTTCCTGGACCACATCATCCAGATCAGACAAGATATAGACCGTATTACC

   1500 
   1472 AA
        ||
 110301 AA