seq1 = pF1KE3213.tfa, 1473 bp
seq2 = pF1KE3213/gi568815589r_92515835.tfa (gi568815589r:92515835_92769988), 254154 bp

>pF1KE3213 1473
>gi568815589r:92515835_92769988 (Chr9)

(complement)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-129  (111308-111355)   100% ->
130-225  (113438-113533)   100% ->
226-292  (117350-117416)   100% ->
293-414  (120415-120536)   100% ->
415-504  (121841-121930)   100% ->
505-563  (127179-127237)   100% ->
564-636  (129207-129279)   100% ->
637-916  (131709-131988)   100% ->
917-1067  (134681-134831)   100% ->
1068-1170  (135501-135603)   100% ->
1171-1250  (150424-150503)   100% ->
1251-1473  (153932-154154)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAGGGGAAGATGGACGAGAATGAATGGGGGTACCACGGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGAGGGGAAGATGGACGAGAATGAATGGGGGTACCACGGAGAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATAAGAGCCTGGTGGTGGCCCACGCGCAG         CGCTGCGTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 CAATAAGAGCCTGGTGGTGGCCCACGCGCAGGTG...CAGCGCTGCGTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGCGGTTTCTGAAGTTTCCTCCAAATAGGAAGAAG         ACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111318 TGCTGCGGTTTCTGAAGTTTCCTCCAAATAGGAAGAAGGTA...CAGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCGGAAGAGATATTTCAACACCTGCAGAACATAGTGGACTTTGGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113441 TCGGAAGAGATATTTCAACACCTGCAGAACATAGTGGACTTTGGGAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTCATGAAGGAGTTTTTGGGGGAGAACTATGTTCATTATGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113491 TGTCATGAAGGAGTTTTTGGGGGAGAACTATGTTCATTATGGGGTA...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   GAGGTCGTTCAGCTACCTTTAGAGTTTGTGAAACAGCTTTGTTTAAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117348 AGGAGGTCGTTCAGCTACCTTTAGAGTTTGTGAAACAGCTTTGTTTAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATACAATCTGAAAGACCAG         AGTCTCGCTGTGACAAGGACCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 117398 ATACAATCTGAAAGACCAGGTA...CAGAGTCTCGCTGTGACAAGGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGATACTCTCAGTGGTTACGCTATGTGCCTTCCTAATTTAACCAGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120437 GGATACTCTCAGTGGTTACGCTATGTGCCTTCCTAATTTAACCAGACTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAACCTACCGCTTTGCAGAGCACCGGCCGATTCTGTGTGTAGAGATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120487 AAACCTACCGCTTTGCAGAGCACCGGCCGATTCTGTGTGTAGAGATTAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415          CCAAAATGTGGGTTTATTCCTTTCTCGAGTGATGTCACGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120537 GTG...CAGCCAAAATGTGGGTTTATTCCTTTCTCGAGTGATGTCACGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGAGATGAAGCATAAGGTCTGTCGATACTGCATGCACCAGCACCTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 121882 TGAGATGAAGCATAAGGTCTGTCGATACTGCATGCACCAGCACCTCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505         GTAGCAACTGGGAAGTGGAAGCAGATCAGCAAATACTGTCCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121932 TG...CAGGTAGCAACTGGGAAGTGGAAGCAGATCAGCAAATACTGTCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTTGATCTCTACTCAGG         AAACAAACAGAGAATGCACTTTGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 127221 CTTGATCTCTACTCAGGGTA...TAGAAACAAACAGAGAATGCACTTTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CTTGAAGAGTTTGCTGCAGGAGGCACAGAACAACTTGAAGATATTTAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 129231 CTTGAAGAGTTTGCTGCAGGAGGCACAGAACAACTTGAAGATATTTAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637         AATGGTGAGCTGATTTACGGCTGCAAAGATGCCCGGAGCCCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129281 TA...AAGAATGGTGAGCTGATTTACGGCTGCAAAGATGCCCGGAGCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GTGGCTGACTGGAGCGAGCTTGCACACCACCTGAAGCCGTTCTTCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131751 GTGGCTGACTGGAGCGAGCTTGCACACCACCTGAAGCCGTTCTTCTTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TTCCAACGGCCTGGCCAGTGGGCCCCACTGCACAAGGGCTGTGATCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131801 TTCCAACGGCCTGGCCAGTGGGCCCCACTGCACAAGGGCTGTGATCAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGCTGGTGCACGTGATCACACGGGTGCTGCTGAGTGGCTCGGACAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131851 AGCTGGTGCACGTGATCACACGGGTGCTGCTGAGTGGCTCGGACAAGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGGGCAGGCACCCTGAGTCCGGGGCTCGGGCCTCAGGGCCCGCGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131901 CGGGCAGGCACCCTGAGTCCGGGGCTCGGGCCTCAGGGCCCGCGAGTCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CGAAGCCAGCCCTTTCAGTAGGAGCCTTCGCTGCCAAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 131951 CGAAGCCAGCCCTTTCAGTAGGAGCCTTCGCTGCCAAGGTA...TAGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAAACACCCCAGAGCGCTCGGGGTTACCGAAGGGCTGTCTTCTGTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134684 AAAACACCCCAGAGCGCTCGGGGTTACCGAAGGGCTGTCTTCTGTACAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACCCTCCAGGTGCAGATGTTGGACCTGCTGGACATCGAAGGCCTCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134734 ACCCTCCAGGTGCAGATGTTGGACCTGCTGGACATCGAAGGCCTCTACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCTGTACAACCGGGTTGAGCGATACCTGGAAGAGTTTCCCGAGGAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 134784 TCTGTACAACCGGGTTGAGCGATACCTGGAAGAGTTTCCCGAGGAGAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1068        AAAAACCTTACAAATAGATGGGCCTTATGATGAAGCATTTTAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134834 G...CAGAAAAACCTTACAAATAGATGGGCCTTATGATGAAGCATTTTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CAGAAGCTGCTTGACCTTTCCACTGAGGATGACGGGACAGTGGCCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135544 CAGAAGCTGCTTGACCTTTCCACTGAGGATGACGGGACAGTGGCCTTCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCTAACGAAG         GTGCAGCAGTACCGCGTCGCCATGACTGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 135594 GCTAACGAAGGTG...CAGGTGCAGCAGTACCGCGTCGCCATGACTGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGGACTGCTCCATCATGATTGCACTGTCTCCCTGTCTGCAGGATGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 150455 AGGACTGCTCCATCATGATTGCACTGTCTCCCTGTCTGCAGGATGCCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251         CTCTGATCAAAGGCCTGTCGTCCCTTCATCGAGGTCCAGGTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150505 TG...CAGCTCTGATCAAAGGCCTGTCGTCCCTTCATCGAGGTCCAGGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGCCTTTTCCGTGTCTGTGCTGGACCTTGACCTCAAGCCCTACGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153974 TGCCTTTTCCGTGTCTGTGCTGGACCTTGACCTCAAGCCCTACGAGAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTCCCCATCAGTATAAACTGGACGGCAAGATCGTCAACTATTATTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154024 TTCCCCATCAGTATAAACTGGACGGCAAGATCGTCAACTATTATTCAAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 ACTGTACGTGCCAAAGACAACGCCGTGATGTCGACTCGGTTCAAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154074 ACTGTACGTGCCAAAGACAACGCCGTGATGTCGACTCGGTTCAAGGAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :
   1443 CGAAGATTGCACATTAGTTCTCCACAAGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 154124 CGAAGATTGCACATTAGTTCTCCACAAGGTC