seq1 = pF1KE3211.tfa, 1437 bp
seq2 = pF1KE3211/gi568815589r_132625691.tfa (gi568815589r:132625691_132978255), 352565 bp

>pF1KE3211 1437
>gi568815589r:132625691_132978255 (Chr9)

(complement)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-169  (103057-103141)   100% ->
170-219  (111303-111352)   100% ->
220-333  (114478-114591)   100% ->
334-402  (123331-123399)   100% ->
403-484  (149530-149611)   100% ->
485-556  (150172-150243)   100% ->
557-757  (151202-151402)   100% ->
758-889  (154920-155051)   100% ->
890-979  (163529-163618)   100% ->
980-1121  (185481-185622)   100% ->
1122-1202  (250722-250802)   100% ->
1203-1437  (252331-252565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCCACTATCGCCCCGCACCGTATCCCCCCCGAGATGCCCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCCACTATCGCCCCGCACCGTATCCCCCCCGAGATGCCCCAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGAGGAGAACCACATCTTCGAGTTGATGCAG         AACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CGGGGAGGAGAACCACATCTTCGAGTTGATGCAGGTG...CAGAACATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGCAACTCCTGATCCACCAGCCCGAAGATCCCATCCCCTTCATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103064 TGGAGCAACTCCTGATCCACCAGCCCGAAGATCCCATCCCCTTCATGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCACTTGCATAGAGACAACGACAATG         TGCCCAGGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103114 CAGCACTTGCATAGAGACAACGACAATGGTG...CAGTGCCCAGGATTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATATTAGGTCCACCCGCCTCAGGGAAAACAACAATA         GCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 111316 AATATTAGGTCCACCCGCCTCAGGGAAAACAACAATAGTA...CAGGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGTGGCTCTGCAAACATCTGAACAGCAGTCTCCTCACCCTGGAGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114482 TGTGGCTCTGCAAACATCTGAACAGCAGTCTCCTCACCCTGGAGAACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATCTTAAATGAGTTTTCCTATACGGCCACCGAAGCCAGAAGGCTTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114532 ATCTTAAATGAGTTTTCCTATACGGCCACCGAAGCCAGAAGGCTTTATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCAAAGGAAG         ACAGTTCCCAGCGCGCTGCTCGTCCAGCTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 114582 GCAAAGGAAGGTA...CAGACAGTTCCCAGCGCGCTGCTCGTCCAGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTCAGGAACGCCTGGCTGAAGAGGATTGCATCAAGCAG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123362 TTCAGGAACGCCTGGCTGAAGAGGATTGCATCAAGCAGGTA...TAGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TGGATTCTGGATGGCATCCCTGAGACGCGTGAGCAGGCTCTGAGGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149533 TGGATTCTGGATGGCATCCCTGAGACGCGTGAGCAGGCTCTGAGGATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GACCCTGGGGATCACACCCAGACACGTCA         TTGTGCTGAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 149583 GACCCTGGGGATCACACCCAGACACGTCAGTG...CAGTTGTGCTGAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CTCCAGACACGGTCCTGATCGAGAGAAACTTGGGGAAGAGAATCGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150184 CTCCAGACACGGTCCTGATCGAGAGAAACTTGGGGAAGAGAATCGACCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CAAACTGGAG         AGATTTATCACACCACCTTTGACTGGCCACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 150234 CAAACTGGAGGTA...TAGAGATTTATCACACCACCTTTGACTGGCCACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CGAATCTGAAATCCAGAACCGTCTCATGGTGCCAGAGGACATCTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151233 CGAATCTGAAATCCAGAACCGTCTCATGGTGCCAGAGGACATCTCAGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGAGACGGCTCAGAAACTGCTGGAGTATCATAGGAACATCGTCAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151283 TGGAGACGGCTCAGAAACTGCTGGAGTATCATAGGAACATCGTCAGGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATTCCCTCCTACCCCAAAATCCTCAAAGTCATCAGTGCTGACCAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151333 ATTCCCTCCTACCCCAAAATCCTCAAAGTCATCAGTGCTGACCAGCCATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTGGACGTCTTCTACCAGG         CTCTGACCTATGTCCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 151383 TGTGGACGTCTTCTACCAGGGTA...CAGCTCTGACCTATGTCCAAAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACCATCGTACTAATGCCCCGTTCACCCCGAGGGTGCTGCTGCTCGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154941 ACCATCGTACTAATGCCCCGTTCACCCCGAGGGTGCTGCTGCTCGGGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTGGGCAGTGGGAAAAGTCTGCAGGCCGCCCTCCTGGCCCAGAAATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154991 GTGGGCAGTGGGAAAAGTCTGCAGGCCGCCCTCCTGGCCCAGAAATACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCTTGTCAATG         TCTGCTGTGGGCAACTGCTGAAAGAGGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 155041 GCTTGTCAATGGTG...CAGTCTGCTGTGGGCAACTGCTGAAAGAGGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGCAGATAGGACCACGTTTGGCGAGCTCATCCAGCCCTTCTTTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163559 TGGCAGATAGGACCACGTTTGGCGAGCTCATCCAGCCCTTCTTTGAAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGATGGCAG         TTCCTGACAGCCTCCTCATGAAGGTGCTGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 163609 GAGATGGCAGGTA...CAGTTCCTGACAGCCTCCTCATGAAGGTGCTGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCAGCGCCTGGACCAGCAGGACTGCATCCAGAAAGGCTGGGTGCTACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185512 CCAGCGCCTGGACCAGCAGGACTGCATCCAGAAAGGCTGGGTGCTACACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCGTCCCGCGGGACCTCGACCAGGCACACCTGCTGAACCGCCTGGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185562 GCGTCCCGCGGGACCTCGACCAGGCACACCTGCTGAACCGCCTGGGCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AATCCCAACAG         GGTGTTTTTCCTGAATGTGCCATTTGATTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 185612 AATCCCAACAGGTG...TAGGGTGTTTTTCCTGAATGTGCCATTTGATTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CATCATGGAGCGGCTGACTCTGAGAAGAATTGATCCAGTCACTGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250752 CATCATGGAGCGGCTGACTCTGAGAAGAATTGATCCAGTCACTGGGGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 G         GTACCACCTCATGTACAAGCCACCTCCCACCATGGAGATC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250802 GGTT...CAGGTACCACCTCATGTACAAGCCACCTCCCACCATGGAGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CAGGCTCGCCTCCTGCAGAACCCAAAGGATGCTGAAGAGCAGGTCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252371 CAGGCTCGCCTCCTGCAGAACCCAAAGGATGCTGAAGAGCAGGTCAAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GAAAATGGACCTGTTCTACAGGAACTCAGCTGACTTGGAGCAGTTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252421 GAAAATGGACCTGTTCTACAGGAACTCAGCTGACTTGGAGCAGTTGTATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GGTCGGCCATCACCCTCAATGGGGACCAGGACCCATACACAGTCTTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252471 GGTCGGCCATCACCCTCAATGGGGACCAGGACCCATACACAGTCTTCGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1393 TACATCGAGAGTGGGATCATTAATCCCCTGCCCAAGAAAATCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252521 TACATCGAGAGTGGGATCATTAATCCCCTGCCCAAGAAAATCCCC