seq1 = pF1KE3208.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KE3208/gi568815597r_228308566.tfa (gi568815597r:228308566_228515072), 206507 bp

>pF1KE3208 1071
>gi568815597r:228308566_228515072 (Chr1)

(complement)

1-429  (100001-100429)   100% ->
430-525  (101181-101276)   100% ->
526-756  (103897-104127)   100% ->
757-779  (105662-105684)   100% ->
780-885  (105798-105905)   97% ->
886-1071  (106322-106507)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCTGTGGAACTCGCCAGAAAACTGCAGGAGGAAGCTACGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCTGTGGAACTCGCCAGAAAACTGCAGGAGGAAGCTACGTGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTGTCTGGATTACTTCACAGACCCTGTGATGACCACCTGTGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTGTCTGGATTACTTCACAGACCCTGTGATGACCACCTGTGGCCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCTGCCGAGCCTGCATCCAGCTGAGCTGGGAAAAGGCGAGGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCTGCCGAGCCTGCATCCAGCTGAGCTGGGAAAAGGCGAGGGGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGGGAGGCGGAAGCGGAAGGGCTCCTTCCCCTGCCCCGAGTGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGGGAGGCGGAAGCGGAAGGGCTCCTTCCCCTGCCCCGAGTGCAGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATGTCCCCGCAGAGGAACCTGCTGCCCAACCGGCTGCTGACCAAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATGTCCCCGCAGAGGAACCTGCTGCCCAACCGGCTGCTGACCAAGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGAGATGGCGCAGCAGCATCCTGGTCTGCAGAAGCAAGACCTGTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGAGATGGCGCAGCAGCATCCTGGTCTGCAGAAGCAAGACCTGTGCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGCACCACGAGCCCCTCAAGCTTTTCTGCCAGAAGGACCAGAGCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGCACCACGAGCCCCTCAAGCTTTTCTGCCAGAAGGACCAGAGCCCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGTGTGGTGTGCAGGGAGTCCCGGGAGCACCGGCTGCACAGGGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGTGTGGTGTGCAGGGAGTCCCGGGAGCACCGGCTGCACAGGGTGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGCCGAGGAGGCAGTGCAGGGGTACAAG         TTGAAGCTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100401 CCGCCGAGGAGGCAGTGCAGGGGTACAAGGTA...CAGTTGAAGCTGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGGACATGGAGTACCTTCGGGAGCAGATCACCAGGACAGGGAATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101193 GAGGACATGGAGTACCTTCGGGAGCAGATCACCAGGACAGGGAATCTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCCAGGGAGGAGCAGAGCTTAGCCGAGTGGCAG         GGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101243 GGCCAGGGAGGAGCAGAGCTTAGCCGAGTGGCAGGTG...CAGGGCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAAGGAGCGGAGAGAACGCATTGTGCTGGAGTTTGAGAAGATGAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103904 TGAAGGAGCGGAGAGAACGCATTGTGCTGGAGTTTGAGAAGATGAACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TACCTGGTGGAAGAAGAGCAGAGGCTCCTCCAGGCTCTGGAGACGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103954 TACCTGGTGGAAGAAGAGCAGAGGCTCCTCCAGGCTCTGGAGACGGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGAGGAGACTGCCAGCAGGCTCCGGGAGAGCGTGGCCTGCCTGGACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104004 AGAGGAGACTGCCAGCAGGCTCCGGGAGAGCGTGGCCTGCCTGGACCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGGTCACTCTCTGGAGCTGCTGCTGCTGCAGCTGGAGGAGCGGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104054 AGGGTCACTCTCTGGAGCTGCTGCTGCTGCAGCTGGAGGAGCGGAGCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAGGGGCCCCTCCAGATGCTGCAG         GACATGAAGGAACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104104 CAGGGGCCCCTCCAGATGCTGCAGGTG...CAGGACATGAAGGAACCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAGCAG         GAAGAACAACGTGAGTGTGCAGTGCCCAGAGGTTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105679 GAGCAGGTA...GAGGAAGAACAACGTGAGTGTGCAGTGCCCAGAGGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCCCCCAACCAGACCCAGGACTGTGTGCAGAGTTCCCGGACAGATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105833 CCCCCCCAACCAGACCCAGGACTGTGTGCAGAGTTCCCGGACAGATTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGCTAAGAGGCTTTCTAG  AG         AGGATGTGGTGCCTGATG
        |||||||||||||||||||--| >>>...>>>||||||||||||||||||
 105883 GTGCTAAGAGGCTTTCTAGGTAAGTG...CAGAGGATGTGGTGCCTGATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904 CCACCTCCGCGTACCCCTACCTCCTCCTGTATGAGAGCCGCCAGAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106340 CCACCTCCGCGTACCCCTACCTCCTCCTGTATGAGAGCCGCCAGAGGCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    954 TACCTCGGCTCTTCGCCGGAGGGCAGTGGGTTCTGCAGCAAGGACCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106390 TACCTCGGCTCTTCGCCGGAGGGCAGTGGGTTCTGCAGCAAGGACCGATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1004 TGTGGCTTACCCCTGTGCTGTGGGCCAGACGGCCTTCTCCTCTGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106440 TGTGGCTTACCCCTGTGCTGTGGGCCAGACGGCCTTCTCCTCTGGGAGGC

   1100     .    :    .
   1054 ACTACTGGGAGGTGGGCA
        ||||||||||||||||||
 106490 ACTACTGGGAGGTGGGCA