seq1 = pF1KE3202.tfa, 1413 bp
seq2 = pF1KE3202/gi568815575r_54833406.tfa (gi568815575r:54833406_55094007), 260602 bp

>pF1KE3202 1413
>gi568815575r:54833406_55094007 (ChrX)

(complement)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-223  (130626-130751)   100% ->
224-317  (133091-133184)   100% ->
318-384  (134115-134181)   100% ->
385-459  (135083-135157)   100% ->
460-516  (135646-135702)   100% ->
517-638  (137734-137855)   100% ->
639-846  (141896-142103)   100% ->
847-993  (144787-144933)   100% ->
994-1098  (148465-148569)   100% ->
1099-1228  (156284-156413)   100% ->
1229-1291  (158999-159061)   100% ->
1292-1356  (160123-160187)   100% ->
1357-1413  (160546-160602)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCCAGAGATGGGAGAGCTCACCCAAACCAGGTTGCAGAAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCCAGAGATGGGAGAGCTCACCCAAACCAGGTTGCAGAAGATCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTCCACACAGCAGCGGCAGCAGCAGGCTGCAACGGAGAAGGGGCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 GATTCCACACAGCAGCGGCAGCAGCAGGCTGCAACGGAGAAGGGGCTGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       CATCCATACCCCAGTTTACCAATTCCCCCACAATGGTGATCATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGCATCCATACCCCAGTTTACCAATTCCCCCACAATGGTGATCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGGTTTACCAGCTCGAGGCAAGACCTATATCTCCACAAAGCTCACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130670 GTGGGTTTACCAGCTCGAGGCAAGACCTATATCTCCACAAAGCTCACACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATATCTCAACTGGATAGGAACACCAACTAAAG         TGTTTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 130720 ATATCTCAACTGGATAGGAACACCAACTAAAGGTA...CAGTGTTTAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGGCCAGTATCGACGAGAGGCAGTGAGCTACAAGAACTATGAATTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133100 TAGGCCAGTATCGACGAGAGGCAGTGAGCTACAAGAACTATGAATTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTCCAGACAACATGGAAGCCCTGCAAATCAGGAA         GCAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 133150 CTTCCAGACAACATGGAAGCCCTGCAAATCAGGAAGTA...CAGGCAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGCCCTGGCAGCCCTGAAGGATGTTCACAACTATCTCAGCCATGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134121 CGCCCTGGCAGCCCTGAAGGATGTTCACAACTATCTCAGCCATGAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCATGTTGCG         GTTTTTGATGCCACCAACACTACCAGAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 134171 GTCATGTTGCGGTA...TAGGTTTTTGATGCCACCAACACTACCAGAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGACGGTCACTGATCCTGCAGTTTGCAAAAGAACATGGTTACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 135113 CGACGGTCACTGATCCTGCAGTTTGCAAAAGAACATGGTTACAAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460     GTGTTTTTCATTGAGTCCATTTGTAATGACCCTGGCATAATTGCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135163 .TAGGTGTTTTTCATTGAGTCCATTTGTAATGACCCTGGCATAATTGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAAACATCAGG         CAAGTGAAACTTGGCAGCCCTGATTATATA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 135692 AAAACATCAGGGTA...CAGCAAGTGAAACTTGGCAGCCCTGATTATATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACTGTGACCGGGAAAAGGTTCTGGAAGACTTTCTAAAGAGAATTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137764 GACTGTGACCGGGAAAAGGTTCTGGAAGACTTTCTAAAGAGAATTGAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTATGAGGTCAACTACCAACCCTTGGATGAGGAACTGGACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 137814 CTATGAGGTCAACTACCAACCCTTGGATGAGGAACTGGACAGGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639  CCACCTGTCCTACATCAAGATCTTCGACGTGGGCACACGCTACATGGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141895 GCCACCTGTCCTACATCAAGATCTTCGACGTGGGCACACGCTACATGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AACCGAGTGCAGGATCACATCCAGAGCCGCACAGTCTACTACCTCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141945 AACCGAGTGCAGGATCACATCCAGAGCCGCACAGTCTACTACCTCATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TATCCATGTCACACCTCGCTCCATCTACCTTTGCCGACATGGCGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141995 TATCCATGTCACACCTCGCTCCATCTACCTTTGCCGACATGGCGAGAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AACTCAACATCAGAGGCCGCATCGGAGGTGACTCTGGCCTCTCAGTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142045 AACTCAACATCAGAGGCCGCATCGGAGGTGACTCTGGCCTCTCAGTTCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGCAAGCAG         TATGCCTATGCCCTGGCCAACTTCATTCAGTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 142095 GGCAAGCAGGTA...TAGTATGCCTATGCCCTGGCCAACTTCATTCAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCAGGGCATCAGCTCCCTGAAGGTGTGGACCAGTCACATGAAGAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144819 CCAGGGCATCAGCTCCCTGAAGGTGTGGACCAGTCACATGAAGAGGACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCCAGACAGCTGAGGCCCTGGGTGTCCCCTATGAGCAGTGGAAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144869 TCCAGACAGCTGAGGCCCTGGGTGTCCCCTATGAGCAGTGGAAGGCCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATGAGATTGATGCG         GGTGTCTGTGAGGAGATGACCTATGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 144919 AATGAGATTGATGCGGTG...CAGGGTGTCTGTGAGGAGATGACCTATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAAATCCAGGAACATTACCCTGAAGAATTTGCACTGCGAGACCAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148491 AGAAATCCAGGAACATTACCCTGAAGAATTTGCACTGCGAGACCAAGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AATATCGCTACCGCTATCCCAAGGGAGAG         TCCTATGAGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 148541 AATATCGCTACCGCTATCCCAAGGGAGAGGTA...TAGTCCTATGAGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGGTTCAGCGTCTGGAGCCAGTGATAATGGAGCTAGAACGACAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156296 CTGGTTCAGCGTCTGGAGCCAGTGATAATGGAGCTAGAACGACAGGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGTACTGGTGATCTGCCACCAGGCTGTCATGCGGTGCCTCCTGGCCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156346 TGTACTGGTGATCTGCCACCAGGCTGTCATGCGGTGCCTCCTGGCCTATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCTGGATAAAAGTTCAG         ATGAGCTTCCATATCTCAAGTGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 156396 TCCTGGATAAAAGTTCAGGTA...TAGATGAGCTTCCATATCTCAAGTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CCTCTGCACACAGTGCTCAAACTCACTCCTGTGGCTTATG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 159022 CCTCTGCACACAGTGCTCAAACTCACTCCTGTGGCTTATGGTA...AAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CTGCAAAGTGGAATCCATCTACCTGAATGTGGAGGCCGTGAACACACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160124 CTGCAAAGTGGAATCCATCTACCTGAATGTGGAGGCCGTGAACACACACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GGGAGAAGCCTGAG         AATGTGGACATCACCCGGGAACCTGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 160174 GGGAGAAGCCTGAGGTA...CAGAATGTGGACATCACCCGGGAACCTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :
   1384 GAAGCCCTGGATACTGTCCCAGCCCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 160573 GAAGCCCTGGATACTGTCCCAGCCCACTAC