seq1 = pF1KE3195.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KE3195/gi568815580f_11589564.tfa (gi568815580f:11589564_11981132), 391569 bp

>pF1KE3195 1374
>gi568815580f:11589564_11981132 (Chr18)

1-376  (100001-100376)   99% ->
377-449  (163290-163362)   100% ->
450-504  (164065-164119)   100% ->
505-624  (164263-164382)   100% ->
625-722  (235355-235452)   100% ->
723-777  (272832-272886)   100% ->
778-851  (274970-275043)   100% ->
852-910  (277605-277663)   100% ->
911-1031  (278980-279100)   100% ->
1032-1162  (282705-282835)   100% ->
1163-1230  (287058-287125)   100% ->
1231-1374  (291426-291569)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCTGTGCTACAGTCTGCGGCCGCTGCTTTTCGGGGGCCCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCTGTGCTACAGTCTGCGGCCGCTGCTTTTCGGGGGCCCAGGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACCCCTGCGCGGCCTCGGAGCCGCCGGTGGAGGACGCGCAGCCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGACCCCTGCGCGGCCTCGGAGCCGCCGGTGGAGGACGCGCAGCCCGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCCCCGGCCCTGGCCCCAGTCCGGGCGGCCGCAAGGGACACGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCCCCGGCCCTGGCCCCAGTCCGGGCGGCCGCAAGGGACACGGCCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCTGCTCCCTCGGGGCGGCGAAGGGAGCCCGGCATGCGCTCGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCCTGCTCCCTCGGGGCGGCGAAGGGAGCCCGGCATGCGCTCGGCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCAGACAAGCCGAAGGAGAAGCGGCAGCGCACCGAGCAGCTTAGTGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100201 AGCAGACAAGCCGAAGGAGAAGCGGCAGCGCACCGAGCAGCTGAGTGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGAGCGCGAGGCGGCCAAGGAGCGCGAGGCGGTCAAGGAGGCGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGAGCGCGAGGCGGCCAAGGAGCGCGAGGCGGTCAAGGAGGCGAGGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGAGCCGGGGCATCGACCGCATGCTGCGCGACCAGAAGCGCGACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGAGCCGGGGCATCGACCGCATGCTGCGCGACCAGAAGCGCGACCTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGACGCACCGGCTCCTGCTGCTCG         GGGCTGGTGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100351 GCAGACGCACCGGCTCCTGCTGCTCGGTA...CAGGGGCTGGTGAGTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGAAAAGCACTATCGTCAAACAGATGAGGATCCTGCACGTCAATGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163305 GGAAAAGCACTATCGTCAAACAGATGAGGATCCTGCACGTCAATGGGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AATCCCGA         GGAAAAGAAACAGAAAATTCTGGACATCCGGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 163355 AATCCCGAGTA...CAGGGAAAAGAAACAGAAAATTCTGGACATCCGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAATGTTAAAGATGCTATCGTG         ACAATTGTTTCAGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 164098 AAATGTTAAAGATGCTATCGTGGTA...TAGACAATTGTTTCAGCAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTACTATAATACCTCCAGTTCCGCTGGCCAACCCTGAAAACCAATTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164282 GTACTATAATACCTCCAGTTCCGCTGGCCAACCCTGAAAACCAATTTCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCAGACTACATCAAGAGCATAGCCCCTATCACTGACTTTGAATATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164332 TCAGACTACATCAAGAGCATAGCCCCTATCACTGACTTTGAATATTCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 G         GAATTCTTTGACCATGTGAAAAAACTTTGGGACGATGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164382 GGTA...TAGGAATTCTTTGACCATGTGAAAAAACTTTGGGACGATGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCGTGAAGGCATGCTTTGAGAGATCCAACGAATACCAGCTGATTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235395 GCGTGAAGGCATGCTTTGAGAGATCCAACGAATACCAGCTGATTGACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCACAATA         CTTCCTGGAAAGAATCGACAGCGTCAGCTTGGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 235445 GCACAATAGTA...CAGCTTCCTGGAAAGAATCGACAGCGTCAGCTTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGACTACACACCCACAGACCAG         GACCTCCTCAGATGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 272865 TGACTACACACCCACAGACCAGGTA...CAGGACCTCCTCAGATGCAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCTGACATCTGGGATTTTTGAGACACGATTCCAAGTGGACAAAGTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274989 TTCTGACATCTGGGATTTTTGAGACACGATTCCAAGTGGACAAAGTAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCCA         CATGTTTGATGTTGGTGGCCAGAGGGATGAGAGGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275039 TTCCAGTG...CAGCATGTTTGATGTTGGTGGCCAGAGGGATGAGAGGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAAATGGATCCAGTGCTTTAACG         ATGTCACAGCTATCATTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 277641 AAAATGGATCCAGTGCTTTAACGGTG...AAGATGTCACAGCTATCATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACGTCGCAGCCTGCAGTAGCTACAACATGGTGATTCGAGAAGATAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278998 ACGTCGCAGCCTGCAGTAGCTACAACATGGTGATTCGAGAAGATAACAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACCAACAGGCTGAGAGAGTCCCTGGATCTTTTTGAAAGCATCTGGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279048 ACCAACAGGCTGAGAGAGTCCCTGGATCTTTTTGAAAGCATCTGGAACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAG         GTGGTTACGGACCATTTCTATCATCTTGTTCTTGAACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279098 CAGGTG...TAGGTGGTTACGGACCATTTCTATCATCTTGTTCTTGAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACAAGATATGCTGGCAGAAAAAGTCTTGGCAGGGAAATCAAAAATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282743 AACAAGATATGCTGGCAGAAAAAGTCTTGGCAGGGAAATCAAAAATTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACTATTTCCCAGAATATGCAAATTATACTGTTCCTGAAGACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 282793 GACTATTTCCCAGAATATGCAAATTATACTGTTCCTGAAGACGGTA...C

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1163   CAACACCAGATGCAGGAGAAGATCCCAAAGTTACAAGAGCCAAGTTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287056 AGCAACACCAGATGCAGGAGAAGATCCCAAAGTTACAAGAGCCAAGTTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTATCCGGGACCTGTTTTTG         AGGATCAGCACGGCCACCGGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 287106 TTATCCGGGACCTGTTTTTGGTA...CAGAGGATCAGCACGGCCACCGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GACGGCAAACATTACTGCTACCCGCACTTCACCTGCGCCGTGGACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291447 GACGGCAAACATTACTGCTACCCGCACTTCACCTGCGCCGTGGACACAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GAACATCCGCAGGGTGTTCAACGACTGCCGCGACATCATCCAGCGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291497 GAACATCCGCAGGGTGTTCAACGACTGCCGCGACATCATCCAGCGGATGC

   1450     .    :    .    :
   1352 ACCTCAAGCAGTATGAGCTCTTG
        |||||||||||||||||||||||
 291547 ACCTCAAGCAGTATGAGCTCTTG