seq1 = pF1KE3193.tfa, 1347 bp
seq2 = pF1KE3193/gi568815596r_6749853.tfa (gi568815596r:6749853_6965696), 215844 bp

>pF1KE3193 1347
>gi568815596r:6749853_6965696 (Chr2)

(complement)

1-675  (100001-100675)   99% ->
676-790  (102119-102233)   99% ->
791-992  (104312-104513)   100% ->
993-1226  (114014-114247)   100% ->
1227-1347  (115724-115844)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTCGCCCGCCGGCTCCTGCGCGGGCCACTGTCGGGGCCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTTCGCCCGCCGGCTCCTGCGCGGGCCACTGTCGGGGCCGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCGGCGCGGGGTCTGCGCTGGGGCCATGGCTCCGCCGCGCCGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGCGGCGCGGGGTCTGCGCTGGGGCCATGGCTCCGCCGCGCCGCTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGGAGCTTCCCGACTGCACCCTGGCTCACTTCGCCCTAGGCGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGGAGCTTCCCGACTGCACCCTGGCTCACTTCGCCCTAGGCGCCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCCCGGCGACGCAGACGCCCCCGACCCCCGCCTGGCGGCGCTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCCCGGCGACGCAGACGCCCCCGACCCCCGCCTGGCGGCGCTGCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCCCGGAGCGCAGCTACTCGCTGTGCGTGCCCGTGACCCCGGACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCCCGGAGCGCAGCTACTCGCTGTGCGTGCCCGTGACCCCGGACGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTGCGGGGCCCGGGTCCGGGCGGCGCGGCTGCACCAGCGCCTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTGCGGGGCCCGGGTCCGGGCGGCGCGGCTGCACCAGCGCCTGCTGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCTGCGCCGCGGCCCCTTCCAGCGGTGCCAGCTGCTCAGGCTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCTGCGCCGCGGCCCCTTCCAGCGGTGCCAGCTGCTCAGGCTGCTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTACTGCCCGGGCGGCCAGGCCGGCGGCGCACAGCAAGGCTTCCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTACTGCCCGGGCGGCCAGGCCGGCGGCGCACAGCAAGGCTTCCTGCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGACCCCCTGGATGACCCTGACACCCGGCAAGCGCTGCTCGAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGACCCCCTGGATGACCCTGACACCCGGCAAGCGCTGCTCGAGCTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCGCCTGCCAGGAGGCACCACGCCCGCACTTGGGCGAGTTCGAGGCCGA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCGCCTGTCAGGAGGCACCACGCCCGCACTTGGGCGAGTTCGAGGCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCGCGCGGCCAGCTGTGGCAGCGCCTCTGGGAGGTGCAAGACGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCGCGCGGCCAGCTGTGGCAGCGCCTCTGGGAGGTGCAAGACGGCAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGCTGCAGGTGGGCTGCGCACAGGTCGTGCCCGTCCCGGAGCCCCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGCTGCAGGTGGGCTGCGCACAGGTCGTGCCCGTCCCGGAGCCCCCGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CACCCGGTGGTGCCAGACTTGCCCAGTTCCGTGGTCTTCCCGGACCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CACCCGGTGGTGCCAGACTTGCCCAGTTCCGTGGTCTTCCCGGACCGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCCGCCCGGGCCGTTTTGGAGGAG         TGTACCTCCTTTATTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100651 AGCCGCCCGGGCCGTTTTGGAGGAGGTA...CAGTGTACCTCCTTTATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGAAGCCCGGGCGGTGCTTGACCTGGTCGACCAGTGCCCAAAACAGATC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102135 CTGAAGCCCGGGCAGTGCTTGACCTGGTCGACCAGTGCCCAAAACAGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGAAAGGAAAGTTCCAGGTTGTTGCCATCGAAGGACTGGATGCCACGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102185 CAGAAAGGAAAGTTCCAGGTTGTTGCCATCGAAGGACTGGATGCCACGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791         GTAAAACCACGGTGACCCAGTCAGTGGCAGATTCACTTAAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102235 TA...CAGGTAAAACCACGGTGACCCAGTCAGTGGCAGATTCACTTAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTGTCCTCTTAAAGTCACCACCCTCTTGCATTGGCCAGTGGAGGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104354 CTGTCCTCTTAAAGTCACCACCCTCTTGCATTGGCCAGTGGAGGAAGATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTTGATGATGAACCAACTATCATTAGAAGAGCTTTTTACTCTTTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104404 TTTGATGATGAACCAACTATCATTAGAAGAGCTTTTTACTCTTTGGGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTATATTGTGGCCTCCGAAATAGCTAAAGAATCTGCCAAATCTCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104454 TTATATTGTGGCCTCCGAAATAGCTAAAGAATCTGCCAAATCTCCTGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TTGTAGACAG         GTACTGGCACAGCACGGCCACCTATGCCATA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104504 TTGTAGACAGGTA...CAGGTACTGGCACAGCACGGCCACCTATGCCATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCCACTGAGGTGAGTGGGGGTCTCCAGCACCTGCCCCCAGCCCATCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114045 GCCACTGAGGTGAGTGGGGGTCTCCAGCACCTGCCCCCAGCCCATCACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGTGTACCAGTGGCCAGAGGACCTGCTCAAACCTGACCTTATCCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114095 TGTGTACCAGTGGCCAGAGGACCTGCTCAAACCTGACCTTATCCTGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCACTGTGAGTCCTGAGGAGAGGTTGCAGAGGCTGCAGGGCCGGGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114145 TCACTGTGAGTCCTGAGGAGAGGTTGCAGAGGCTGCAGGGCCGGGGCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GAGAAGACCAGGGAAGAAGCAGAACTTGAGGCCAACAGTGTGTTTCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114195 GAGAAGACCAGGGAAGAAGCAGAACTTGAGGCCAACAGTGTGTTTCGTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AAA         GGTAGAAATGTCCTACCAGCGGATGGAGAATCCTGGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114245 AAAGTA...CAGGGTAGAAATGTCCTACCAGCGGATGGAGAATCCTGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCCATGTGGTTGATGCCAGCCCCTCCAGAGAAAAGGTCCTGCAGACGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115762 GCCATGTGGTTGATGCCAGCCCCTCCAGAGAAAAGGTCCTGCAGACGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :
   1315 TTAAGCCTAATCCAGAATAGTTTTAGTGAACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 115812 TTAAGCCTAATCCAGAATAGTTTTAGTGAACCG