seq1 = pF1KE3192.tfa, 1341 bp
seq2 = pF1KE3192/gi568815592f_52971024.tfa (gi568815592f:52971024_53197827), 226804 bp

>pF1KE3192 1341
>gi568815592f:52971024_53197827 (Chr6)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-278  (102458-102615)   100% ->
279-337  (105463-105520)   98% ->
338-437  (107776-107875)   100% ->
438-568  (109945-110075)   100% ->
569-683  (111481-111595)   100% ->
684-802  (121406-121524)   100% ->
803-893  (121711-121801)   100% ->
894-989  (122443-122538)   100% ->
990-1083  (122862-122955)   100% ->
1084-1235  (124490-124641)   100% ->
1236-1341  (126699-126804)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGACATTATTTGGGTTTTCCCCCCTCAGGCAGAAGCTGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGACATTATTTGGGTTTTCCCCCCTCAGGCAGAAGCTGAGGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGTCATTCTGATACTGTCAGAGCAGATGATGATGAAGAAAATGAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTGTCATTCTGATACTGTCAGAGCAGATGATGATGAAGAAAATGAAAGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTGAAACAGATCTGCAG         GCACAACTCCAGATGTTCCGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 CTGCTGAAACAGATCTGCAGGCA...TAGGCACAACTCCAGATGTTCCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCAGTGGATGTTTGAACTTGCTCCAGGTGTAAGCTCTAGCAATTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102479 GCTCAGTGGATGTTTGAACTTGCTCCAGGTGTAAGCTCTAGCAATTTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAATCGACCTTGCAGAGCAGCAAGAGGCTCTCTCCAGAAAACATCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102529 AAATCGACCTTGCAGAGCAGCAAGAGGCTCTCTCCAGAAAACATCGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATACCAAAGGAAAACAAGAACAGGCAAAAGAAGAAAA         GGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|-||
 102579 ATACCAAAGGAAAACAAGAACAGGCAAAAGAAGAAAAGTT...TAGG CT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGAGAACTCTTCCTAAAAGCAGTAGAAGAAGAACAAAATGGAGCTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105466 CGAGAACTCTTCCTAAAAGCAGTAGAAGAAGAACAAAATGGAGCTCTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAAG         CCATCAAGTTTTATCGTAGGGCTATGCAACTTGTAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105516 TGAAGGTA...TAGCCATCAAGTTTTATCGTAGGGCTATGCAACTTGTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGATATAGAGTTCAAGATTACTTATACCCGGTCTCCAGATGGTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107812 CTGATATAGAGTTCAAGATTACTTATACCCGGTCTCCAGATGGTGATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGGAAACAGCTA         CATTGAAGATAATGATGATGACAGCAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107862 GTTGGAAACAGCTAGTG...CAGCATTGAAGATAATGATGATGACAGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATGGCAGATCTCTTGTCCTACTTCCAGCAGCAACTCACATTTCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109972 AATGGCAGATCTCTTGTCCTACTTCCAGCAGCAACTCACATTTCAGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGTGCTTAAACTGTGTCAGCCTGAGCTTGAGAGCAGTCAGATTCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110022 CTGTGCTTAAACTGTGTCAGCCTGAGCTTGAGAGCAGTCAGATTCACATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCAG         TGCTGCCAATGGAGGTCCTGATGTACATCTTCCGATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110072 TCAGGTG...CAGTGCTGCCAATGGAGGTCCTGATGTACATCTTCCGATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTGGTGTCTAGTGACTTGGACCTCAGATCATTGGAGCAGTTGTCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111518 GGTGGTGTCTAGTGACTTGGACCTCAGATCATTGGAGCAGTTGTCGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTGCAGAGGATTCTACATCTGTGCCAG         AGACCCTGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111568 TGTGCAGAGGATTCTACATCTGTGCCAGGTA...TAGAGACCCTGAAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGGCGTCTGGCCTGCTTGAAAGTTTGGGGCAGAAGCTGTATTAAACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121419 TGGCGTCTGGCCTGCTTGAAAGTTTGGGGCAGAAGCTGTATTAAACTTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCCGTACACGTCCTGGAGAGAGATGTTTTTAGAACGGCCTCGTGTTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121469 TCCGTACACGTCCTGGAGAGAGATGTTTTTAGAACGGCCTCGTGTTCGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGATG         GCGTGTATATCAGTAAAACCACATATATTCGTCAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121519 TTGATGGTA...TAGGCGTGTATATCAGTAAAACCACATATATTCGTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGGGAACAGTCTCTTGATGGTTTCTATAGAGCCTGGCACCAAGTGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121746 GGGGAACAGTCTCTTGATGGTTTCTATAGAGCCTGGCACCAAGTGGAATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTACAG         GTACATAAGATTCTTTCCTGATGGCCATGTGATGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121796 TTACAGGTA...TAGGTACATAAGATTCTTTCCTGATGGCCATGTGATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGTTGACAACCCCTGAAGAGCCTCAGTCCATTGTTCCACGTTTAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122478 TGTTGACAACCCCTGAAGAGCCTCAGTCCATTGTTCCACGTTTAAGAACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGGAATACCAG         GACTGATGCAATTCTACTGGGTCACTATCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 122528 AGGAATACCAGGTA...AAGGACTGATGCAATTCTACTGGGTCACTATCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTGTCACAAGACACAGACAATCAGACCAAAGTATTTGCTGTAATAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122892 CTTGTCACAAGACACAGACAATCAGACCAAAGTATTTGCTGTAATAACTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGAAAAAAGAAGAA         AAACCACTTGACTATAAATACAGATAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 122942 AGAAAAAAGAAGAAGTG...CAGAAACCACTTGACTATAAATACAGATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTTCGTCGTGTCCCTGTACAAGAAGCAGATCAGAGTTTTCATGTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124517 TTTCGTCGTGTCCCTGTACAAGAAGCAGATCAGAGTTTTCATGTGGGGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACAGCTATGTTCCAGTGGTCACCAGAGGTTCAACAAACTCATCTGGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124567 ACAGCTATGTTCCAGTGGTCACCAGAGGTTCAACAAACTCATCTGGATAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATCATTCTTGTCACATTACTTACAA         ATCAACTGGTGAGACT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124617 ATCATTCTTGTCACATTACTTACAAGTA...CAGATCAACTGGTGAGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GCAGTCAGTGCTTTTGAGATTGACAAGATGTACACCCCCTTGTTCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126715 GCAGTCAGTGCTTTTGAGATTGACAAGATGTACACCCCCTTGTTCTTCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAGAGTAAGGAGCTACACAGCTTTCTCAGAAAGGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126765 CAGAGTAAGGAGCTACACAGCTTTCTCAGAAAGGCCTCTG