seq1 = pF1KE3190.tfa, 1326 bp
seq2 = pF1KE3190/gi568815595r_3050868.tfa (gi568815595r:3050868_3279687), 228820 bp

>pF1KE3190 1326
>gi568815595r:3050868_3279687 (Chr3)

(complement)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-174  (104419-104525)   100% ->
175-377  (105427-105629)   100% ->
378-527  (106763-106912)   100% ->
528-687  (111895-112054)   100% ->
688-750  (123407-123469)   100% ->
751-835  (124857-124941)   100% ->
836-951  (125613-125728)   100% ->
952-1016  (126200-126264)   100% ->
1017-1148  (127101-127232)   100% ->
1149-1326  (128643-128820)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGCGAAGGAGATCAGCAGGACGCTGCGCACAACATGGGCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGCGAAGGAGATCAGCAGGACGCTGCGCACAACATGGGCAACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCCGCTCCTGCCTG         CAGAGAGTGAGGAAGAAGATGAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCCGCTCCTGCCTGGTA...TAGCAGAGAGTGAGGAAGAAGATGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAAGTTGAAGACCAGGATAGTAAAGAAGCCAAAAAACCAAACATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104443 TGGAAGTTGAAGACCAGGATAGTAAAGAAGCCAAAAAACCAAACATCATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATTTTGACACCAGTCTGCCGACATCACATACA         TACCTAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104493 AATTTTGACACCAGTCTGCCGACATCACATACAGTA...TAGTACCTAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCTGATATGGAAGAATTTCATGGCAGGACTTTGCACGATGACGACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105435 TGCTGATATGGAAGAATTTCATGGCAGGACTTTGCACGATGACGACAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCAGGTGATTCCAGTTCTTCCACAAGTGATGATGATCCTGATTCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105485 GTCAGGTGATTCCAGTTCTTCCACAAGTGATGATGATCCTGATTCCCGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGACATTACCTCTTCAGCTTTTTCACCCTCAAGAAGTCAGTATGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105535 CAGACATTACCTCTTCAGCTTTTTCACCCTCAAGAAGTCAGTATGGTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAATTTAATTCAGAAAGATAGAACCTTTGCTGTTCTTGCATACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105585 GAATTTAATTCAGAAAGATAGAACCTTTGCTGTTCTTGCATACAGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378     CAATGTACAGGAAAGGGAAGCACAGTTTGGAACAACAGCAGAGATA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105635 .AAGCAATGTACAGGAAAGGGAAGCACAGTTTGGAACAACAGCAGAGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATGCCTATCGAGAAGAACAGGATTTTGGAATTGAGATAGTGAAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106809 TATGCCTATCGAGAAGAACAGGATTTTGGAATTGAGATAGTGAAAGTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCAATTGGAAGACAAAGGTTCAAAGTCCTTGAGCTAAGAACACAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106859 AGCAATTGGAAGACAAAGGTTCAAAGTCCTTGAGCTAAGAACACAGTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGG         AATCCAGCAAGCTAAAGTGCAAATTCTTCCCGAATGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106909 ATGGGTA...TAGAATCCAGCAAGCTAAAGTGCAAATTCTTCCCGAATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGTTGCCTTCAACCATGTCTGCAGTTCAATTAGAATCCCTCAATAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111932 GTGTTGCCTTCAACCATGTCTGCAGTTCAATTAGAATCCCTCAATAAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCAGATATTTCCTTCAAAACCTGTCTCAAGAGAAGACCAATGTTCATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111982 CCAGATATTTCCTTCAAAACCTGTCTCAAGAGAAGACCAATGTTCATATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AATGGTGGCAGAAATACCAGAAG         AGAAAGTTTCATTGTGCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112032 AATGGTGGCAGAAATACCAGAAGGTG...CAGAGAAAGTTTCATTGTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATCTAACTTCATGGCCTCGCTGGCTGTATTCCTTATATGATGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 123425 AATCTAACTTCATGGCCTCGCTGGCTGTATTCCTTATATGATGCTGTA..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751     GAGACCTTAATGGACAGAATCAAGAAACAGCTACGTGAATGGGATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123475 .AAGGAGACCTTAATGGACAGAATCAAGAAACAGCTACGTGAATGGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAAATCTAAAAGATGATTCTCTTCCTTCAAATCCAATAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 124903 AAAATCTAAAAGATGATTCTCTTCCTTCAAATCCAATAGGTA...AAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTTCTTACAGAGTAGCTGCTTGTCTTCCTATTGATGATGTATTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125615 TTTTCTTACAGAGTAGCTGCTTGTCTTCCTATTGATGATGTATTGAGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAGCTCCTTAAAATTGGCAGTGCTATCCAGCGACTTCGCTGTGAATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125665 TCAGCTCCTTAAAATTGGCAGTGCTATCCAGCGACTTCGCTGTGAATTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACATTATGAATAAA         TGTACTTCCCTTTGCTGTAAACAATGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 125715 ACATTATGAATAAAGTG...TAGTGTACTTCCCTTTGCTGTAAACAATGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAAGAAACAGAAATAACAACCAAAAATGAAATATTCAG         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 126227 CAAGAAACAGAAATAACAACCAAAAATGAAATATTCAGGTA...TAGTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATCCTTATGTGGGCCGATGGCAGCTTATGTGAATCCTCATGGATATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127104 ATCCTTATGTGGGCCGATGGCAGCTTATGTGAATCCTCATGGATATGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATGAGACACTTACTGTGTATAAGGCTTGCAACTTGAATCTGATAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127154 ATGAGACACTTACTGTGTATAAGGCTTGCAACTTGAATCTGATAGGCCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCTTCTACAGAACACAGCTGGTTTCCTGG         GTATGCCTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 127204 CCTTCTACAGAACACAGCTGGTTTCCTGGGTA...TAGGTATGCCTGGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGTTGCCCAGTGTAAGATCTGTGCAAGCCATATTGGATGGAAGTTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128655 TGTTGCCCAGTGTAAGATCTGTGCAAGCCATATTGGATGGAAGTTTACGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCACCAAAAAAGACATGTCACCTCAAAAATTTTGGGGCTTAACGCGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128705 CCACCAAAAAAGACATGTCACCTCAAAAATTTTGGGGCTTAACGCGATCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCTCTGTTGCCCACGATCCCAGACACTGAAGATGAAATAAGTCCAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128755 GCTCTGTTGCCCACGATCCCAGACACTGAAGATGAAATAAGTCCAGACAA

   1400     .    :    .
   1311 AGTAATACTTTGCTTG
        ||||||||||||||||
 128805 AGTAATACTTTGCTTG