seq1 = pF1KE3189.tfa, 1296 bp
seq2 = pF1KE3189/gi568815589f_76919655.tfa (gi568815589f:76919655_77120950), 201296 bp

>pF1KE3189 1296
>gi568815589f:76919655_77120950 (Chr9)

1-1296  (100001-101296)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCGGCCGGGGAAGAGCTCGTACAGCGACCAAAAACCGCCCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCGGCCGGGGAAGAGCTCGTACAGCGACCAAAAACCGCCCTACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTACATCTCGCTGACCGCCATGGCAATCCAGCACTCGGCCGAGAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTACATCTCGCTGACCGCCATGGCAATCCAGCACTCGGCCGAGAAGATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCGCTGAGCGACATCTACAAGTTCATCATGGAGCGCTTCCCCTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCGCTGAGCGACATCTACAAGTTCATCATGGAGCGCTTCCCCTACTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCGAGCACACACAGCGCTGGCAGAACAGCCTGCGCCACAACCTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCGAGCACACACAGCGCTGGCAGAACAGCCTGCGCCACAACCTCTCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACGACTGCTTCATCAAGATTCCGCGGAGGCCCGACCAGCCTGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACGACTGCTTCATCAAGATTCCGCGGAGGCCCGACCAGCCTGGCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTAGCTTCTGGGCGCTGCACCCCGACTGCGGGGACATGTTCGAGAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTAGCTTCTGGGCGCTGCACCCCGACTGCGGGGACATGTTCGAGAACGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCTTCCTGCGGCGTCGCAAGCGCTTCAAGGTGCTGCGCGCCGACCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCTTCCTGCGGCGTCGCAAGCGCTTCAAGGTGCTGCGCGCCGACCATAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCACTTGCACGCGGGAAGCACCAAGAGCGCGCCGGGCGCCGGTCCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCACTTGCACGCGGGAAGCACCAAGAGCGCGCCGGGCGCCGGTCCGGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCACCTTCACCCCCATCACCACCACCACCCCCACCACCACCATCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGCACCTTCACCCCCATCACCACCACCACCCCCACCACCACCATCATCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CACGCTGCCGCACACCACCACCATCACCACCACCCACCCCAGCCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CACGCTGCCGCACACCACCACCATCACCACCACCCACCCCAGCCGCCGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCGCCGCCCCCGCCGCCGCCGCACATGGTACACTATTTCCATCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCGCCGCCCCCGCCGCCGCCGCACATGGTACACTATTTCCATCAGCAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGCCTACTGCTCCGCAGCCGCCTCCGCACCTCCCGTCACAGCCCCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGCCTACTGCTCCGCAGCCGCCTCCGCACCTCCCGTCACAGCCCCCGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAACCGCCCCAGCAGTCGCAGCCTCAGCAGCCGTCTCACCCCGGCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAACCGCCCCAGCAGTCGCAGCCTCAGCAGCCGTCTCACCCCGGCAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCAGGAGGCGGCGGCCGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGCGGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCAGGAGGCGGCGGCCGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCCGCGGCAGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CGGTGGGCAGCGTGGGACGCCTGTCTCAGTTCCCACCCTACGGGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CGGTGGGCAGCGTGGGACGCCTGTCTCAGTTCCCACCCTACGGGCTGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCGGCCGCCGCCGCTGCCGCCGCGGCCGCGGCGTCCACGTCAGGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCGGCCGCCGCCGCTGCCGCCGCGGCCGCGGCGTCCACGTCAGGCTTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCACCCCTTTGCCATTGAGAACATTATTGGCCGGGACTACAAGGGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCACCCCTTTGCCATTGAGAACATTATTGGCCGGGACTACAAGGGCGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCAGGCTGGAGGGCTGCCCTTGGCGTCCGTCATGCACCACCTGGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCAGGCTGGAGGGCTGCCCTTGGCGTCCGTCATGCACCACCTGGGCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCCGTGCCCGGCCAGCTTGGCAACGTCGTCAGCTCCGTGTGGCCGCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCCGTGCCCGGCCAGCTTGGCAACGTCGTCAGCTCCGTGTGGCCGCACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGGCGTCATGGATTCGGTGGCCGCCGCCGCGGCCGCCGCAGCCGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGGCGTCATGGATTCGGTGGCCGCCGCCGCGGCCGCCGCAGCCGCAGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAGTCCCTGTAGGCCCGGAGTATGGGGCCTTCGGGGTCCCGGTCAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGTCCCTGTAGGCCCGGAGTATGGGGCCTTCGGGGTCCCGGTCAAGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTGTGCCACTCGGCAAGCCAGAGCCTGCCTGCCATGCCGGTGCCCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTGTGCCACTCGGCAAGCCAGAGCCTGCCTGCCATGCCGGTGCCCATCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCCCACGCCTGCGCTGCCGCCCGTGTCCGCGCTGCAGCCGGGGCTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCCCACGCCTGCGCTGCCGCCCGTGTCCGCGCTGCAGCCGGGGCTCACTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCCCCGCGGCTTCGCAGCAGCCTCCGGCGCCATCCACCGTGTGCTCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCCCCGCGGCTTCGCAGCAGCCTCCGGCGCCATCCACCGTGTGCTCCGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCCGCGGCCTCGCCCGTTGCCTCTCTGCTGGAGCCCACAGCCCCTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCCGCGGCCTCGCCCGTTGCCTCTCTGCTGGAGCCCACAGCCCCTACCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1251 GGCCGAAAGCAAGGGCGGCTCCTTGCACTCGGTGCTAGTGCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGCCGAAAGCAAGGGCGGCTCCTTGCACTCGGTGCTAGTGCACTCC