seq1 = pF1KE3186.tfa, 1278 bp
seq2 = pF1KE3186/gi568815597f_214983386.tfa (gi568815597f:214983386_215335142), 351757 bp

>pF1KE3186 1278
>gi568815597f:214983386_215335142 (Chr1)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-357  (102983-103293)   100% ->
358-475  (141248-141365)   100% ->
476-636  (185814-185974)   100% ->
637-823  (188612-188798)   100% ->
824-963  (211568-211707)   100% ->
964-1278  (251443-251757)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCCCAGCGCCTCGCGGGAGAGACCCGGCTATAGAGCAGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGCTTCCCAGCGCCTCGCGGGAGAGACCCGGCTATAGAGCAGGAGGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      TGGCGGCACCTGACTTGCTGGATCCTAAATCTGCCGCTCAGAACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGTGGCGGCACCTGACTTGCTGGATCCTAAATCTGCCGCTCAGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAAACCGAGGCTCTCGTTTTCCACGAAACCCACAGTGCTTGCTTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103028 CCAAACCGAGGCTCTCGTTTTCCACGAAACCCACAGTGCTTGCTTCCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGAGAGTGACACGACCATTAATGTTATGAAATGGAAGACGGTCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103078 GTGGAGAGTGACACGACCATTAATGTTATGAAATGGAAGACGGTCTCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATATTCCTGGTGGTTGTCCTCTATCTGATCATCGGAGCCACCGTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103128 GATATTCCTGGTGGTTGTCCTCTATCTGATCATCGGAGCCACCGTGTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCATTGGAGCAGCCTCATGAGATTTCACAGAGGACCACCATTGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103178 AAGCATTGGAGCAGCCTCATGAGATTTCACAGAGGACCACCATTGTGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGAAGCAAACATTCATATCCCAACATTCCTGTGTCAATTCGACGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103228 CAGAAGCAAACATTCATATCCCAACATTCCTGTGTCAATTCGACGGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGATGAACTCATTCAG         CAAATAGTGGCAGCAATAAATGCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103278 GGATGAACTCATTCAGGTA...CAGCAAATAGTGGCAGCAATAAATGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGATTATACCGTTAGGAAACACCTCCAATCAAATCAGTCACTGGGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141273 GGATTATACCGTTAGGAAACACCTCCAATCAAATCAGTCACTGGGATTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGAAGTTCCTTCTTCTTTGCTGGCACTGTTATTACAACCATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 141323 GGAAGTTCCTTCTTCTTTGCTGGCACTGTTATTACAACCATAGGTA...A

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    476   GATTTGGAAACATCTCACCACGCACAGAAGGCGGCAAAATATTCTGTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185812 AGGATTTGGAAACATCTCACCACGCACAGAAGGCGGCAAAATATTCTGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCATCTATGCCTTACTGGGAATTCCCCTCTTTGGTTTTCTCTTGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185862 TCATCTATGCCTTACTGGGAATTCCCCTCTTTGGTTTTCTCTTGGCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTTGGAGATCAGCTAGGCACCATATTTGGAAAAGGAATTGCCAAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185912 GTTGGAGATCAGCTAGGCACCATATTTGGAAAAGGAATTGCCAAAGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGATACGTTTATT         AAGTGGAATGTTAGTCAGACCAAGATTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 185962 AGATACGTTTATTGTG...TAGAAGTGGAATGTTAGTCAGACCAAGATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCATCATCTCAACAATCATATTTATACTATTTGGCTGTGTACTCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188640 GCATCATCTCAACAATCATATTTATACTATTTGGCTGTGTACTCTTTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCTCTGCCTGCGATCATATTCAAACACATAGAAGGCTGGAGTGCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188690 GCTCTGCCTGCGATCATATTCAAACACATAGAAGGCTGGAGTGCCCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGCCATTTATTTTGTGGTTATCACTCTAACAACTATTGGATTTGGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188740 CGCCATTTATTTTGTGGTTATCACTCTAACAACTATTGGATTTGGTGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACGTTGCAG         GTGGATCCGATATTGAATATCTGGACTTCTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 188790 ACGTTGCAGGTA...CAGGTGGATCCGATATTGAATATCTGGACTTCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGCCTGTCGTGTGGTTCTGGATCCTTGTAGGGCTTGCTTACTTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211600 AAGCCTGTCGTGTGGTTCTGGATCCTTGTAGGGCTTGCTTACTTTGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGTCCTGAGCATGATTGGAGATTGGCTCCGAGTGATATCTAAAAAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211650 TGTCCTGAGCATGATTGGAGATTGGCTCCGAGTGATATCTAAAAAGACAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAGAAGAG         GTGGGAGAGTTCAGAGCACACGCTGCTGAGTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 211700 AAGAAGAGGTG...CAGGTGGGAGAGTTCAGAGCACACGCTGCTGAGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACAGCCAACGTCACAGCCGAATTCAAAGAAACCAGGAGGCGACTGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251476 ACAGCCAACGTCACAGCCGAATTCAAAGAAACCAGGAGGCGACTGAGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGAGATTTATGACAAGTTCCAGCGGGCCACCTCCATCAAGCGGAAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251526 GGAGATTTATGACAAGTTCCAGCGGGCCACCTCCATCAAGCGGAAGCTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CGGCAGAACTGGCTGGAAACCACAATCAGGAGCTGACTCCTTGTAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251576 CGGCAGAACTGGCTGGAAACCACAATCAGGAGCTGACTCCTTGTAGGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACCCTGTCAGTGAACCACCTGACCAGCGAGAGGGATGTCTTGCCTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251626 ACCCTGTCAGTGAACCACCTGACCAGCGAGAGGGATGTCTTGCCTCCCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ACTGAAGACTGAGAGTATCTATCTGAATGGTTTGACGCCACACTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251676 ACTGAAGACTGAGAGTATCTATCTGAATGGTTTGACGCCACACTGTGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :
   1247 GTGAAGAGATTGCTGTGATTGAGAACATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 251726 GTGAAGAGATTGCTGTGATTGAGAACATCAAA