seq1 = pF1KE3185.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KE3185/gi568815587f_57559477.tfa (gi568815587f:57559477_57761433), 201957 bp

>pF1KE3185 1275
>gi568815587f:57559477_57761433 (Chr11)

1-606  (100001-100606)   100% ->
607-1275  (101289-101957)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGAAGAGGCTAATGATGACAAGAAGCCAACCACTAAATTTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGAAGAGGCTAATGATGACAAGAAGCCAACCACTAAATTTGAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGCGAGAAACAGAACTTCGCTTTGAGGTGGAGGCATCTCAGTCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGCGAGAAACAGAACTTCGCTTTGAGGTGGAGGCATCTCAGTCAGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTGGAGTTGTTGACTGGCATGGCAGAGATCTTTGGCACAGAGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTGGAGTTGTTGACTGGCATGGCAGAGATCTTTGGCACAGAGCTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGAAACAAGAAATTCACCTTTGATGCTGGTGCCAAGGTGGCTGTTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGAAACAAGAAATTCACCTTTGATGCTGGTGCCAAGGTGGCTGTTTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTGGCATGGCTGTTCTGTGCAACTGAGCGGCCGCACTGAGGTGGCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTGGCATGGCTGTTCTGTGCAACTGAGCGGCCGCACTGAGGTGGCTTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTCCAAGGACACTCCTATGTTGCTTTACCTCAACACTCACACAGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTCCAAGGACACTCCTATGTTGCTTTACCTCAACACTCACACAGCCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAACAGATGCGGAGGCAAGCGGAAAAGGAAGAAGAGCGAGGTCCCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAACAGATGCGGAGGCAAGCGGAAAAGGAAGAAGAGCGAGGTCCCCGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGTAGTGGGCCCCACTGATGTGGGCAAGTCTACAGTGTGTCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGTAGTGGGCCCCACTGATGTGGGCAAGTCTACAGTGTGTCGCCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCTCAACTACGCAGTGCGTTTGGGCCGCCGTCCCACTTATGTGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCTCAACTACGCAGTGCGTTTGGGCCGCCGTCCCACTTATGTGGAGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATGTGGGCCAGGGTTCTGTGTCCATCCCTGGTACCATGGGGGCCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATGTGGGCCAGGGTTCTGTGTCCATCCCTGGTACCATGGGGGCCCTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATCGAGCGGCCTGCAGATGTCGAAGAGGGTTTCTCTATCCAGGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATCGAGCGGCCTGCAGATGTCGAAGAGGGTTTCTCTATCCAGGCCCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGTGTATCATTTTGGTTCCACCACTCCTGGCACTAACATCAAGCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGTGTATCATTTTGGTTCCACCACTCCTGGCACTAACATCAAGCTTTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AATAAG         ATTACATCTCGTTTAGCAGATGTGTTCAACCAAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AATAAGGTC...CAGATTACATCTCGTTTAGCAGATGTGTTCAACCAAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTGTGAGGTGAACCGAAGGGCATCTGTGAGTGGCTGTGTCATTAACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101324 GTGTGAGGTGAACCGAAGGGCATCTGTGAGTGGCTGTGTCATTAACACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTGGCTGGGTCAAGGGCTCTGGTTACCAGGCTCTGGTGCATGCAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101374 GTGGCTGGGTCAAGGGCTCTGGTTACCAGGCTCTGGTGCATGCAGCCTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCTTTTGAGGTGGATGTCGTTGTTGTTCTGGATCAAGAACGACTGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101424 GCTTTTGAGGTGGATGTCGTTGTTGTTCTGGATCAAGAACGACTGTACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGAACTAAAACGGGACCTCCCCCACTTTGTACGCACTGTGCTGCTCCCTA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101474 TGAACTGAAACGGGACCTCCCCCACTTTGTACGCACTGTGCTGCTCCCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AATCTGGGGGTGTGGTGGAGCGCTCCAAGGACTTCCGGCGGGAATGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101524 AATCTGGGGGTGTGGTGGAGCGCTCCAAGGACTTCCGGCGGGAATGTAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GATGAGCGTATCCGTGAGTATTTTTATGGATTCCGAGGCTGTTTCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101574 GATGAGCGTATCCGTGAGTATTTTTATGGATTCCGAGGCTGTTTCTATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCATGCCTTTAATGTCAAATTTTCAGATGTGAAAATCTACAAAGTTGGGG
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101624 CCATGCCTTCAATGTCAAATTTTCAGATGTGAAAATCTACAAAGTTGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CACCCACCATCCCAGACTCCTGTTTACCTTTGGGCATGTCTCAAGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101674 CACCCACCATCCCAGACTCCTGTTTACCTTTGGGCATGTCTCAAGAGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AATCAGCTCAAGCTAGTACCTGTCACTCCTGGGCGAGATATGGTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101724 AATCAGCTCAAGCTAGTACCTGTCACTCCTGGGCGAGATATGGTGCACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCTACTGAGTGTTAGCACTGCCGAGGGTACAGAGGAGAACCTGTCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101774 CCTACTGAGTGTTAGCACTGCCGAGGGTACAGAGGAGAACCTGTCCGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CAAGTGTAGCTGGCTTCATTGTGGTGACCAGTGTGGACCTGGAGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101824 CAAGTGTAGCTGGCTTCATTGTGGTGACCAGTGTGGACCTGGAGCATCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GTGTTTACTGTTCTGTCTCCAGCCCCTCGCCCACTGCCTAAGAACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101874 GTGTTTACTGTTCTGTCTCCAGCCCCTCGCCCACTGCCTAAGAACTTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :
   1242 TCTCATCATGGATATCCGGTTCATGGATCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101924 TCTCATCATGGATATCCGGTTCATGGATCTGAAG