seq1 = pF1KE3178.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KE3178/gi568815575f_24365456.tfa (gi568815575f:24365456_24634068), 268613 bp

>pF1KE3178 1245
>gi568815575f:24365456_24634068 (ChrX)

1-106  (100001-100106)   99% ->
107-248  (129287-129428)   100% ->
249-320  (133374-133445)   100% ->
321-505  (137872-138056)   100% ->
506-595  (139754-139843)   100% ->
596-673  (153478-153555)   100% ->
674-750  (160743-160819)   100% ->
751-852  (162119-162220)   100% ->
853-963  (162621-162731)   100% ->
964-1077  (166202-166315)   100% ->
1078-1217  (168474-168613)   100% ->
1218-1245  (173679-173706)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCTGTTCCGGTGGCTGCTGAAGCAGCCGGTGCCCAAGCAGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCTGTTCCGGTGGCTGCTGAAGCAGCCGGTGCCCAAGCAGATCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGCTACTCGCGCTTTTCGCCGTCGCCGCTCTCCATCAAACAATTCCTGG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCTACTCGCGCTTTTCGCCGTCGCCGCTCTCCATCAAACAATTCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTTCG         GGAGAGATAATGCATGTGAGAAAACTTCATATATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTTCGGTG...TAGGGAGAGATAATGCATGTGAGAAAACTTCATATATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCTACGAAAGGAACTTCCTGTGCGGCTGGCTAACACAATGAGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129322 TTTCTACGAAAGGAACTTCCTGTGCGGCTGGCTAACACAATGAGAGAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAATCTTCTGCCGGATAATTTACTTAACCGCCCTTCAGTGGGATTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129372 TAATCTTCTGCCGGATAATTTACTTAACCGCCCTTCAGTGGGATTGGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGTTG         GTATATGCAGAGTTTTCTTGAACTTTTAGAATAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129422 AGAGTTGGTA...TAGGTATATGCAGAGTTTTCTTGAACTTTTAGAATAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAATAAGAGCCCTGAGGATCCACAGGTCTTGGATAA         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 133408 GAAAATAAGAGCCCTGAGGATCCACAGGTCTTGGATAAGTA...CAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTACAAGTTCTGATTAAAGTCAGAAATAGACACAATGATGTGGTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137875 TCTACAAGTTCTGATTAAAGTCAGAAATAGACACAATGATGTGGTTCCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAATGGCACAAGGAGTGATTGAATACAAGGAGAAGTTTGGGTTTGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137925 CAATGGCACAAGGAGTGATTGAATACAAGGAGAAGTTTGGGTTTGATCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCATTAGCACTAACATCCAATATTTTCTGGATCGGTTTTATACCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137975 TTCATTAGCACTAACATCCAATATTTTCTGGATCGGTTTTATACCAACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCTCTTTCCGCATGCTTATTAATCAGCACA         CACTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 138025 CATCTCTTTCCGCATGCTTATTAATCAGCACAGTA...TAGCACTTCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGGGGGTGACACTAATCCTGTTCATCCTAAACACATAGGAAGTATCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139763 TTGGGGGTGACACTAATCCTGTTCATCCTAAACACATAGGAAGTATCGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCACCTGTAACGTGGCGGATGTGGTGAAAG         ATGCATATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 139813 CCCACCTGTAACGTGGCGGATGTGGTGAAAGGTA...CAGATGCATATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACAGCCAAGATGCTGTGTGAACAGTATTACCTGGTAGCTCCAGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153488 AACAGCCAAGATGCTGTGTGAACAGTATTACCTGGTAGCTCCAGAGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGTTGAAGAATTCAATG         CCAAAGCGCCAGACAAACCTATT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 153538 AAGTTGAAGAATTCAATGGTA...CAGCCAAAGCGCCAGACAAACCTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGGTGGTTTATGTGCCCTCACATCTGTTTCATATGCTATTTGAGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160766 CAGGTGGTTTATGTGCCCTCACATCTGTTTCATATGCTATTTGAGTTGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAAG         AACTCAATGAGAGCGACAGTTGAACTCTATGAAGACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160816 CAAGGTA...TAGAACTCAATGAGAGCGACAGTTGAACTCTATGAAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAAAAGAGGGCTACCCTGCTGTTAAAACCCTCGTTACTTTGGGTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162156 GAAAAGAGGGCTACCCTGCTGTTAAAACCCTCGTTACTTTGGGTAAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GACTTATCCATTAAG         ATCAGTGACCTAGGTGGTGGTGTCCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 162206 GACTTATCCATTAAGGTA...CAGATCAGTGACCTAGGTGGTGGTGTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACTTCGAAAAATAGATCGTCTTTTTAACTACATGTATTCTACTGCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162647 ACTTCGAAAAATAGATCGTCTTTTTAACTACATGTATTCTACTGCTCCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GACCCAGCCTGGAGCCTACCAGAGCTGCCCCTTTG         GCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 162697 GACCCAGCCTGGAGCCTACCAGAGCTGCCCCTTTGGTA...TAGGCTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTTGGTTATGGTTTGCCAATTTCCCGTCTGTATGCTAGATATTTTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166208 TTTGGTTATGGTTTGCCAATTTCCCGTCTGTATGCTAGATATTTTCAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGATCTGAAACTGTATTCCATGGAAGGAGTGGGTACTGATGCTGTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166258 AGATCTGAAACTGTATTCCATGGAAGGAGTGGGTACTGATGCTGTCATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ATTTGAAG         GCTCTTTCAAGTGAGTCATTTGAGAGACTTCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 166308 ATTTGAAGGTA...TAGGCTCTTTCAAGTGAGTCATTTGAGAGACTTCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTTTTTAATAAGTCCGCATGGCGCCATTACAAGACCACGCCTGAAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168507 GTTTTTAATAAGTCCGCATGGCGCCATTACAAGACCACGCCTGAAGCCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGATTGGAGCAATCCCAGCAGTGAACCCAGGGATGCTTCAAAATACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168557 TGATTGGAGCAATCCCAGCAGTGAACCCAGGGATGCTTCAAAATACAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAAAACA         AGACAAGATCAAGACTAATAGAACTTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 168607 CAAAACAGTA...TAGAGACAAGATCAAGACTAATAGAACTTTC