seq1 = pF1KE3176.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KE3176/gi568815592r_33622723.tfa (gi568815592r:33622723_33835476), 212754 bp

>pF1KE3176 1230
>gi568815592r:33622723_33835476 (Chr6)

(complement)

1-199  (100001-100199)   98% ->
200-413  (107177-107390)   100% ->
414-589  (108571-108746)   100% ->
590-765  (109861-110036)   100% ->
766-1230  (112290-112754)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTGTGCAAAACAGCGCAGATGCCGGGGACATGAGGGCAGGCGTGCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTGTGCAAAACAGCGCAGACGCCGGGGACATGAGGGCAGGCGTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGAGCCCTTCCTGCACCAGGTCGGGGGGCACATGAGCGTGATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGAGCCCTTCCTGCACCAGGTCGGGGGGCACATGAGCGTGATGAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGACGAGCATACGGTGTGCAAGCCCCTCGTCTCCCGGGAGCAGAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGACGAGCATACGGTGTGCAAGCCCCTCGTCTCCCGGGAGCAGAGGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATGAATCCCTGCCACTGGCCATGAAGCGGTTCACCCCACAGTACAAAG 
        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100151 TATGAATCCCTGCCGCTGGCCATGAAGCGGTTCACCCCACAGTACAAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200         GTACCGTCACAGTGCACCTCTGGAAAGACAGCACAGGCCATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TG...CAGGTACCGTCACAGTGCACCTCTGGAAAGACAGCACAGGCCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAGCTTGGTTGCCAACCCAGTGAAGGAGAGCCAGGAGCCCTTCAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107219 TCAGCTTGGTTGCCAACCCAGTGAAGGAGAGCCAGGAGCCCTTCAAGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCACAGAGTCGGCGGCGGTGGCCATATGGCAGACGCTCCAGCAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107269 TCCACAGAGTCGGCGGCGGTGGCCATATGGCAGACGCTCCAGCAGACCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGGCAGCAATGGCAGCGACTGCACCCTTGCCCAGTGGCCGCATGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107319 CGGCAGCAATGGCAGCGACTGCACCCTTGCCCAGTGGCCGCATGCCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCACGCTCACCCAAGGAGAG         CCCGGCCAAGGCTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107369 TGGCACGCTCACCCAAGGAGAGGTG...CAGCCCGGCCAAGGCTCTTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGGTCCGAGCCCCACCTCAACACTCCAGCCTTCTCGCTGGTGGAAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108590 AGGTCCGAGCCCCACCTCAACACTCCAGCCTTCTCGCTGGTGGAAGACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAACGGAAACCAGGTTGAGAGGAAGAGCTTCAACCCGTGGGGCCTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108640 CAACGGAAACCAGGTTGAGAGGAAGAGCTTCAACCCGTGGGGCCTGCAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCACCAGGCCCACCTGACCCGCCTGTGCTCCGAGTACCCAGAGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108690 GCCACCAGGCCCACCTGACCCGCCTGTGCTCCGAGTACCCAGAGAACAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGGCATC         GGTTCTTGTTGCTGGAAAATGTAGTGTCACAGTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108740 CGGCATCGTA...TAGGGTTCTTGTTGCTGGAAAATGTAGTGTCACAGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACGCATCCCTGTGTCCTGGATCTGAAGATGGGGACCCGGCAGCACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109895 CACGCATCCCTGTGTCCTGGATCTGAAGATGGGGACCCGGCAGCACGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGATGCATCGGAGGAGAAGAAGGCCCGCCACATGAGGAAGTGTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109945 ATGATGCATCGGAGGAGAAGAAGGCCCGCCACATGAGGAAGTGTGCGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGCACCTCAGCCTGCCTGGGTGTGCGCATCTGCGGCATGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109995 AGCACCTCAGCCTGCCTGGGTGTGCGCATCTGCGGCATGCAGGTA...AA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    766  GTTTATCAAACAGATAAGAAGTACTTTCTCTGCAAAGACAAGTACTATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112289 GGTTTATCAAACAGATAAGAAGTACTTTCTCTGCAAAGACAAGTACTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAAGAAAACTCTCAGTGGAGGGGTTCAGACAAGCCCTCTATCAGTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112339 GAAGAAAACTCTCAGTGGAGGGGTTCAGACAAGCCCTCTATCAGTTCCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CATAATGGAAGCCACCTCCGGAGGGAGCTCCTGGAGCCCATCCTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112389 CATAATGGAAGCCACCTCCGGAGGGAGCTCCTGGAGCCCATCCTGCACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTCCGGGCCCTCCTCTCTGTCATTAGGAGCCAGAGTTCATACCGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112439 GCTCCGGGCCCTCCTCTCTGTCATTAGGAGCCAGAGTTCATACCGCTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATTCCAGCTCTCTCCTTGTCATCTATGATGGGCAGGAACCACCAGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112489 ATTCCAGCTCTCTCCTTGTCATCTATGATGGGCAGGAACCACCAGAAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCCCCAGGCAGCCCGCATCCTCACGAGGCTCCCCAGGCAGCCCACGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112539 GCCCCAGGCAGCCCGCATCCTCACGAGGCTCCCCAGGCAGCCCACGGTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CTCTCCCGGTGGTCTCACCAAGGTTGACATCCGCATGATTGACTTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112589 CTCTCCCGGTGGTCTCACCAAGGTTGACATCCGCATGATTGACTTTGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ATACCACATACAAGGGCTACTGGAATGAGCACACCACCTACGATGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112639 ATACCACATACAAGGGCTACTGGAATGAGCACACCACCTACGATGGACCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GACCCTGGCTATATTTTTGGCCTGGAAAACCTCATCAGGATCCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112689 GACCCTGGCTATATTTTTGGCCTGGAAAACCTCATCAGGATCCTGCAGGA

   1250     .    :    .
   1215 TATCCAAGAGGGAGAA
        ||||||||||||||||
 112739 TATCCAAGAGGGAGAA