seq1 = pF1KE3172.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KE3172/gi568815595f_101464782.tfa (gi568815595f:101464782_101665990), 201209 bp

>pF1KE3172 1209
>gi568815595f:101464782_101665990 (Chr3)

1-1209  (100001-101209)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCTTTCCTCAAAATGAGTGTTAGTGTCAATTTCTTCAGACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCTTTCCTCAAAATGAGTGTTAGTGTCAATTTCTTCAGACCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCAGGTTTTTGGTGCCATTTACCCTTCATAGGAAGAGAAATAACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCAGGTTTTTGGTGCCATTTACCCTTCATAGGAAGAGAAATAACTTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAATTTTGCAGAGATACATGTCTTCCAAAATACCAGCTGTTACTTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAATTTTGCAGAGATACATGTCTTCCAAAATACCAGCTGTTACTTATCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAAATGAGAGTACACCCCCTTCTGAAGAGCTAGAGTTGGATAAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAAATGAGAGTACACCCCCTTCTGAAGAGCTAGAGTTGGATAAGTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AACTACCATGAAATCTAGTGTGCAAGAAGAATGTGTTTCAACAATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AACTACCATGAAATCTAGTGTGCAAGAAGAATGTGTTTCAACAATCTCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAGTAAGGATGAAGATCCTCTAGCTGCCACCAGAGAGTTCATTGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAGTAAGGATGAAGATCCTCTAGCTGCCACCAGAGAGTTCATTGAGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGAGATTGCTTGGCAGAGAAGTACCAGAACACATCACTGAAGAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGAGATTGCTTGGCAGAGAAGTACCAGAACACATCACTGAAGAAGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAAACCCTTATGGAATGTGTTTCTAACACAGCAAAAAAAAAATATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAAACCCTTATGGAATGTGTTTCTAACACAGCAAAAAAAAAATATTTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AATATTTATATACGAAGGAAAAAGTGAAAAAAGCTAGGCAAATAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AATATTTATATACGAAGGAAAAAGTGAAAAAAGCTAGGCAAATAAAAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAATGAAAGCAGCAGCAAGGGAAGAAGCAAAAAATATCAAGCTGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAAATGAAAGCAGCAGCAAGGGAAGAAGCAAAAAATATCAAGCTGCTAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AACCACTGAGGAAGATAAACAGAAAAACTTTCTATTTTTACGACTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AACCACTGAGGAAGATAAACAGAAAAACTTTCTATTTTTACGACTTTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATAGGAATATGGACATAGCAATGGGCTGGAAGGGTGCCCAGGCCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATAGGAATATGGACATAGCAATGGGCTGGAAGGGTGCCCAGGCCATGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTGGACAACCTTTGGTTTTTGACATGGCTTACGAAAATTATATGAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTGGACAACCTTTGGTTTTTGACATGGCTTACGAAAATTATATGAAACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AAAAGAATTGCAGAATACTGTTTCCCAGCTTTTAGAAAGTGAAGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AAAAGAATTGCAGAATACTGTTTCCCAGCTTTTAGAAAGTGAAGGATGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAGAAGAAATGTTGATCCTTTCCATATTTATTTCTGCAATCTAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAGAAGAAATGTTGATCCTTTCCATATTTATTTCTGCAATCTAAAAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GATGGTGCTTTGCACAGAGAGTTAGTTAAACGGTATCAAGAAAAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GATGGTGCTTTGCACAGAGAGTTAGTTAAACGGTATCAAGAAAAATGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAATTGCTTTTAACATCAACAGAAAAGTCTCATGTAGATTTATTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAATTGCTTTTAACATCAACAGAAAAGTCTCATGTAGATTTATTTCCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGACAGTATTATCTATTTAACTGCAGATTCTCCCAATGTTATGACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGGACAGTATTATCTATTTAACTGCAGATTCTCCCAATGTTATGACTACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTCAGGCATGACAAAGTTTATGTAATTGGGTCTTTTGTTGATAAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTCAGGCATGACAAAGTTTATGTAATTGGGTCTTTTGTTGATAAGAGTAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCAGCCAGGCACATCCCTAGCCAAGGCAAAACGGCTGAACCTGGCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCAGCCAGGCACATCCCTAGCCAAGGCAAAACGGCTGAACCTGGCAACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AATGCCTTCCATTAGATAAATATTTACAATGGGAAATTGGTAACAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AATGCCTTCCATTAGATAAATATTTACAATGGGAAATTGGTAACAAAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTCACCTTAGATCAAATGATACGTATTTTGTTATGTCTGAAAAACAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTCACCTTAGATCAAATGATACGTATTTTGTTATGTCTGAAAAACAATGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TAATTGGCAAGAGGCTCTGCAATTCGTTCCCAAGAGAAAACATACTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TAATTGGCAAGAGGCTCTGCAATTCGTTCCCAAGAGAAAACATACTGGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TTCTGGAGATTTCTCAGCATTCTCAAGAGTTTATCAACAGACTAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TTCTGGAGATTTCTCAGCATTCTCAAGAGTTTATCAACAGACTAAAGAAG

   1200     .
   1201 GCAAAGACT
        |||||||||
 101201 GCAAAGACT