seq1 = pF1KE3171.tfa, 1209 bp
seq2 = pF1KE3171/gi568815583f_75803964.tfa (gi568815583f:75803964_76033099), 229136 bp

>pF1KE3171 1209
>gi568815583f:75803964_76033099 (Chr15)

1-140  (100001-100140)   100% ->
141-279  (100528-100666)   100% ->
280-367  (109240-109327)   100% ->
368-463  (110147-110242)   100% ->
464-628  (113267-113431)   100% ->
629-794  (125921-126086)   100% ->
795-1209  (128722-129136)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGGTAGGCTGCTGCGGCGAGTGCCGCGGCTCCTCCGTAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCGGTAGGCTGCTGCGGCGAGTGCCGCGGCTCCTCCGTAGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGAGCACCTTCGTGTTGAGTAACCTGGCGGAGGTGGTGGAGCGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGAGCACCTTCGTGTTGAGTAACCTGGCGGAGGTGGTGGAGCGTGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCTTCCTGCCCGCCAAGGCGTTGCTGCGGGTGGCCTG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100101 TCACCTTCCTGCCCGCCAAGGCGTTGCTGCGGGTGGCCTGGTG...CAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTGCCGCTTATGGAGGGAGTGTGTGCGCAGAGTATTGCGGACCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100529 GTGTGCCGCTTATGGAGGGAGTGTGTGCGCAGAGTATTGCGGACCCATCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCGTAACCTGGATCTCCGCAGGCCTGGCGGAGGCCGGCCACCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100579 GAGCGTAACCTGGATCTCCGCAGGCCTGGCGGAGGCCGGCCACCTGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCATTGCTTGGTTCGCGTGGTAGCAGAGGAGCTTGAG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100629 GGCATTGCTTGGTTCGCGTGGTAGCAGAGGAGCTTGAGGCA...CAGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTCGCATCTTACCACATACAGTTCTTTACATGGCTGATTCAGAAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109243 GTTCGCATCTTACCACATACAGTTCTTTACATGGCTGATTCAGAAACTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTAGTCTGGAAGAGTGTCGTGGCCATAAGAGAG         CAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109293 CATTAGTCTGGAAGAGTGTCGTGGCCATAAGAGAGGTA...CAGCAAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAGAACTAGTATGGAAACAGCACTTGCCCTTGAGAAGCTATTCCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110153 AAAGAACTAGTATGGAAACAGCACTTGCCCTTGAGAAGCTATTCCCCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAATGCCAAGTCCTTGGGATTGTGACCCCAGGAATTGTAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110203 CAATGCCAAGTCCTTGGGATTGTGACCCCAGGAATTGTAGGTG...TAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACTCCAATGGGATCAGGTAGCAATCGACCTCAGGAAATAGAAATTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113268 GACTCCAATGGGATCAGGTAGCAATCGACCTCAGGAAATAGAAATTGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATCTGGTTTTGCTTTATTATTCCCTCAAATTGAAGGAATAAAAATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113318 AATCTGGTTTTGCTTTATTATTCCCTCAAATTGAAGGAATAAAAATACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCTTTCATTTTATTAAGGATCCAAAGAATTTAACATTAGAAAGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113368 CCCTTTCATTTTATTAAGGATCCAAAGAATTTAACATTAGAAAGACATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACTCACTGAAGTAG         GTCTTTTAGATAACCCTGAACTTCGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113418 ACTCACTGAAGTAGGTA...CAGGTCTTTTAGATAACCCTGAACTTCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGTCCTTGTCTTTGGTTATAATTGCTGTAAGGTGGGAGCCAGTAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125948 TGGTCCTTGTCTTTGGTTATAATTGCTGTAAGGTGGGAGCCAGTAATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCAGCAAGTAGTCAGCACTTTCAGTGATATGAATATCATCTTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125998 CTGCAGCAAGTAGTCAGCACTTTCAGTGATATGAATATCATCTTGGCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGGCCAGGTGGACAACCTGTCATCACTGACTTCTGAAAA         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126048 AGGCCAGGTGGACAACCTGTCATCACTGACTTCTGAAAAGTA...CAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCCTCTGGATATTGATGCCTCGGGTGTGGTTGGACTGTCATTTAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128724 ACCCTCTGGATATTGATGCCTCGGGTGTGGTTGGACTGTCATTTAGTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACCGAATCCAGAGTGCCACTGTGCTCCTCAACGAGGACGTCAGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128774 CACCGAATCCAGAGTGCCACTGTGCTCCTCAACGAGGACGTCAGTGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAAGACTGCTGAGGCTGCGATGCAGCGCCTCAAAGCGGCCAACATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128824 GAAGACTGCTGAGGCTGCGATGCAGCGCCTCAAAGCGGCCAACATTCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCATAACACCATTGGCTTCATGTTTGCATGCGTTGGCAGGGGCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128874 AGCATAACACCATTGGCTTCATGTTTGCATGCGTTGGCAGGGGCTTTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TATTACAGAGCCAAGGGGAATGTTGAGGCTGATGCATTTAGAAAGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128924 TATTACAGAGCCAAGGGGAATGTTGAGGCTGATGCATTTAGAAAGTTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCCTAGTGTTCCCTTATTCGGCTTCTTTGGAAATGGAGAAATTGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128974 TCCTAGTGTTCCCTTATTCGGCTTCTTTGGAAATGGAGAAATTGGATGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATCGGATAGTCACTGGGAACTTTATATTGAGGAAATGTAATGAGGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129024 ATCGGATAGTCACTGGGAACTTTATATTGAGGAAATGTAATGAGGTAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GATGATGATCTGTTTCATAGCTATACAACAATAATGGCACTCATACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129074 GATGATGATCTGTTTCATAGCTATACAACAATAATGGCACTCATACATCT

   1250     .    :
   1197 GGGGTCATCTAAA
        |||||||||||||
 129124 GGGGTCATCTAAA