seq1 = pF1KE3169.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE3169/gi568815579r_45790626.tfa (gi568815579r:45790626_46001773), 211148 bp

>pF1KE3169 1197
>gi568815579r:45790626_46001773 (Chr19)

(complement)

1-499  (100001-100499)   99% ->
500-1197  (110451-111148)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCGGCGGCGGCGGGCGAAGCGGAGGAAACCACCCGGTTGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCGGCGGCGGCGGGCGAAGCGGAGGAAACCACCCGGTTGCGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCGCTTCTCATTCGAAGAGAACCAGATCCTGATCCGCGAGGTGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCGCTTCTCATTCGAAGAGAACCAGATCCTGATCCGCGAGGTGCGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCACTACCCGCAGCTCTACGGCGCGCAGAGCCGTCGGGTGAGCGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCACTACCCGCAGCTCTACGGCGCGCAGAGCCGTCGGGTGAGCGTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCGGCGGCGCGTGTGGGACGGCATCGCCGCCAAGATCAACGGTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCGGCGGCGCGTGTGGGACGGCATCGCCGCCAAGATCAACGGTATCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCTGGAAGCGCACGGGCCAGGAGGTGCAGAAGCGCTGGAACGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCTGGAAGCGCACGGGCCAGGAGGTGCAGAAGCGCTGGAACGACTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCGCCGCACCAAGGAGAAGCTCGCTCGCGTGCCGCACTCCACGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCGCCGCACCAAGGAGAAGCTCGCTCGCGTGCCGCACTCCACGCAGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCGGGCCCGCCGCGGAGGACGCTTTCTCCGCGGAAGAGGAGACCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCGGGCCCGCCGCGGAGGACGCTTTCTCCGCGGAAGAGGAGACCATTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCCATCCTGGGGCCAGGTGTGGCGGCGCCGGGGGCAGGTGCTGGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCCATCCTGGGGCCAGGTGTGGCGGCGCCGGGGGCAGGTGCTGGGGCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGAGCCCCCTGCGGCCCCCTCTTCACAGCCGCCGCCCCCAAGCGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGAGCCCCCTGCGGCCCCCTCTTCACAGCCGCCGCCCCCAAGCGCCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCCAGCGCTACGTGTTGTCGGAAGACCGCCGGGAGGACCGACGTGCAG 
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100451 CCTCAGCGCTACGTGTTGTCGGAAGACCGCCGGGAGGACCGACGTGCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500         ATACATCAGCCCACAGCAAGGCGGGCTCCAGCAGCCCGGAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TG...CAGATACATCAGCCCACAGCAAGGCGGGCTCCAGCAGCCCGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CATGGGCCCGGCCCTCCTGCACTCCCCAGGAAGGGGGCTGCCCACGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110493 CATGGGCCCGGCCCTCCTGCACTCCCCAGGAAGGGGGCTGCCCACGGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGGAGCGTGAGTCACCACCCCCTTCGGCCCTGCAGCCGGTCCAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110543 AAGGAGCGTGAGTCACCACCCCCTTCGGCCCTGCAGCCGGTCCAGCTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCGCCTGGCCTTGTCTCCACCACCCCCAGCCCCTCCACTGCCACCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110593 TCGCCTGGCCTTGTCTCCACCACCCCCAGCCCCTCCACTGCCACCCCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGCCACTGGCCCAAGTGGCACCCTCACCCCCTAGCCCCCCACCCCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110643 CGCCACTGGCCCAAGTGGCACCCTCACCCCCTAGCCCCCCACCCCCTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGGCCTCCACCCACGCTCTCGGCCTCAGACCCCTCCCTGGACTTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110693 CGGCCTCCACCCACGCTCTCGGCCTCAGACCCCTCCCTGGACTTCCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCCCAGCAGGAGACTGCCAACGCCATCCGGGAGCTGGCCGGCACCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110743 GGCCCAGCAGGAGACTGCCAACGCCATCCGGGAGCTGGCCGGCACCCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GACAGGGACTGGCCAAACTGAGCGAGGCCCTCAGCGCTCTGCTGCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110793 GACAGGGACTGGCCAAACTGAGCGAGGCCCTCAGCGCTCTGCTGCCCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTACCAGGAACCCCAGTTGACTCCCTGCCTCCACCTCTGCCCCCACCCCC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110843 CTGCCAGGAACCCCAGTTGACTCCCTGCCTCCACCTCTGCCCCCACCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 ACCCCCACCGCCACCTCCCAGGCCTGTCCTGCCCCCACCGGCCCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110893 ACCCCCACCGCCACCTCCCAGGCCTGTCCTGCCCCCACCGGCCCCCAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGGAGATCACCCCAGAGCCCGTGTCCGTGGTGGCTGCTGTGGTGGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110943 TGGAGATCACCCCAGAGCCCGTGTCCGTGGTGGCTGCTGTGGTGGACGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCAGTGGTGGCAGCCAGGGGAGTGATCATTGCCCCAAGGAGCGAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110993 GCAGTGGTGGCAGCCAGGGGAGTGATCATTGCCCCAAGGAGCGAGGAGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGCACCCCGGCCCCCCCCAGCCCCGCTCCCTCCGCACGACTCCCCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111043 GGCACCCCGGCCCCCCCCAGCCCCGCTCCCTCCGCACGACTCCCCCCCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACAAGCGGAGAAAAGGTTTCCCTACACGGAAAAGGCGCGGCCGATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111093 ACAAGCGGAGAAAAGGTTTCCCTACACGGAAAAGGCGCGGCCGATGGAAA

   1200     .
   1192 TCTCCG
        ||||||
 111143 TCTCCG