seq1 = pF1KE3167.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KE3167/gi568815575f_50810784.tfa (gi568815575f:50810784_51016604), 205821 bp

>pF1KE3167 1176
>gi568815575f:50810784_51016604 (ChrX)

1-328  (100001-100328)   100% ->
329-1176  (104974-105821)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCCTCCTCAGTATTCTTAGAATTCTTTTTCTTTGTGAACTCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCCTCCTCAGTATTCTTAGAATTCTTTTTCTTTGTGAACTCGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCATGGAACACAGGGCCCAAATGGCAGAAGGAGGGCAGTCCTCTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCATGGAACACAGGGCCCAAATGGCAGAAGGAGGGCAGTCCTCTATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTTCTGGCTGAGGCCCCTACTTTGCCCCTGATTGAGGAGCTGCTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTTCTGGCTGAGGCCCCTACTTTGCCCCTGATTGAGGAGCTGCTAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAATCCCCTGGCGAACAGCCAAGGAAGCCCCGGCTCCTAGGGCATTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAATCCCCTGGCGAACAGCCAAGGAAGCCCCGGCTCCTAGGGCATTCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGGTACATGCTGGAGTTGTACCGGCGTTCAGCTGACTCGCATGGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGGTACATGCTGGAGTTGTACCGGCGTTCAGCTGACTCGCATGGGCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTAGAGAGAACCGCACCATTGGGGCCACCATGGTGAGGCTGGTGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTAGAGAGAACCGCACCATTGGGGCCACCATGGTGAGGCTGGTGAAGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTGACCAATGTGGCAAGGCCTCACAGAG         GTACCTGGCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100301 TTGACCAATGTGGCAAGGCCTCACAGAGGTG...CAGGTACCTGGCATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACAGATCCTGGGCTTTCCTCTCAGACCAAACCGAGGACTATACCAACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104987 ACAGATCCTGGGCTTTCCTCTCAGACCAAACCGAGGACTATACCAACTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTAGAGCCACTGTGGTTTACCGCCATCATCTCCAACTAACTCGCTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105037 TTAGAGCCACTGTGGTTTACCGCCATCATCTCCAACTAACTCGCTTCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCTCCTGCCATGTGGAGCCCTGGGTGCAGAAAAACCCAACCAACCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105087 CTCTCCTGCCATGTGGAGCCCTGGGTGCAGAAAAACCCAACCAACCACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCCTTCCTCAGAAGGAGATTCCTCAAAACCTTCCCTGATGTCTAACGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105137 CCCTTCCTCAGAAGGAGATTCCTCAAAACCTTCCCTGATGTCTAACGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGAAAGAGATGGATATCACACAACTTGTTCAGCAAAGGTTCTGGAATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105187 GGAAAGAGATGGATATCACACAACTTGTTCAGCAAAGGTTCTGGAATAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGGGACACAGGATCCTACGACTCCGTTTTATGTGTCAGCAGCAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105237 AAGGGACACAGGATCCTACGACTCCGTTTTATGTGTCAGCAGCAAAAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TAGTGGTGGTCTTGAGCTCTGGCATGGCACTTCATCCTTGGACATTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105287 TAGTGGTGGTCTTGAGCTCTGGCATGGCACTTCATCCTTGGACATTGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCTTGTTACTCTATTTCAATGATACTCATAAAAGCATTCGGAAGGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105337 TCTTGTTACTCTATTTCAATGATACTCATAAAAGCATTCGGAAGGCTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTTCTTCCCAGGGGCATGGAGGAGTTCATGGAAAGGGAATCTCTTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105387 TTTCTTCCCAGGGGCATGGAGGAGTTCATGGAAAGGGAATCTCTTCTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAGAACCCGACAAGCAGATGGTATCTCAGCTGAGGTTACTGCCTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105437 GAGAACCCGACAAGCAGATGGTATCTCAGCTGAGGTTACTGCCTCTTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CAAAACATAGCGGGCCTGAAAATAACCAGTGTTCCCTCCACCCTTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105487 CAAAACATAGCGGGCCTGAAAATAACCAGTGTTCCCTCCACCCTTTCCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATCAGCTTCCGCCAGCTGGGTTGGGATCACTGGATCATTGCTCCCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105537 ATCAGCTTCCGCCAGCTGGGTTGGGATCACTGGATCATTGCTCCCCCTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTACACCCCAAACTACTGTAAAGGAACTTGTCTCCGAGTACTACGCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105587 CTACACCCCAAACTACTGTAAAGGAACTTGTCTCCGAGTACTACGCGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTCTCAATTCCCCCAATCACGCCATTATTCAGAACCTTATCAATCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105637 GTCTCAATTCCCCCAATCACGCCATTATTCAGAACCTTATCAATCAGTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GTGGACCAGAGTGTCCCCCGGCCCTCCTGTGTCCCGTATAAGTATGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105687 GTGGACCAGAGTGTCCCCCGGCCCTCCTGTGTCCCGTATAAGTATGTTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AATTAGTGTCCTTATGATTGAGGCAAATGGGAGTATTTTGTACAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105737 AATTAGTGTCCTTATGATTGAGGCAAATGGGAGTATTTTGTACAAGGAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .
   1142 ATGAGGGTATGATTGCTGAGTCTTGTACATGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105787 ATGAGGGTATGATTGCTGAGTCTTGTACATGCAGA