seq1 = pF1KE3165.tfa, 1161 bp
seq2 = pF1KE3165/gi568815593f_41825310.tfa (gi568815593f:41825310_42041278), 215969 bp

>pF1KE3165 1161
>gi568815593f:41825310_42041278 (Chr5)

1-189  (100001-100189)   100% ->
190-425  (101704-101939)   100% ->
426-646  (104388-104608)   100% ->
647-722  (108637-108712)   100% ->
723-898  (108824-108999)   100% ->
899-1074  (114132-114307)   100% ->
1075-1161  (115883-115969)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGAAGCGAGCCGCGCAGCGGAACAAACTCGCCGCCGCCGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGAAGCGAGCCGCGCAGCGGAACAAACTCGCCGCCGCCGCCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGACTGGGGCCGCCTGGAGGCGGCCATCCTCAGCGGCTGGAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCGACTGGGGCCGCCTGGAGGCGGCCATCCTCAGCGGCTGGAAGACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGGCAGTCAGTGAGCAAGGAGAGGGTGGCGCGTACGACCTCACGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTGGCAGTCAGTGAGCAAGGAGAGGGTGGCGCGTACGACCTCACGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGTGGATGAGGCGGCCAGCACCCTGACGCGGCTGCCG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100151 GAGGTGGATGAGGCGGCCAGCACCCTGACGCGGCTGCCGGTG...CAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGTACAGCTATATATTTTGTCCTTTCTTTCACCTCATGATCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101706 TGATGTACAGCTATATATTTTGTCCTTTCTTTCACCTCATGATCTGTGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTTGGGAAGTACAAATCATTATTGGAATGAAACTGTAAGAGATCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101756 AGTTGGGAAGTACAAATCATTATTGGAATGAAACTGTAAGAGATCCAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTGGAGATACTTTTTGTTGAGGGATCTTCCTTCTTGGTCTTCTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101806 CTGTGGAGATACTTTTTGTTGAGGGATCTTCCTTCTTGGTCTTCTGTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGGAAGTCTCTTCCAGATCTAGAAATCTTAAAAAAGCCTATATCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101856 CTGGAAGTCTCTTCCAGATCTAGAAATCTTAAAAAAGCCTATATCTGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCACTGATGGTGCATTTTTTGACTACATGGCAGT         CTATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101906 TCACTGATGGTGCATTTTTTGACTACATGGCAGTGTA...CAGCTATAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGTGCTGTCCATACACAAGAAGAGCTTCAAAATCCAGCCGTCCTATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104395 ATGTGCTGTCCATACACAAGAAGAGCTTCAAAATCCAGCCGTCCTATGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGAGCTGTCACTTCTTTTTTACACTCCCTGATCATTCAGAATGAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104445 TGGAGCTGTCACTTCTTTTTTACACTCCCTGATCATTCAGAATGAACCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GATTTGCTATGTTTGGACCAGGTTTGGAAGAATTGAATACCTCTTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104495 GATTTGCTATGTTTGGACCAGGTTTGGAAGAATTGAATACCTCTTTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTGAGCTTGATGTCTTCAGAGGAACTTTGCCCAACAGCTGGTTTGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104545 TTGAGCTTGATGTCTTCAGAGGAACTTTGCCCAACAGCTGGTTTGCCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAGGCAGATTGATG         GTATTGGATCAGGAGTCAATTTTCAGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104595 GAGGCAGATTGATGGTA...TAGGTATTGGATCAGGAGTCAATTTTCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAACAACCAACATAAATTCAACATTCTAATCTTATATTCAACTACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108664 TGAACAACCAACATAAATTCAACATTCTAATCTTATATTCAACTACCAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723         AAAGGAAAGAGATAGAGCAAGGGAAGAGCATACAAGTGCAGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108714 TA...TAGAAAGGAAAGAGATAGAGCAAGGGAAGAGCATACAAGTGCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TAACAAGATGTTCAGTCGACACAATGAAGGTGATGATCAACAAGGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108866 TAACAAGATGTTCAGTCGACACAATGAAGGTGATGATCAACAAGGAAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGTACAGTGTGATTCCACAGATTCAAAAAGTGTGTGAAGTTGTAGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108916 GGTACAGTGTGATTCCACAGATTCAAAAAGTGTGTGAAGTTGTAGATGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTCATCTATGTTGCAAATGCTGAAGCTCATAAAA         GACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108966 TTCATCTATGTTGCAAATGCTGAAGCTCATAAAAGTA...TAGGACATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATGGCAAGATGAATTTTCTCATATTATGGCAATGACAGATCCAGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114139 ATGGCAAGATGAATTTTCTCATATTATGGCAATGACAGATCCAGCCTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGTCTTCGGGAAGACCATTGTTGGTTTTATCTTGTATTTCTCAAGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114189 GGTCTTCGGGAAGACCATTGTTGGTTTTATCTTGTATTTCTCAAGGGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTAAAAAGAATGCCCTGTTTTTATTTGGCTCATGAGCTGCATCTGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114239 GTAAAAAGAATGCCCTGTTTTTATTTGGCTCATGAGCTGCATCTGAATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TCTAAATCACCCATGGCTG         GTCCAGGATACAGAGGCTGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114289 TCTAAATCACCCATGGCTGGTA...GAGGTCCAGGATACAGAGGCTGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTCTGACTGGTTTTTTGAATGGCATTGAGTGGATTCTTGAAGAAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115905 CTCTGACTGGTTTTTTGAATGGCATTGAGTGGATTCTTGAAGAAGTGGAA

   1200     .    :    .
   1147 TCTAAGCGTGCAAGA
        |||||||||||||||
 115955 TCTAAGCGTGCAAGA