seq1 = pF1KE3163.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KE3163/gi568815575f_13562501.tfa (gi568815575f:13562501_13763561), 201061 bp

>pF1KE3163 1143
>gi568815575f:13562501_13763561 (ChrX)

1-82  (97187-97268)   100% ->
83-1143  (100001-101061)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCTCGGCTCACCGCAAACTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  97187 ATGATCTCGGCTCACCGCAAACTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCTCGGCCTTCCGAGTAGCTGGGACTACAG         CTGTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  97237 TGCCTCGGCCTTCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTA...CAGCTGTAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTCTGACAAGAACCAGATAGCTGCCAGAGCTTCTCTTATTGAGCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 TGTCTGACAAGAACCAGATAGCTGCCAGAGCTTCTCTTATTGAGCAACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTCCAAAAGGAATTTTGAGGATCTTGGCAACCACCTTACTGAGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 ATGTCCAAAAGGAATTTTGAGGATCTTGGCAACCACCTTACTGAGCTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACAATTTATGTGACTAAGGAGCATCTCCAGGAGACAGATGTGGTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100110 AACAATTTATGTGACTAAGGAGCATCTCCAGGAGACAGATGTGGTCAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTGTACAGAGTCCTCAAAAACTGCCCCTCTGTGGCTTTGAAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100160 CTGTGTACAGAGTCCTCAAAAACTGCCCCTCTGTGGCTTTGAAAAAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCAAGTGTTTGCTATCAAAGTGGAAAGCTGTTTATAAGCAGACTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100210 GCCAAGTGTTTGCTATCAAAGTGGAAAGCTGTTTATAAGCAGACTCACTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAAGCGAGGAACAGCCCTAAATTATTTCCTGTGAGGGGTAATAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100260 CAAAGCGAGGAACAGCCCTAAATTATTTCCTGTGAGGGGTAATAAAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAAATTCAGGACCTTCTCATGACCCAAGTCAGAATGAGACACTGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100310 AAAATTCAGGACCTTCTCATGACCCAAGTCAGAATGAGACACTGGGCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGCAGCTCGAATTCTCTGTCTTCCCAAGACGTTGCAAAACTCAGTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100360 TGCAGCTCGAATTCTCTGTCTTCCCAAGACGTTGCAAAACTCAGTGAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GATTGTGCCTGAAAATAGAGCCATTCAATTGAAACCTAAGGAAGAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100410 GATTGTGCCTGAAAATAGAGCCATTCAATTGAAACCTAAGGAAGAGCATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTGGGGATGGTGACCCTGAATCCACTGGCAAGAGATCGAGTGAGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100460 TTGGGGATGGTGACCCTGAATCCACTGGCAAGAGATCGAGTGAGTTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GATCCCACAACACCCATGAGAACTAAATGCATAGAGCTTCTTTACGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100510 GATCCCACAACACCCATGAGAACTAAATGCATAGAGCTTCTTTACGCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTTAACTAGTTCTTCCACAGATCAACCCAAAGCTGATTTGTGGCAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100560 TTTAACTAGTTCTTCCACAGATCAACCCAAAGCTGATTTGTGGCAAAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTGCAAGAGAAATTGAAGAGCATGTTTTTACCCTTTATTCAAAGAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100610 TTGCAAGAGAAATTGAAGAGCATGTTTTTACCCTTTATTCAAAGAACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAAAAATATAAAACTTGCATCAGAAGCAAAGTTGCCAATTTGAAGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100660 AAAAAATATAAAACTTGCATCAGAAGCAAAGTTGCCAATTTGAAGAACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CAGAAATTCTCATTTACAACAAAACTTGCTCTCTGGGACCACGTCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100710 CAGAAATTCTCATTTACAACAAAACTTGCTCTCTGGGACCACGTCTCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GAGAATTTGCTGAAATGACTGTCATGGAGATGGCAAATAAGGAACTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100760 GAGAATTTGCTGAAATGACTGTCATGGAGATGGCAAATAAGGAACTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGTTGAGAGCCTCCTACACGGAATCTTGTATCCAGGAACATTACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100810 CAGTTGAGAGCCTCCTACACGGAATCTTGTATCCAGGAACATTACCTTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCAAGTAATTGATGGCACACAGACAAATAAAATAAAATGCAGACGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100860 CCAAGTAATTGATGGCACACAGACAAATAAAATAAAATGCAGACGCTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGAAATACAATTGCAAAGTCACTGTAATTGACAGAGGAACACTTTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100910 AGAAATACAATTGCAAAGTCACTGTAATTGACAGAGGAACACTTTTCCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CCCAGCTGGGTGCGGAATTCAAACCCAGATGAACAAATGATGACTTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100960 CCCAGCTGGGTGCGGAATTCAAACCCAGATGAACAAATGATGACTTACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 AATTTGTAACGAATGTGGGGAGCAGTGGTACCATAGCAAGTGGGTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101010 AATTTGTAACGAATGTGGGGAGCAGTGGTACCATAGCAAGTGGGTGTGCT

   1150 
   1142 GG
        ||
 101060 GG