seq1 = pF1KE3162.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KE3162/gi568815591r_123931864.tfa (gi568815591r:123931864_124132901), 201038 bp

>pF1KE3162 1140
>gi568815591r:123931864_124132901 (Chr7)

(complement)

1-1140  (99899-101038)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGGAGCGACGTGGACAGCGAGGGCCCCGCACGGAGGGGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99899 ATGGCGGGGAGCGACGTGGACAGCGAGGGCCCCGCACGGAGGGGCGGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCGGCGTCCCGGGGCCCCTGGCGGGCCAGGAAGCGAGGCGGCAGCCG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99949 GGCGCGGCGTCCGGGGGCCCCTGGCGGGCCAGGAAGCGAGGCGGCAGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGCCCGGAGCCGCTGTCCACTGCTGAAGCGCCGGCTGAGAGCGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 GCTGCCCGGAGCCGCTGTCCACTGCTGAAGCGCCGGCTGAGAGCGCCACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCCCGCCTGGATGCGCCTCTACTTCTACGGGATGCACGGGATCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CTGCCCGCCTGGATGCGCCTCTACTTCTACGGGATGCACGGGATCACCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACGTGCTGGTGTCCTCGGCCCGGCGCTTCGCCCGCAGCCCGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 GGACGTGCTGGTGTCCTCGGCCCGGCGCTTCGCCCGCAGCCCGGACCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGATGCTAGGCTTCTCCTCGCCCTACCGCTGCCTGCTGCACTCGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GGATGCTAGGCTTCTCCTCGCCCTACCGCTGCCTGCTGCACTCGCTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATTTCGCCCTGGAGAAGGTGTACCTGCAGCAGCGGCGCTGTCCCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 CATTTCGCCCTGGAGAAGGTGTACCTGCAGCAGCGGCGCTGTCCCAACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCGTCTTCAATTTCCTCCTCTACCCCTCGGCCCACGTGGGGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 CTTCGTCTTCAATTTCCTCCTCTACCCCTCGGCCCACGTGGGGCTGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCTAGCGGGCCAGGCGCTACTACTCAGCCTGGGCGGCGGGGCGGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 CCCTAGCGGGCCAGGCGCTACTACTCAGCCTGGGCGGCGGGGCGGGGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGGTGGCGCCAGGGGCGCTGGACCTGGCGCTGCAGTACGTGCTGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 GCGGTGGCGCCAGGGGCGCTGGACCTGGCGCTGCAGTACGTGCTGGCGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTACCACTGCCAAGTGTTCCTGAAGCGCTTCCTGCGCTTGCGGTACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 CTACCACTGCCAAGTGTTCCTGAAGCGCTTCCTGCGCTTGCGGTACGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GACAGAGGCGGCGGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100449 GACAGAGGCGGCGGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGGAGGGGCGCGCTCCCCGTCCCTCCCGGCGCCCGGGTCCCTACTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100499 CGGAGGGGCGCGCTCCCCGTCCCTCCCGGCGCCCGGGTCCCTACTGCGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGGAGCCCGGCGGCGACGACCCCGTGGCCCCAGGGGCGCCGGGGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 CGGAGCCCGGCGGCGACGACCCCGTGGCCCCAGGGGCGCCGGGGGAGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAGCCAGGGGCTGCCCGACCTACCCCGCTTTCTTTTCTTCGGAATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100599 CCAGCCAGGGGCTGCCCGACCTACCCCGCTTTCTTTTCTTCGGAATGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGCTTTCTGGATGAGATCTTCTTCACCTTCTTCTTCAACGTACTGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100649 GGCTTTCTGGATGAGATCTTCTTCACCTTCTTCTTCAACGTACTGGGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGGGGACGGGACAACCAGCGGCCACACGTCGCTCTGGTCCTTCTTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100699 GGGGGACGGGACAACCAGCGGCCACACGTCGCTCTGGTCCTTCTTTATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACGGCAGCTGCAGTTTCGTGGTGGAAAAGCTCTACTTCCACCTCCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100749 ACGGCAGCTGCAGTTTCGTGGTGGAAAAGCTCTACTTCCACCTCCACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGCCGCGGTTGGGGCACTTGGAAGCGGGTGCCCATCTACGTGATCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100799 AGCCGCGGTTGGGGCACTTGGAAGCGGGTGCCCATCTACGTGATCTTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTACGTGTGGGAGCTGTCCTGGGGTCTGGGACTCCGCACGTGCGGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100849 CTACGTGTGGGAGCTGTCCTGGGGTCTGGGACTCCGCACGTGCGGGGCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GTTCCTGGGACTATTCTCACTACCCGCTCAATTTTATGGGCCTCATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100899 GTTCCTGGGACTATTCTCACTACCCGCTCAATTTTATGGGCCTCATCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTGATGTATTTACCTGGCTGGATATTCCTTAGTGTGTACCAGGACCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100949 CTGATGTATTTACCTGGCTGGATATTCCTTAGTGTGTACCAGGACCTAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TTCCAACGTGTTGTGGAGGGTGCAGTACGTACCAGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100999 TTCCAACGTGTTGTGGAGGGTGCAGTACGTACCAGCTAAC