seq1 = pF1KE3161.tfa, 1125 bp
seq2 = pF1KE3161/gi568815596r_58060108.tfa (gi568815596r:58060108_58341313), 281206 bp

>pF1KE3161 1125
>gi568815596r:58060108_58341313 (Chr2)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-155  (109202-109260)   100% ->
156-216  (111440-111500)   100% ->
217-273  (114530-114586)   100% ->
274-374  (119272-119372)   100% ->
375-471  (137088-137184)   100% ->
472-540  (142652-142720)   100% ->
541-691  (175440-175590)   100% ->
692-775  (177797-177880)   100% ->
776-821  (178240-178285)   100% ->
822-903  (178367-178448)   100% ->
904-1020  (179676-179792)   99% ->
1021-1092  (181135-181206)   100% ->
1093-1125  (181514-181546)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTGACGGAAGCGAGCCTGTTGCGCCAGTGCCCCCTGCTTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTGACGGAAGCGAGCCTGTTGCGCCAGTGCCCCCTGCTTCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGAACCGGTCGAAAACCGTGTATGAGGGATTCATCTCGGCTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 CCAGAACCGGTCGAAAACCGTGTATGAGGGATTCATCTCGGCTCAGGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GGAAGAGACTTCCACCTTAGGATAGTGTTGCCTGAAGATTTACAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGGGAAGAGACTTCCACCTTAGGATAGTGTTGCCTGAAGATTTACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAAGAATGCAAG         ATTATTATGTAGTTGGCAGCTGAGAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109247 CTGAAGAATGCAAGGTG...TAGATTATTATGTAGTTGGCAGCTGAGAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATACTTAGTGGATACCATCGAATAGTACAACAG         AGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111467 AATACTTAGTGGATACCATCGAATAGTACAACAGGTA...TAGAGAATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGCACTCTCCTGATCTAATGAGCTTTATGATGGAGTTGAAGATGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114537 AGCACTCTCCTGATCTAATGAGCTTTATGATGGAGTTGAAGATGCTTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274          GAAGTTGCCTTAAAGAATAGACAAGAGCTGTATGCACTACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114587 GTA...CAGGAAGTTGCCTTAAAGAATAGACAAGAGCTGTATGCACTACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TCCTCCTCCCCAGTTCTACTCAAGCCTTATTGAAGAGATAGGAACTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119313 TCCTCCTCCCCAGTTCTACTCAAGCCTTATTGAAGAGATAGGAACTCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTTGGGATAA         ACTTGTGTATGCGGATACCTGCTTCAGTACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 119363 GTTGGGATAAGTA...CAGACTTGTGTATGCGGATACCTGCTTCAGTACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATCAAGTTAAAAGCAGAAGATGCTTCTGGTAGAGAGCATTTAATCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137119 ATCAAGTTAAAAGCAGAAGATGCTTCTGGTAGAGAGCATTTAATCACTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAAGTTGAAGGCAAAG         TATCCTGCAGAATCACCAGATTATT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 137169 CAAGTTGAAGGCAAAGGTA...TAGTATCCTGCAGAATCACCAGATTATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTGTGGATTTTCCTGTTCCATTTTGTGCCTCCTGGACACCTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 142677 TTGTGGATTTTCCTGTTCCATTTTGTGCCTCCTGGACACCTCAGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    541    AGCTCCTTAATAAGCATTTATAGTCAGTTTTTGGCAGCAATAGAATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175437 CAGAGCTCCTTAATAAGCATTTATAGTCAGTTTTTGGCAGCAATAGAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 ACTAAAGGCATTCTGGGATGTTATGGATGAAATCGATGAGAAGACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175487 ACTAAAGGCATTCTGGGATGTTATGGATGAAATCGATGAGAAGACCTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TACTTGAGCCAGAAAAACCTCCACGGAGTGCAACAGCACGCAGAATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175537 TACTTGAGCCAGAAAAACCTCCACGGAGTGCAACAGCACGCAGAATTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTAG         GTAATAATGTTTCCATAAATATAGAGGTAGACCCCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175587 TTAGGTA...TAGGTAATAATGTTTCCATAAATATAGAGGTAGACCCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GCATCCTACTATGCTTCCTGAGTGCTTCTTTCTTGGAGCTGACCATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 177834 GCATCCTACTATGCTTCCTGAGTGCTTCTTTCTTGGAGCTGACCATGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776       TGGTAAAACCCCTGGGAATTAAGCTGAGCAGGAACATACATTTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177884 ...AAGTGGTAAAACCCCTGGGAATTAAGCTGAGCAGGAACATACATTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TG         GGATCCAGAAAATAGTGTGTTACAAAATTTGAAAGATGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178284 TGGTA...CAGGGATCCAGAAAATAGTGTGTTACAAAATTTGAAAGATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TTTAGAAATTGATTTTCCAGCTCGTGCTATCCTGGAAAAATCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 178406 TTTAGAAATTGATTTTCCAGCTCGTGCTATCCTGGAAAAATCTGTA...A

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904   GATTTTACTATGGATTGTGGAATTTGTTATGCTTATCAACTTGACGGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179674 AGGATTTTACTATGGATTGTGGAATTTGTTATGCTTATCAACTTGACGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 ACCATTCCTGATCAAGTGTGTGATAATTCCCAGTGTGGACAACCTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 179724 ACCATTCCTGATCAAGTGTGTGATAATTCTCAGTGTGGACAACCTTTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TCAAATATGCTTATATGAG         TGGCTGAGAGGACTACTAACTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 179774 TCAAATATGCTTATATGAGGTA...CAGTGGCTGAGAGGACTACTAACTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GTAGACAGAGTTTTAACATCATATTTGGTGAATGTCCATATTGTAGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181157 GTAGACAGAGTTTTAACATCATATTTGGTGAATGTCCATATTGTAGTAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :
   1093          CCAATTACCTTAAAAATGTCTGGAAGGAAACAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 181207 GTA...AAGCCAATTACCTTAAAAATGTCTGGAAGGAAACAC