seq1 = pF1KE3160.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KE3160/gi568815595r_50247609.tfa (gi568815595r:50247609_50450652), 203044 bp

>pF1KE3160 1140
>gi568815595r:50247609_50450652 (Chr3)

(complement)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-170  (100631-100722)   100% ->
171-339  (100820-100988)   100% ->
340-448  (101159-101267)   100% ->
449-585  (101643-101779)   100% ->
586-683  (101871-101968)   100% ->
684-720  (102090-102126)   100% ->
721-814  (102243-102336)   100% ->
815-932  (102412-102529)   100% ->
933-1075  (102752-102894)   100% ->
1076-1140  (102980-103044)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAGCGGCTGCCGCATCGAATGCATATTCTTCAGCGAGTTCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAGCGGCTGCCGCATCGAATGCATATTCTTCAGCGAGTTCCACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACGCTGGGACCCAAGATCACCTATCAG         GTCCCTGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 CACGCTGGGACCCAAGATCACCTATCAGGTG...CAGGTCCCTGAAGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCATCTCCCGAGAGCTGTTTGACACAGTCCAAGTGTACATCATCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100644 TCATCTCCCGAGAGCTGTTTGACACAGTCCAAGTGTACATCATCACCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGAGCTGCAGAACAAGCTTATCACTGT         CACAGCTATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100694 CCAGAGCTGCAGAACAAGCTTATCACTGTGTG...CAGCACAGCTATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAGAAGCTGATCGGCTGTCCTGTGTGCATCGAACACAAGAAGTACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100832 AAAGAAGCTGATCGGCTGTCCTGTGTGCATCGAACACAAGAAGTACAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAATGCTCTCCTCTTCAACCTGGGCTTCGTGTGTGATGCCCAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100882 GCAATGCTCTCCTCTTCAACCTGGGCTTCGTGTGTGATGCCCAGGCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCTGCGCCCTCGAGCCCATTGTTAAAAAGCTGGCTGGCTATCTGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100932 ACCTGCGCCCTCGAGCCCATTGTTAAAAAGCTGGCTGGCTATCTGACCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTAGAG         CTAGAGAGCAGCTTCGTGTCCATGGAGGAGAGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100982 ACTAGAGGTC...TAGCTAGAGAGCAGCTTCGTGTCCATGGAGGAGAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCAGAAGTTGGTGCCCATCATGACCATCTTGCTGGAGGAGCTAAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101193 AGCAGAAGTTGGTGCCCATCATGACCATCTTGCTGGAGGAGCTAAATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAGGCCGGTGCACTCTGCCCATTG         ATGAGTCCAACACCAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101243 TCAGGCCGGTGCACTCTGCCCATTGGTA...CAGATGAGTCCAACACCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCACTTGAAGGTGATTGAGCAGCGGCCAGACCCTCCGGTGGCCCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101659 CCACTTGAAGGTGATTGAGCAGCGGCCAGACCCTCCGGTGGCCCAGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGATGTACCTGTCTTTACCAAAGACAAGGAGGATTTCTTCAACTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101709 ATGATGTACCTGTCTTTACCAAAGACAAGGAGGATTTCTTCAACTCACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGGACCTCACTACACAACAA         ATCCTGCCCTACATTGATGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101759 TGGGACCTCACTACACAACAAGTA...CAGATCCTGCCCTACATTGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTCCGCCACATCCAGAAGATTTCAGCAGAGGCAGATGTGGAGCTCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101891 GTTCCGCCACATCCAGAAGATTTCAGCAGAGGCAGATGTGGAGCTCAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGTGCGCATTGCTATCCAGAACCTGCT         GTACTACGGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101941 TGGTGCGCATTGCTATCCAGAACCTGCTGTG...CAGGTACTACGGCGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGACACTGGTGTCCATCCTCCAG         TACTCCAATGTATACTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102103 GTGACACTGGTGTCCATCCTCCAGGTA...TAGTACTCCAATGTATACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCCAACGCCCAAGGTCCAGGACCTGGTAGATGACAAGTCCCTGCAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102260 CCCAACGCCCAAGGTCCAGGACCTGGTAGATGACAAGTCCCTGCAAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CATGTCTATCCTACGTGACCAAGCAAG         GGCACAAGAGGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102310 CATGTCTATCCTACGTGACCAAGCAAGGTA...CAGGGCACAAGAGGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGTCTCCGGGATGTGTTCCAGCTATACTGCAGCCTGAGCCCTGGCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102426 AGTCTCCGGGATGTGTTCCAGCTATACTGCAGCCTGAGCCCTGGCACTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CGTGCGAGACCTCATTGGCCGCCACCCCCAGCAGCTGCAGCATGTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102476 CGTGCGAGACCTCATTGGCCGCCACCCCCAGCAGCTGCAGCATGTTGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AACG         GAAGCTGATCCAGTTCGGGCTTATGAAGAACCTCATC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102526 AACGGTC...TAGGAAGCTGATCCAGTTCGGGCTTATGAAGAACCTCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGGCGACTACAGAAGTATCCTGTGCGGGTGACTCGGGAAGAGCAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102789 AGGCGACTACAGAAGTATCCTGTGCGGGTGACTCGGGAAGAGCAGAGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCCTGCCCGGCTTTATACAGGCTGCCACAGCTATGACGAGATCTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102839 CCCTGCCCGGCTTTATACAGGCTGCCACAGCTATGACGAGATCTGCTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGACAG         GCATGAGCTACCATGAGCTGGATGAGCGGCTTGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102889 AGACAGGTG...CAGGCATGAGCTACCATGAGCTGGATGAGCGGCTTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :
   1111 AATGACCCCAACATCATCATCTGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 103015 AATGACCCCAACATCATCATCTGCTGGAAG