seq1 = pF1KE3159.tfa, 1134 bp
seq2 = pF1KE3159/gi568815596r_171224262.tfa (gi568815596r:171224262_171492185), 267924 bp

>pF1KE3159 1134
>gi568815596r:171224262_171492185 (Chr2)

(complement)

1-143  (100001-100143)   100% ->
144-235  (131673-131764)   98% ->
236-606  (152632-153002)   100% ->
607-656  (154684-154733)   100% ->
657-720  (160319-160382)   98% ->
721-860  (161488-161627)   100% ->
861-967  (166038-166144)   100% ->
968-1033  (166280-166345)   100% ->
1034-1134  (167824-167924)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATATGATTTGGAGAAATTCCATTTCTTGTCTAAGGCTAGGAAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATATGATTTGGAGAAATTCCATTTCTTGTCTAAGGCTAGGAAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCACACAGATACCAAAGTGGTTACCACCCAGTGGCCCCTCTGGGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCACACAGATACCAAAGTGGTTACCACCCAGTGGCCCCTCTGGGATCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGATTTTAACTGACCCAGCCAAAGTTTTTGAACACAACATGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100101 GGATTTTAACTGACCCAGCCAAAGTTTTTGAACACAACATGTGGTG...T

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144   GGATCACATGCAGTGGTCTAAGGAAGAAGAAGCAGCAGCCAGAAAAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131671 AGGGATCACATGCAGTGGTCTAAGGAAGAAGAAGCAGCAGCCAGAAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTAAAGGAAAACTCAGCTGTGCGAGTCCTTCTGGAAGAGCAAG      
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 131721 AGTAAAAGAAAACTCAGCTGTGCGAGTCCTTCTGGAAGAGCAAGGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    TTAAGTATGAGAGAGAAGCTAGTAAATACTGGGACACATTTTACAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152629 TAGTTAAGTATGAGAGAGAAGCTAGTAAATACTGGGACACATTTTACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTCATAAGAATAAGTTTTTCAAGGATCGTAATTGGCTGTTGAGGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152679 ATTCATAAGAATAAGTTTTTCAAGGATCGTAATTGGCTGTTGAGGGAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCTGAAATTCTTCCAGTTGATCAAAAACCTGAAGAGAAGGCGAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152729 TCCTGAAATTCTTCCAGTTGATCAAAAACCTGAAGAGAAGGCGAGAGAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATCATGGGATCATGTAAAAACTAGTGCTACAAATCGTTTCTCAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152779 CATCATGGGATCATGTAAAAACTAGTGCTACAAATCGTTTCTCAAGAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACTGTCCTACTGTGCCTGATGAAAAAAATCATTATGAGAAAAGTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152829 CACTGTCCTACTGTGCCTGATGAAAAAAATCATTATGAGAAAAGTTCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTCTTCAGAAGGTCAAAGCAAAACAGAATCTGATTTTTCCAACCTAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152879 TTCTTCAGAAGGTCAAAGCAAAACAGAATCTGATTTTTCCAACCTAGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGAAAAACACAAAAAAGGACCTATGGAGACTGGATTGTTTCCTGGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152929 CTGAAAAACACAAAAAAGGACCTATGGAGACTGGATTGTTTCCTGGTAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AATGCCACTTTCAGGATACTAGAG         GTTGGTTGTGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 152979 AATGCCACTTTCAGGATACTAGAGGTA...TAGGTTGGTTGTGGAGCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAATAGTGTGTTTCCAATTTTGAACACTTTGGA         GAACTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 154701 AAATAGTGTGTTTCCAATTTTGAACACTTTGGAGTG...TAGGAACTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGAGTCCTTTCTGTATTGTTGTGATTTTGCTTCTGGAGCTGTGGAGCTC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160327 CGGAGTCCTTTCTGTATTGTTGTGATTTTGCTTCTGGAGCTGTGGAGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTAAAG         TCACACTCGTCCTACAGAGCAACCCAGTGTTTTGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160377 GTAAAGGTA...CAGTCACACTCGTCCTACAGAGCAACCCAGTGTTTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTTGTTCATGATGTATGTGATGATGGCTTACCTTACCCTTTTCCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161523 CTTTGTTCATGATGTATGTGATGATGGCTTACCTTACCCTTTTCCAGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGATCCTGGATGTCATTCTCCTTGTCTTTGTGCTCTCTTCTATTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161573 GGATCCTGGATGTCATTCTCCTTGTCTTTGTGCTCTCTTCTATTCATCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACAG         GATGCAAGGTGTTGTAAACCGACTGTCCAAGTTACT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161623 GACAGGTA...AAGGATGCAAGGTGTTGTAAACCGACTGTCCAAGTTACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAAACCTGGGGGAATGCTGTTATTTCGAGACTATGGAAGATATGATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166074 GAAACCTGGGGGAATGCTGTTATTTCGAGACTATGGAAGATATGATAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTCAGCTTCGTTTTAAAAAGG         GACATTGTTTATCTGAAAAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 166124 CTCAGCTTCGTTTTAAAAAGGGTA...CAGGACATTGTTTATCTGAAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTTATGTTCGAGGAGATGGTACCAGAGCATATTTCTTTACAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 166300 TTTTATGTTCGAGGAGATGGTACCAGAGCATATTTCTTTACAAAAGGTA.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034      GGGAAGTCCACAGTATGTTCTGCAAAGCCAGTTTAGATGAAAAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166350 ..CAGGGGAAGTCCACAGTATGTTCTGCAAAGCCAGTTTAGATGAAAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAAATCTGGTTGATCGCCGCTTACAAGTTAATAGGAAAAAACAAGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167869 AAAATCTGGTTGATCGCCGCTTACAAGTTAATAGGAAAAAACAAGTGAAA

   1200     .
   1129 ATGCAC
        ||||||
 167919 ATGCAC