seq1 = pF1KE3156.tfa, 1125 bp
seq2 = pF1KE3156/gi568815583f_75743667.tfa (gi568815583f:75743667_75997062), 253396 bp

>pF1KE3156 1125
>gi568815583f:75743667_75997062 (Chr15)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-282  (110720-110821)   100% ->
283-387  (116212-116316)   100% ->
388-447  (125285-125344)   100% ->
448-588  (129762-129902)   100% ->
589-673  (132521-132605)   100% ->
674-734  (134295-134355)   100% ->
735-825  (135432-135522)   100% ->
826-884  (139700-139758)   100% ->
885-933  (146769-146817)   100% ->
934-1029  (147253-147348)   100% ->
1030-1096  (153329-153395)   100% ->
1097-1125  (155761-155789)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGTGTCAGGGCTCAAGGCCGAGCTGAAGTTCCTGGCGTCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGTGTCAGGGCTCAAGGCCGAGCTGAAGTTCCTGGCGTCCATCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACAAGAACCACGAGCGATTCCGCATCGTCAGTTGGAAGCTGGACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGACAAGAACCACGAGCGATTCCGCATCGTCAGTTGGAAGCTGGACGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCACTGCCAGTTCCTGGTGCCGCAGCAGGGCAGCCCGCACTCGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCACTGCCAGTTCCTGGTGCCGCAGCAGGGCAGCCCGCACTCGCTGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGCCACTCACGCTCCACTGCAACATCACG         GAATCCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 CCGCCACTCACGCTCCACTGCAACATCACGGTG...CAGGAATCCTATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCTTCTTCACCGATATGGTTTGTGGATTCTGAAGACCCAAATCTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110731 ATCTTCTTCACCGATATGGTTTGTGGATTCTGAAGACCCAAATCTGACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGTTCTGGAACGTCTAGAAGATACTAAGAACAACAATTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 110781 CAGTTCTGGAACGTCTAGAAGATACTAAGAACAACAATTTGGTA...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTCGTCAGCAATTGAAGTGGTTGATATGTGAACTCTGCAGTTTATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116212 CTTCGTCAGCAATTGAAGTGGTTGATATGTGAACTCTGCAGTTTATATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTTCCTAAGCACCTGGATGTTGAGATGCTAGATCAACCACTACCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116262 CCTTCCTAAGCACCTGGATGTTGAGATGCTAGATCAACCACTACCCACGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCAG         AATGGGACAACAGAAGAAGTGACTTCAGAAGAAGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116312 GTCAGGTA...CAGAATGGGACAACAGAAGAAGTGACTTCAGAAGAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGAAGAAGAAGAGATGGCTGAA         GATATAGAAGACTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 125321 GAAGAAGAAGAAGAGATGGCTGAAGTA...TAGGATATAGAAGACTTAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCACTATGAGATGAAGGAAGAAGAGCCTATTAGTGGGAAAAAGTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129779 TCACTATGAGATGAAGGAAGAAGAGCCTATTAGTGGGAAAAAGTCAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGAAGGAATTGAAAAAGAAAATTTGGCAATATTAGAGAAAATTAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129829 ATGAAGGAATTGAAAAAGAAAATTTGGCAATATTAGAGAAAATTAGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACTCAAAGGCAAGACCATTTAAAT         GGTGCAGTGTCTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 129879 ACTCAAAGGCAAGACCATTTAAATGTA...CAGGGTGCAGTGTCTGGGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGTGCAAGCTTCAGATAGACTTATGAAAGAGCTCAGGGACATATACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132538 AGTGCAAGCTTCAGATAGACTTATGAAAGAGCTCAGGGACATATACAGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACAGAGTTATAAAACAG         GGATTTATTCAGTGGAACTCATA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 132588 CACAGAGTTATAAAACAGGTA...CAGGGATTTATTCAGTGGAACTCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATGACAGTTTATATGACTGGCATGTTAAACTGCAGAA         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134318 AATGACAGTTTATATGACTGGCATGTTAAACTGCAGAAGTA...TAGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGACCCTGATAGTCCTTTGCACAGTGATCTTCAGATCTTAAAAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135435 TGACCCTGATAGTCCTTTGCACAGTGATCTTCAGATCTTAAAAGAAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAGGCATAGAATATATTTTGCTTAACTTCTCTTTTAAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 135485 AAGGCATAGAATATATTTTGCTTAACTTCTCTTTTAAGGTA...TAGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AACTTTCCATTTGATCCTCCATTTGTTCGAGTGGTGTTACCTGTTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139703 AACTTTCCATTTGATCCTCCATTTGTTCGAGTGGTGTTACCTGTTCTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGGAGG         GTATGTATTGGGTGGAGGAGCATTATGTATGGAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139753 AGGAGGGTA...AAGGTATGTATTGGGTGGAGGAGCATTATGTATGGAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TTCTCACAAAACAG         GGCTGGAGCAGTGCCTACTCAATAGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 146804 TTCTCACAAAACAGGTG...TAGGGCTGGAGCAGTGCCTACTCAATAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TCGGTCATCATGCAAATAAATGCCACCTTAGTCAAAGGCAAAGCCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147280 TCGGTCATCATGCAAATAAATGCCACCTTAGTCAAAGGCAAAGCCAGAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GCAGTTTGGAGCAAATAAG         AATCAATATAATCTAGCAAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 147330 GCAGTTTGGAGCAAATAAGGTA...CAGAATCAATATAATCTAGCAAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCCAACAATCCTATAATTCCATTGTACAGATACATGAGAAAAATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 153351 CCCAACAATCCTATAATTCCATTGTACAGATACATGAGAAAAATGGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :
   1097     GCTGGTACACCCCTCCAAAGGAAGATGGC
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 153401 .CAGGCTGGTACACCCCTCCAAAGGAAGATGGC