seq1 = pF1KE3151.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KE3151/gi568815596f_218859821.tfa (gi568815596f:218859821_219060921), 201101 bp

>pF1KE3151 1101
>gi568815596f:218859821_219060921 (Chr2)

1-1101  (100001-101101)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCACAGTGCTGTCTCTTTCGCCTGCCTCCTCGGCCAAGGGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCACAGTGCTGTCTCTTTCGCCTGCCTCCTCGGCCAAGGGCCGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCGGCGGGCTGCCCGAGGAGAAGAAGAAGGCGCCGCCCGCGGGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCGGCGGGCTGCCCGAGGAGAAGAAGAAGGCGCCGCCCGCGGGGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCGCTGGGGGGCTACGGGGCGCCGCCAGTGGGCAAGGGCGGCAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCGCTGGGGGGCTACGGGGCGCCGCCAGTGGGCAAGGGCGGCAAAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGAGCCGACTCAAGCGGCCGTCCGTGCTCATCTCGGCGCTCACCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGAGCCGACTCAAGCGGCCGTCCGTGCTCATCTCGGCGCTCACCTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGCCTGGTGGCCGCGTCCGCCAAGAAGAAGAAAGGCAGCAAGAAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGCCTGGTGGCCGCGTCCGCCAAGAAGAAGAAAGGCAGCAAGAAGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACCCAAGCCGGCATCCACGGGCCCCGACCCCCTGGTCCAGCAACGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACCCAAGCCGGCATCCACGGGCCCCGACCCCCTGGTCCAGCAACGCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCGAGAACCTTCTCCGCAAGGGCCGGGATCCCCCCGACGGCGGCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCGAGAACCTTCTCCGCAAGGGCCGGGATCCCCCCGACGGCGGCGGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCCAAGCCCCTGGCGGTGCCAGTGCCCACCGTGCCCGCGGCTGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCCAAGCCCCTGGCGGTGCCAGTGCCCACCGTGCCCGCGGCTGCCGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTGCGAGCCACCGTCGGGGGGCAGCGCGGCCGCTCAGCCGCCGGGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTGCGAGCCACCGTCGGGGGGCAGCGCGGCCGCTCAGCCGCCGGGCTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCGGGGGAAAGCCTCCGCCGCCGCCTCCCCCAGCCCCGCAGGTGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCGGGGGAAAGCCTCCGCCGCCGCCTCCCCCAGCCCCGCAGGTGGCGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCGGTGCCTGGCGGCTCGCCGCGGCGGGTCATCGTGCAGGCGTCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCGGTGCCTGGCGGCTCGCCGCGGCGGGTCATCGTGCAGGCGTCCACCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCGAGCTGCTGCGCTGTCTGGGCGACTTCGTGTGCCGACGCTGCTATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCGAGCTGCTGCGCTGTCTGGGCGACTTCGTGTGCCGACGCTGCTATCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTCAAGGAGCTGAGCCCGGGCGAGCTGGTGGGCTGGTTCCGCGGTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTCAAGGAGCTGAGCCCGGGCGAGCTGGTGGGCTGGTTCCGCGGTGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGCTCGCTGCTGCTGCAGGGCTGGCAAGACCAGGCCTTCATTACGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCGCTCGCTGCTGCTGCAGGGCTGGCAAGACCAGGCCTTCATTACGCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAAACCTGGTGTTCGTGTACCTGCTGTGCCGCGAGTCGCTGCGTGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAAACCTGGTGTTCGTGTACCTGCTGTGCCGCGAGTCGCTGCGTGGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GAGCTGGCGTCGGCCGCCGAGCTGCAGGCCGCCTTCCTCACCTGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GAGCTGGCGTCGGCCGCCGAGCTGCAGGCCGCCTTCCTCACCTGCCTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTCGCCTACTCCTACATGGGCAACGAGATCTCCTACCCACTCAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTCGCCTACTCCTACATGGGCAACGAGATCTCCTACCCACTCAAGCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCTCGTGGAGCCCGACAAGGAGCGCTTCTGGCAGCGCTGCCTGCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCTCGTGGAGCCCGACAAGGAGCGCTTCTGGCAGCGCTGCCTGCGCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATCCAGCGGCTCAGCCCGCAGATGCTGCGGCTCAACGCCGACCCCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATCCAGCGGCTCAGCCCGCAGATGCTGCGGCTCAACGCCGACCCCCACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTTCACGCAGGTCTTTCAAGACCTCAAGAACGAGGGCGAGGCCGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTTCACGCAGGTCTTTCAAGACCTCAAGAACGAGGGCGAGGCCGCCGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCGGCGGGGGCCCACCGAGCGGGGGCGCGCCCGCCGCCTCCTCGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCGGCGGGGGCCCACCGAGCGGGGGCGCGCCCGCCGCCTCCTCGGCCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGGGACAGCTGCGCGGCCGGAACCAAGCACTGGACTATGAACCTGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AGGGACAGCTGCGCGGCCGGAACCAAGCACTGGACTATGAACCTGGACCG

   1100 
   1101 C
        |
 101101 C