seq1 = pF1KE3149.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KE3149/gi568815594f_107795554.tfa (gi568815594f:107795554_108010550), 214997 bp

>pF1KE3149 1095
>gi568815594f:107795554_108010550 (Chr4)

1-455  (100001-100455)   99% ->
456-573  (104022-104139)   100% ->
574-727  (107680-107833)   100% ->
728-894  (113012-113178)   100% ->
895-1095  (114797-114997)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATATCATAGAGACAGCAAAACTTGAAGAACATTTGGAAAATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATATCATAGAGACAGCAAAACTTGAAGAACATTTGGAAAATCAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTGATCCTACGAACACTTATGCAAGACCCGCTGAACCTGTTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTGATCCTACGAACACTTATGCAAGACCCGCTGAACCTGTTGAAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAACAAAAATGGCAATGGTAAACCCAAGAGCTTATCCAGTGGGCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAACAAAAATGGCAATGGTAAACCCAAGAGCTTATCCAGTGGGCTGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGGCACCAAAAAGTACCCGGACTATATCCAAATTGCTATGCCCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGGCACCAAAAAGTACCCGGACTATATCCAAATTGCTATGCCCACTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATCAAGGAACAAATTTCCACTAGAGTGGTGGAAAACGGGCATTGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATCAAGGAACAAATTTCCACTAGAGTGGTGGAAAACGGGCATTGCCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TATATGCAGTTTTCAACCTCGTCTTGACAACCGTCATGATCACAGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TATATGCAGTTTTCAACCTCGTCTTGACAACCGTCATGATCACAGTTGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATGAGAGGGTCCCTCCCAAGGAGCTTAGCCCTCCACTCCCAGACAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CATGAGAGGGTCCCTCCCAAGGAGCTTAGCCCTCCACTCCCAGACAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTTGATTACATTGATAGGGTGAAATGGGCATTTTCTGTATCAGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTTGATTACATTGATAGGGTGAAATGGGCATTTTCTGTATCAGAAATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGGAATTATATTAGTTGGATTATGGATCACCCAGTGGCTGTTTCTGAGA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGGGATTATATTAGTTGGATTATGGATCACCCAGTGGCTGTTTCTGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TACAA         GTCAATAGTGGGACGCAGATTCTGTTTTATTATTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TACAAGTA...TAGGTCAATAGTGGGACGCAGATTCTGTTTTATTATTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AACTTTATACCTGTATCGCTGCATTACAATGTATGTTACTACTCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104058 AACTTTATACCTGTATCGCTGCATTACAATGTATGTTACTACTCTACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCCTGGAATGCATTTCCAGTGTGCTCCAAAG         CTCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104108 TGCCTGGAATGCATTTCCAGTGTGCTCCAAAGGTC...CAGCTCAATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACTCTCAGGCAAAAGTTCAACGGATTCTACGATTGATTTCTGGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107689 GACTCTCAGGCAAAAGTTCAACGGATTCTACGATTGATTTCTGGTGGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ATTGTCCATAACTGGATCACATATCTTATGTGGAGACTTCCTCTTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107739 ATTGTCCATAACTGGATCACATATCTTATGTGGAGACTTCCTCTTCAGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTCACACGGTTACGCTGACACTGACTTATTTGTTCATCAAAGAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107789 GTCACACGGTTACGCTGACACTGACTTATTTGTTCATCAAAGAATGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728     ATTCGCCTCGTCACTTCTGGTGGTATCATTTAATCTGCTGGCTGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107839 .CAGATTCGCCTCGTCACTTCTGGTGGTATCATTTAATCTGCTGGCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GAGTGCTGCCGGGATCATCTGCATTCTTGTAGCACACGAACACTACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113058 GAGTGCTGCCGGGATCATCTGCATTCTTGTAGCACACGAACACTACACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCGATGTGATCATTGCTTATTATATCACAACACGACTGTTTTGGTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113108 TCGATGTGATCATTGCTTATTATATCACAACACGACTGTTTTGGTGGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CATTCAATGGCCAATGAAAAG         AACTTGAAGGTCTCTTCACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113158 CATTCAATGGCCAATGAAAAGGTG...CAGAACTTGAAGGTCTCTTCACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GACTAATTTCTTATCTCGAGCATGGTGGTTCCCCATCTTTTATTTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114817 GACTAATTTCTTATCTCGAGCATGGTGGTTCCCCATCTTTTATTTTTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGAAAAATGTACAAGGCTCAATTCCTTGCTGCTTCTCCTGGCCGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114867 AGAAAAATGTACAAGGCTCAATTCCTTGCTGCTTCTCCTGGCCGCTGTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TGGCCTCCTGGCTGCTTCAAATCATCATGCAAAAAGTATTCACGGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114917 TGGCCTCCTGGCTGCTTCAAATCATCATGCAAAAAGTATTCACGGGTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :
   1065 GAAGATTGGTGAAGACAATGAGAAATCGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 114967 GAAGATTGGTGAAGACAATGAGAAATCGACC