seq1 = pF1KE3148.tfa, 1086 bp
seq2 = pF1KE3148/gi568815583f_65430632.tfa (gi568815583f:65430632_65676356), 245725 bp

>pF1KE3148 1086
>gi568815583f:65430632_65676356 (Chr15)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-130  (121045-121087)   100% ->
131-204  (124256-124329)   100% ->
205-369  (126108-126272)   100% ->
370-421  (128049-128100)   100% ->
422-534  (132143-132257)   97% ->
535-660  (133586-133711)   100% ->
661-773  (139460-139572)   100% ->
774-880  (140917-141023)   100% ->
881-1012  (141604-141735)   100% ->
1013-1086  (145672-145745)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAATCAGGTGTTGACGCCGCATGTCTACTGGGCTCAGCGACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAATCAGGTGTTGACGCCGCATGTCTACTGGGCTCAGCGACACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGCTATATCTGCGCGTGGAGCTGAGTGACGTACAG         AACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 CGAGCTATATCTGCGCGTGGAGCTGAGTGACGTACAGGTA...CAGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGCCATCAGCATCACTGAAAACGTGCTGCATTTCAAAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 121049 CTGCCATCAGCATCACTGAAAACGTGCTGCATTTCAAAGGTC...TAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAAGGACATGGTGCCAAAGGAGACAATGTCTATGAATTTCACCTGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124258 CAAGGACATGGTGCCAAAGGAGACAATGTCTATGAATTTCACCTGGAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTAGACCTTGTGAAACCAGAG         CCTGTTTACAAACTGACCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124308 CTTAGACCTTGTGAAACCAGAGGTA...TAGCCTGTTTACAAACTGACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGAGGCAGGTAAACATTACAGTACAGAAGAAAGTGAGTCAGTGGTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126127 AGAGGCAGGTAAACATTACAGTACAGAAGAAAGTGAGTCAGTGGTGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGACTCACAAAGCAGGAAAAGCGACCACTGTTTTTGGCTCCTGACTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126177 AGACTCACAAAGCAGGAAAAGCGACCACTGTTTTTGGCTCCTGACTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGTTGGCTGGATGAATCTGATGCGGAAATGGAGCTCAGAGCTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 126227 TCGTTGGCTGGATGAATCTGATGCGGAAATGGAGCTCAGAGCTAAGGTT.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370      GAAGAAGAGCGCCTAAATAAACTCCGACTGGAAAGCGAAGGCTCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126277 ..TAGGAAGAAGAGCGCCTAAATAAACTCCGACTGGAAAGCGAAGGCTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCTGAAA         CTCTTACAAACTTAAGGAAAGGATACCTGTTTAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128094 CCTGAAAGTA...CAGCTCTTACAAACTTAAGGAAAGGATACCTGTTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTATAATCTTGTGCAATTCTTGGGATTCTCCTGGATCTTTGTCAACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132177 GTATAATCTTGTGCAATTCTTGGGATTCTCCTGGATCTTTGTCAACCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGTGCGATTCTGTATCTTGGGAAAAG  AG         TCCTTTTATG
        |||||||||||||||||||||||||||--| >>>...>>>||||||||||
 132227 CTGTGCGATTCTGTATCTTGGGAAAAGGCAAGTA...GAGTCCTTTTATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    545 ACACATTCCATACTGTGGCTGACATGATGTATTTCTGCCAGATGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133596 ACACATTCCATACTGTGGCTGACATGATGTATTTCTGCCAGATGCTGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595 GTTGTGGAAACTATCAATGCAGCAATTGGAGTCACTACGTCACCGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133646 GTTGTGGAAACTATCAATGCAGCAATTGGAGTCACTACGTCACCGGTGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645 GCCTTCTCTGATCCAG         CTTCTTGGAAGAAATTTTATTTTGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 133696 GCCTTCTCTGATCCAGGTA...TAGCTTCTTGGAAGAAATTTTATTTTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    686 TTATCATCTTTGGCACCATGGAAGAAATGCAGAACAAAGCTGTGGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139485 TTATCATCTTTGGCACCATGGAAGAAATGCAGAACAAAGCTGTGGTTTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736 TTTGTGTTTTATTTGTGGAGTGCAATTGAAATTTTCAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 139535 TTTGTGTTTTATTTGTGGAGTGCAATTGAAATTTTCAGGTG...TAGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    777 CTCTTTCTACATGCTGACGTGCATTGACATGGATTGGAAGGTGCTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140920 CTCTTTCTACATGCTGACGTGCATTGACATGGATTGGAAGGTGCTCACAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    827 GGCTTCGTTACACTCTGTGGATTCCCTTATATCCACTGGGATGTTTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140970 GGCTTCGTTACACTCTGTGGATTCCCTTATATCCACTGGGATGTTTGGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877 GAAG         CTGTCTCAGTGATTCAGTCCATTCCAATATTCAATGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141020 GAAGGTA...CAGCTGTCTCAGTGATTCAGTCCATTCCAATATTCAATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    918 GACCGGACGATTCAGTTTCACATTGCCATATCCAGTGAAAATCAAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141641 GACCGGACGATTCAGTTTCACATTGCCATATCCAGTGAAAATCAAAGTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    968 GATTTTCCTTTTTTCTTCAGATTTATCTTATAATGATATTTTTAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 141691 GATTTTCCTTTTTTCTTCAGATTTATCTTATAATGATATTTTTAGGTA..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1013     GTTTATACATAAATTTTCGTCACCTTTATAAACAGCGCAGACGGCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141741 .CAGGTTTATACATAAATTTTCGTCACCTTTATAAACAGCGCAGACGGCG

   1150     .    :    .    :    .
   1059 CTATGGACAAAAAAAGAAAAAGATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 145718 CTATGGACAAAAAAAGAAAAAGATCCAC