seq1 = pF1KE3147.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KE3147/gi568815586f_50948357.tfa (gi568815586f:50948357_51159428), 211072 bp

>pF1KE3147 1080
>gi568815586f:50948357_51159428 (Chr12)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-274  (100678-100829)   100% ->
275-390  (103736-103851)   100% ->
391-473  (105422-105504)   100% ->
474-660  (107479-107665)   100% ->
661-762  (107788-107889)   100% ->
763-915  (107994-108146)   100% ->
916-1012  (109676-109772)   100% ->
1013-1080  (111005-111072)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTCTCCAGGGTGTGCTGGGCTCGGTCGGCTGTGTGGGGCTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTCTCCAGGGTGTGCTGGGCTCGGTCGGCTGTGTGGGGCTCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCACCCCTGGACATTTTGTCACCCGGAGGCTGCAACTTGGTCGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTCACCCCTGGACATTTTGTCACCCGGAGGCTGCAACTTGGTCGCTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTGGCTTGGGGGGCCCCTCG         GTCTTCAAAGCTTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 GCCTGGCTTGGGGGGCCCCTCGGTG...TAGGTCTTCAAAGCTTCACCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTCCAAAGGCAGATGTGAAGAACTTGATGTCTTATGTGGTAACCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 TCTCCAAAGGCAGATGTGAAGAACTTGATGTCTTATGTGGTAACCAAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAAGCGATTAATGGGAAATACCATCGTTTCTTGGGTCGTCATTTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 AAAAGCGATTAATGGGAAATACCATCGTTTCTTGGGTCGTCATTTCCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTTCTATGTCCTGTACACAATCTTCATGAAAG         GATTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100797 GCTTCTATGTCCTGTACACAATCTTCATGAAAGGTA...CAGGATTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGTTATGGGCTGATGCCAAAAAGGCTAGAAGAATAAAGACAAATATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103744 ATGTTATGGGCTGATGCCAAAAAGGCTAGAAGAATAAAGACAAATATGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGCACAATATAAAGTTTCATCAACTTCCATACCGGGAGATGGAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103794 GAAGCACAATATAAAGTTTCATCAACTTCCATACCGGGAGATGGAGCATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAGACAG         TTCCGCCAAGACGTCACCAAGTGTCTTTTCCTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103844 TGAGACAGGTA...TAGTTCCGCCAAGACGTCACCAAGTGTCTTTTCCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGTATTATTTCCATTCCACCTTTTGCCAACTACCTGGTCTTCTTGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105455 GGTATTATTTCCATTCCACCTTTTGCCAACTACCTGGTCTTCTTGCTAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474          GTACCTGTTTCCCAGGCAACTACTGATCAGGCATTTCTGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105505 GTG...CAGGTACCTGTTTCCCAGGCAACTACTGATCAGGCATTTCTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCCAAAACAACAAACTGATTTCTTAGATATCTATCATGCTTTCCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107520 CCCCAAAACAACAAACTGATTTCTTAGATATCTATCATGCTTTCCGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGTCCCACCCAGAAATTATTAGTTATTTAGAAAAGGTCATCCCTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107570 CAGTCCCACCCAGAAATTATTAGTTATTTAGAAAAGGTCATCCCTCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCTGATGCAGGACTCCGGTGGCGTCTGACAGATCTGTGCACCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107620 TTCTGATGCAGGACTCCGGTGGCGTCTGACAGATCTGTGCACCAAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      ATACAGCGTGGTACCCACCCAGCAATACATGATATCTTGGCTCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107670 ..AAGATACAGCGTGGTACCCACCCAGCAATACATGATATCTTGGCTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAGAGTGTTTCTCTAACCATCCTCTGGGCATGAACCAACTCCAGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107833 AGAGAGTGTTTCTCTAACCATCCTCTGGGCATGAACCAACTCCAGGCTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCACGTG         AAAGCCTTGAGCCGGGCCATGCTTCTCACATCTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107883 GCACGTGGTG...CAGAAAGCCTTGAGCCGGGCCATGCTTCTCACATCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCTGCCTCCTCCCTTGTTGAGACATCGTTTGAAGACTCATACAACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108028 ACCTGCCTCCTCCCTTGTTGAGACATCGTTTGAAGACTCATACAACTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTCACCAACTGGACAAGGCTTTGGCAAAGCTGGGGATTGGCCAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108078 ATTCACCAACTGGACAAGGCTTTGGCAAAGCTGGGGATTGGCCAGCTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCTCAGGAAGTAAAATCG         GCTTGTTATCTCCGTGGCCTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108128 TGCTCAGGAAGTAAAATCGGTA...TAGGCTTGTTATCTCCGTGGCCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATTCTACGCATATTGGTGAAGATAGGTGTCGAACTTGGCTGGGAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109698 ATTCTACGCATATTGGTGAAGATAGGTGTCGAACTTGGCTGGGAGAATGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGCAGATTTCCTGCAGCCTGAAAG         AAGCTGAGCTGTCTCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 109748 CTGCAGATTTCCTGCAGCCTGAAAGGTA...CAGAAGCTGAGCTGTCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTGCTGCACAACGTGGTCCTGCTCTCCACCAACTACCTTGGGACAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111021 CTTGCTGCACAACGTGGTCCTGCTCTCCACCAACTACCTTGGGACAAGGC

   1150 
   1079 GC
        ||
 111071 GC