seq1 = pF1KE3139.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KE3139/gi568815595f_50091726.tfa (gi568815595f:50091726_50294952), 203227 bp

>pF1KE3139 1050
>gi568815595f:50091726_50294952 (Chr3)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-149  (101408-101450)   100% ->
150-291  (101540-101681)   100% ->
292-449  (101781-101938)   100% ->
450-578  (102028-102156)   100% ->
579-708  (102367-102496)   100% ->
709-862  (102776-102929)   100% ->
863-1050  (103040-103227)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGCTGGGGCCAGTGCTGAGGAGAAGCACTCCAGGGAGCTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGCTGGGGCCAGTGCTGAGGAGAAGCACTCCAGGGAGCTGGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCTGAAAGAGGACGCTGAGAAGGATGCTCGAACCGTGAAGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCTGAAAGAGGACGCTGAGAAGGATGCTCGAACCGTGAAGCTGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTGG         GTGCCGGTGAGTCCGGGAAGAGCACCATCGTCAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTGGGTA...CAGGTGCCGGTGAGTCCGGGAAGAGCACCATCGTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGATGAA         GATTATCCACCAGGACGGGTACTCGCTGGAAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101443 CAGATGAAGTG...CAGGATTATCCACCAGGACGGGTACTCGCTGGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTGCCTCGAGTTTATCGCCATCATCTACGGCAACACGTTGCAGTCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101573 GTGCCTCGAGTTTATCGCCATCATCTACGGCAACACGTTGCAGTCCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGCCATCGTACGCGCCATGACCACACTCAACATCCAGTACGGAGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101623 TGGCCATCGTACGCGCCATGACCACACTCAACATCCAGTACGGAGACTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCACGCCAG         GACGACGCCCGGAAGCTGATGCACATGGCAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101673 GCACGCCAGGTG...CAGGACGACGCCCGGAAGCTGATGCACATGGCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACTATCGAGGAGGGCACGATGCCCAAGGAGATGTCGGACATCATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101813 CACTATCGAGGAGGGCACGATGCCCAAGGAGATGTCGGACATCATCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCTGTGGAAGGACTCCGGTATCCAGGCCTGTTTTGAGCGCGCCTCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101863 GGCTGTGGAAGGACTCCGGTATCCAGGCCTGTTTTGAGCGCGCCTCGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACCAGCTCAACGACTCGGCGGGCTA         CTACCTCTCCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101913 TACCAGCTCAACGACTCGGCGGGCTAGTG...CAGCTACCTCTCCGACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAGCGCCTGGTAACCCCGGGCTACGTGCCCACCGAGCAGGACGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102043 GGAGCGCCTGGTAACCCCGGGCTACGTGCCCACCGAGCAGGACGTGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTCGCGAGTCAAGACCACTGGCATCATCGAGACGCAGTTCTCCTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102093 GCTCGCGAGTCAAGACCACTGGCATCATCGAGACGCAGTTCTCCTTCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATCTCAACTTCCG         GATGTTCGATGTGGGCGGGCAGCGCTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102143 GATCTCAACTTCCGGTA...CAGGATGTTCGATGTGGGCGGGCAGCGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGCGCAAGAAGTGGATCCACTGCTTCGAGGGCGTGACCTGCATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102394 GGAGCGCAAGAAGTGGATCCACTGCTTCGAGGGCGTGACCTGCATCATCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCATCGCGGCGCTGAGCGCCTACGACATGGTGCTAGTGGAGGACGACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102444 TCATCGCGGCGCTGAGCGCCTACGACATGGTGCTAGTGGAGGACGACGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTG         AACCGCATGCACGAGAGCCTGCACCTGTTCAACAGCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102494 GTGGTG...CAGAACCGCATGCACGAGAGCCTGCACCTGTTCAACAGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGCAACCACCGCTACTTCGCCACGACGTCCATCGTGCTCTTCCTTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102814 CTGCAACCACCGCTACTTCGCCACGACGTCCATCGTGCTCTTCCTTAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAAGGACGTCTTCTTCGAGAAGATCAAGAAGGCGCACCTCAGCATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102864 AGAAGGACGTCTTCTTCGAGAAGATCAAGAAGGCGCACCTCAGCATCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCCCGGACTACGATG         GACCCAACACCTACGAGGACGCCGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102914 TTCCCGGACTACGATGGTG...CAGGACCCAACACCTACGAGGACGCCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAACTACATCAAGGTGCAGTTCCTCGAGCTCAACATGCGGCGCGACGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103065 CAACTACATCAAGGTGCAGTTCCTCGAGCTCAACATGCGGCGCGACGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGAGATCTATTCCCACATGACGTGCGCCACCGACACGCAGAACGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103115 AGGAGATCTATTCCCACATGACGTGCGCCACCGACACGCAGAACGTCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTTGTCTTCGACGCTGTCACCGACATCATCATCAAGGAGAACCTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103165 TTTGTCTTCGACGCTGTCACCGACATCATCATCAAGGAGAACCTCAAAGA

   1100     .    :
   1038 CTGTGGCCTCTTC
        |||||||||||||
 103215 CTGTGGCCTCTTC