seq1 = pF1KE3138.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KE3138/gi568815575f_46737101.tfa (gi568815575f:46737101_46979766), 242666 bp

>pF1KE3138 1050
>gi568815575f:46737101_46979766 (ChrX)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-768  (116376-117041)   100% ->
769-883  (122888-123002)   100% ->
884-969  (140405-140490)   100% ->
970-1050  (142586-142666)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGCTTCTTCTCCAAGAGACGGAAGGCTGACAAGGAGTCGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTGCTTCTTCTCCAAGAGACGGAAGGCTGACAAGGAGTCGCGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGAACGAGGAGGAGCGGCCAAAGCAGTACAGCTGGGATCAGCGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGAACGAGGAGGAGCGGCCAAAGCAGTACAGCTGGGATCAGCGCGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         GTTGATCCAAAAGACTACATGTTCAGTGGACTGAAGGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTA...CAGGTTGATCCAAAAGACTACATGTTCAGTGGACTGAAGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAACAGTAGGTCGCTTACCTGGGACGGTAGCAGGACAACAGTTTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116415 GAAACAGTAGGTCGCTTACCTGGGACGGTAGCAGGACAACAGTTTCTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAAGACTGTGAGAACTGTAACATCTATATTTTTGATCACTCTGCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116465 TCAAGACTGTGAGAACTGTAACATCTATATTTTTGATCACTCTGCTACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTACCATTGATGACTGTACTAACTGCATAATTTTTCTGGGACCCGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116515 TTACCATTGATGACTGTACTAACTGCATAATTTTTCTGGGACCCGTGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCAGCGTGTTTTTCCGGAATTGCAGAGATTGCAAGTGCACATTAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116565 GGCAGCGTGTTTTTCCGGAATTGCAGAGATTGCAAGTGCACATTAGCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAACAATTTCGTGTGCGAGATTGTAGAAAGCTGGAAGTCTTTTTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116615 CCAACAATTTCGTGTGCGAGATTGTAGAAAGCTGGAAGTCTTTTTGTGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGCCACTCAACCCATCATTGAGTCTTCCTCAAATATCAAATTTGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116665 GTGCCACTCAACCCATCATTGAGTCTTCCTCAAATATCAAATTTGGATGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTTCAATGGTACTATCCTGAATTAGCTTTCCAGTTCAAAGATGCAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116715 TTTCAATGGTACTATCCTGAATTAGCTTTCCAGTTCAAAGATGCAGGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAGTATCTTCAACAATACATGGAGTAACATTCATGACTTTACACCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116765 AAGTATCTTCAACAATACATGGAGTAACATTCATGACTTTACACCTGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGGAGAACTCAACTGGAGCCTTCTTCCAGAAGATGCTGTGGTTCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116815 CAGGAGAACTCAACTGGAGCCTTCTTCCAGAAGATGCTGTGGTTCAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TATGTTCCTATACCTACTACCGAAGAGCTCAAAGCTGTTCGTGTTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116865 TATGTTCCTATACCTACTACCGAAGAGCTCAAAGCTGTTCGTGTTTCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGAAGCCAATAGAAGCATTGTTCCAATATCCCGGGGTCAGAGACAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116915 AGAAGCCAATAGAAGCATTGTTCCAATATCCCGGGGTCAGAGACAGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCAGCGATGAATCATGCTTAGTGGTATTATTTGCTGGTGATTACACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116965 GCAGCGATGAATCATGCTTAGTGGTATTATTTGCTGGTGATTACACTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCAAATGCCAGAAAACTAATTGATGAG         ATGGTTGGTAAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117015 GCAAATGCCAGAAAACTAATTGATGAGGTA...CAGATGGTTGGTAAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTTTTTCCTAGTTCAGACAAAGGAAGTGTCCATGAAAGCTGAGGATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122902 CTTTTTCCTAGTTCAGACAAAGGAAGTGTCCATGAAAGCTGAGGATGCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAAGGGTTTTTCGGGAAAAAGCACCTGACTTCCTTCCTCTTCTGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122952 AAAGGGTTTTTCGGGAAAAAGCACCTGACTTCCTTCCTCTTCTGAACAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 G         GTCCTGTTATTGCCTTGGAGTTTAATGGGGATGGTGCTGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123002 GGTA...TAGGTCCTGTTATTGCCTTGGAGTTTAATGGGGATGGTGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 AGAAGTATGTCAACTTATTGTAAACGAGATATTCAATGGGACCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 140445 AGAAGTATGTCAACTTATTGTAAACGAGATATTCAATGGGACCAAGGTA.

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970      ATGTTTGTATCTGAAAGCAAGGAGACGGCATCTGGAGATGTAGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140495 ..TAGATGTTTGTATCTGAAAGCAAGGAGACGGCATCTGGAGATGTAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1015 AGCTTCTACAACTTTGCTGATATACAGATGGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142631 AGCTTCTACAACTTTGCTGATATACAGATGGGAATA