seq1 = pF1KE3136.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KE3136/gi568815597r_206949023.tfa (gi568815597r:206949023_207151030), 202008 bp

>pF1KE3136 1044
>gi568815597r:206949023_207151030 (Chr1)

(complement)

1-343  (100001-100343)   100% ->
344-1044  (101308-102008)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGGCCCCGCTAAAGGTCGCCATTTTGGAGTCCACCCGGCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGGCCCCGCTAAAGGTCGCCATTTTGGAGTCCACCCGGCGCCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCCCCGGCGGCGTCTCCCAACAGGCTGCCGGGACCAAAGCTGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCCCCGGCGGCGTCTCCCAACAGGCTGCCGGGACCAAAGCTGGCCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGTGCCTGGCCTGTGGGCAGCCGGACCGACACGATGTGGCGGCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGGTGCCTGGCCTGTGGGCAGCCGGACCGACACGATGTGGCGGCTCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCAAGGCCAAGGACGGCACCCATGTTTTGCAGGGGCTGTCCAGCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCAAGGCCAAGGACGGCACCCATGTTTTGCAGGGGCTGTCCAGCCGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGGGTGCGGGAACTCCAGGGCCAAATTGCCGCCATCACCGGGATCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGGGTGCGGGAACTCCAGGGCCAAATTGCCGCCATCACCGGGATCGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGGCGGTCAGCGAATCCTCGTCGGATACCCTCCCGAGTGCCTGGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGGCGGTCAGCGAATCCTCGTCGGATACCCTCCCGAGTGCCTGGATCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCAATGGGGATACCATTCTGGAAGACTTGCCCATCCAATCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100301 AGCAATGGGGATACCATTCTGGAAGACTTGCCCATCCAATCTGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    344   GTGACATGCTGATCATTGAAGAAGACCAAACCAGGCCCAGAAGTTCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101306 AGGTGACATGCTGATCATTGAAGAAGACCAAACCAGGCCCAGAAGTTCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGCATTTACTAAACGTGGTGCTTCTAGTTACGTCAGGGAAACTTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101356 CTGCATTTACTAAACGTGGTGCTTCTAGTTACGTCAGGGAAACTTTGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGCTTACCAGAACCGTGGTCCCAGCAGACAACTCTTGCCTCTTTACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101406 GTGCTTACCAGAACCGTGGTCCCAGCAGACAACTCTTGCCTCTTTACTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGTGTACTATGTCGTCGAAGGAGGAGTCTTGAATCCAGCTTGTGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101456 TGTGTACTATGTCGTCGAAGGAGGAGTCTTGAATCCAGCTTGTGCCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGATGAGACGCCTCATAGCACAAATTGTAGCAAGCGATCCAGACTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101506 AGATGAGACGCCTCATAGCACAAATTGTAGCAAGCGATCCAGACTTCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGTGAGGCAATACTGGGAAAAACAAATCAAGAGTACTGTGACTGGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101556 AGTGAGGCAATACTGGGAAAAACAAATCAAGAGTACTGTGACTGGATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AAGGGATGACACTTGGGGAGGAGCAATAGAGATATCGATTTTGTCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101606 AAGGGATGACACTTGGGGAGGAGCAATAGAGATATCGATTTTGTCCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTTACCAATGTGAAATATGTGTAGTGGATACACAGACAGTAAGAATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101656 TTTACCAATGTGAAATATGTGTAGTGGATACACAGACAGTAAGAATTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGTTTTGGGGAAGATGCAGGATATACCAAAAGGGTTCTGCTTATTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101706 CGTTTTGGGGAAGATGCAGGATATACCAAAAGGGTTCTGCTTATTTATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGGCATCCACTATGATCCACTTCAGCGTAACTTCCCTGATCCAGATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101756 TGGCATCCACTATGATCCACTTCAGCGTAACTTCCCTGATCCAGATACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTCCTCTGACCATTTTCTCCTCTAATGATGATATTGTTCTTGTACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101806 CTCCTCTGACCATTTTCTCCTCTAATGATGATATTGTTCTTGTACAAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGGAATTAGCAGATGAAGCTAGAAGAAGGAGACAGTTTACTGATGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101856 CTGGAATTAGCAGATGAAGCTAGAAGAAGGAGACAGTTTACTGATGTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCGCTTCACCCTGAGATGCATGGTATGTCAGAAAGGATTAACTGGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101906 CCGCTTCACCCTGAGATGCATGGTATGTCAGAAAGGATTAACTGGACAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CAGAAGCAAGGGAACATGCCAAGGAGACAGGCCATACCAACTTTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101956 CAGAAGCAAGGGAACATGCCAAGGAGACAGGCCATACCAACTTTGGAGAA

   1050 
   1042 GTG
        |||
 102006 GTG