seq1 = pF1KE3134.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KE3134/gi568815595f_93964435.tfa (gi568815595f:93964435_94226487), 262053 bp

>pF1KE3134 1020
>gi568815595f:93964435_94226487 (Chr3)

11-122  (100001-100112)   100% ->
123-466  (119673-120016)   100% ->
467-621  (129706-129860)   100% ->
622-743  (130599-130720)   100% ->
744-1020  (161777-162053)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     11 AGCTGAAAGCAAAATCAGAGGGGAAGCTTGCAAAACAGATTTGCAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGCTGAAAGCAAAATCAGAGGGGAAGCTTGCAAAACAGATTTGCAAAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61 GTGTTGGATCATTTTGAAAAACAGTATTCCAAAGAACTCGGAGATGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGTTGGATCATTTTGAAAAACAGTATTCCAAAGAACTCGGAGATGCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    111 GAATACAGTAAG         GGAGATACTAACATCTCCATCATGCTGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAATACAGTAAGGTT...TAGGGAGATACTAACATCTCCATCATGCTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    152 AATATGCTGTCCTGCTTAACCGATTCAATTATCCTTTTGAACTGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119702 AATATGCTGTCCTGCTTAACCGATTCAATTATCCTTTTGAACTGGAAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    202 GATTTACATTTGAAGGGCTATCACACACTCTCTCAGGGATCTTTACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119752 GATTTACATTTGAAGGGCTATCACACACTCTCTCAGGGATCTTTACCCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    252 CTATCCTAAATCAGTGAAGTGTTACCTTAGCAGAACTCCGGGCCGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119802 CTATCCTAAATCAGTGAAGTGTTACCTTAGCAGAACTCCGGGCCGAATCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    302 CTTCAGAAAGACACCAAATTGGAAACCTGAAAAAATATTATCTCCTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119852 CTTCAGAAAGACACCAAATTGGAAACCTGAAAAAATATTATCTCCTAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    352 GCTGCTTCTCTTCTCCCAGTGTTGGCTCTGGAATTAAGGGATGGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119902 GCTGCTTCTCTTCTCCCAGTGTTGGCTCTGGAATTAAGGGATGGGGAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    402 GGTTCTGGATCTCTGTGCTGCTCCTGGAGGGAAATCAATAGCTCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119952 GGTTCTGGATCTCTGTGCTGCTCCTGGAGGGAAATCAATAGCTCTGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    452 AGTGTGCTTGTCCAG         GTTATCTTCATTGTAATGAATATGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 120002 AGTGTGCTTGTCCAGGTA...TAGGTTATCTTCATTGTAATGAATATGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    493 AGTCTGAGATTGAGGTGGCTAAGGCAGACGTTGGAATCTTTCATCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129732 AGTCTGAGATTGAGGTGGCTAAGGCAGACGTTGGAATCTTTCATCCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    543 GCCTTTGATAAATGTAATTAAAGTGTCTGAATTGGATGGCAGAAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129782 GCCTTTGATAAATGTAATTAAAGTGTCTGAATTGGATGGCAGAAAAATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    593 GAGATGCCCAGCCTGAAATGTTTGACAAG         GTGTTAGTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 129832 GAGATGCCCAGCCTGAAATGTTTGACAAGGTA...TAGGTGTTAGTGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    634 GCTCCGTGTTCAAATGATCGAAGCTGGTTGTTTTCTTCTGACTCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130611 GCTCCGTGTTCAAATGATCGAAGCTGGTTGTTTTCTTCTGACTCTCAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    684 GGCATCCTGTAGGATAAGTCAAAGGAGGAATTTGCCTCTTCTACAGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130661 GGCATCCTGTAGGATAAGTCAAAGGAGGAATTTGCCTCTTCTACAGATAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734 AGCTGTTAAG         GTCTGCAATTAAGGCCTTACGTCCTGGAGGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 130711 AGCTGTTAAGGTA...CAGGTCTGCAATTAAGGCCTTACGTCCTGGAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    775 ATACTTGTATACTCTACATGCACGCTTTCCAAGGCAGAAAATCAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161808 ATACTTGTATACTCTACATGCACGCTTTCCAAGGCAGAAAATCAAGATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    825 GATCAGTGAAATTTTAAACTCCCACGGTAACATCATGCCTATGGACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161858 GATCAGTGAAATTTTAAACTCCCACGGTAACATCATGCCTATGGACATTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    875 AAGGAATAGCAAGGACTTGCTCCCACGACTTCACATTTGCTCCCACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161908 AAGGAATAGCAAGGACTTGCTCCCACGACTTCACATTTGCTCCCACTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    925 CAGGAATGTGGGCTCTTAGTGATTCCAGATAAGGGCAAAGCCTGGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161958 CAGGAATGTGGGCTCTTAGTGATTCCAGATAAGGGCAAAGCCTGGGGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    975 AATGTATGTAGCCAAATTGAAGAAATCATGGAGCACAGGAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162008 AATGTATGTAGCCAAATTGAAGAAATCATGGAGCACAGGAAAATGG