seq1 = pF1KE3128.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KE3128/gi568815575f_12691498.tfa (gi568815575f:12691498_12922793), 231296 bp

>pF1KE3128 954
>gi568815575f:12691498_12922793 (ChrX)

1-122  (100001-100122)   100% ->
123-306  (107710-107893)   100% ->
307-405  (117737-117835)   100% ->
406-530  (118525-118649)   100% ->
531-704  (128010-128183)   100% ->
705-864  (129147-129306)   100% ->
865-954  (131207-131296)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAACATCGTGCTGTTCAGCGGCAGCTCGCATCAGGACCTGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAACATCGTGCTGTTCAGCGGCAGCTCGCATCAGGACCTGTCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCGTGGCCGACCGCCTGGGCCTGGAGCTGGGCAAGGTGGTCACGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCGTGGCCGACCGCCTGGGCCTGGAGCTGGGCAAGGTGGTCACGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTCAGCAACCAGGAGACCAG         CGTGGAGATTGGTGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100101 AGTTCAGCAACCAGGAGACCAGGTG...TAGCGTGGAGATTGGTGAAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGAGAGGGGAAGATGTCTACATCATCCAGAGCGGCTGCGGGGAAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107729 GTGAGAGGGGAAGATGTCTACATCATCCAGAGCGGCTGCGGGGAAATTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGACAACCTGATGGAACTCCTCATCATGATCAATGCCTGCAAGATTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107779 CGACAACCTGATGGAACTCCTCATCATGATCAATGCCTGCAAGATTGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATCATCCAGAGTAACTGCCGTGATCCCGTGTTTCCCATACGCCCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107829 CATCATCCAGAGTAACTGCCGTGATCCCGTGTTTCCCATACGCCCGACAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATAAAAAGGACAAG         AGTCGTGCCCCAATTTCTGCAAAACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107879 GATAAAAAGGACAAGGTA...TAGAGTCGTGCCCCAATTTCTGCAAAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTGGCCAATATGCTGTCGGTGGCTGGGGCGGATCACATCATCACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117763 TGTGGCCAATATGCTGTCGGTGGCTGGGGCGGATCACATCATCACCATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCTGCATGCTTCTCAGATACAG         GGATTCTTTGATATTCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117813 ACCTGCATGCTTCTCAGATACAGGTA...TAGGGATTCTTTGATATTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGATAATTTGTATGCGGAGCCCGCAGTCCTGCAGTGGATTCGGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118543 GTGGATAATTTGTATGCGGAGCCCGCAGTCCTGCAGTGGATTCGGGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTGCCGAGTGGAAGAACTGTATCATTGTTTCACCTGACGCAGGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118593 CATTGCCGAGTGGAAGAACTGTATCATTGTTTCACCTGACGCAGGGGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAAAAG         GGTTACATCAATTGCAGACAGGTTGAATGTGGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118643 CCAAAAGGTA...CAGGGTTACATCAATTGCAGACAGGTTGAATGTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTGCTTTGATCCACAAAGAGAGGAAGAAGGCGAATGAAGTGGACCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128044 TTTGCTTTGATCCACAAAGAGAGGAAGAAGGCGAATGAAGTGGACCGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGTCCTGGTGGGCGACGTGAAGGACCGTGTGGCCATCCTCGTGGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128094 GGTCCTGGTGGGCGACGTGAAGGACCGTGTGGCCATCCTCGTGGATGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGCTGACACTTGCGGCACCATCTGCCATGCTGCGGACAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 128144 TGGCTGACACTTGCGGCACCATCTGCCATGCTGCGGACAAGTA...CAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCTGTCAGCTGGAGCCACCAAAGTGTATGCTATCCTTACCCATGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129148 CTGCTGTCAGCTGGAGCCACCAAAGTGTATGCTATCCTTACCCATGGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTCTCTGGACCAGCTATTTCCAGAATAAATAATGCCGCCTTTGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129198 CTTCTCTGGACCAGCTATTTCCAGAATAAATAATGCCGCCTTTGAGGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGTCGTCACAAACACAATTCCGCAAGAGGACAAAATGAAACACTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129248 TTGTCGTCACAAACACAATTCCGCAAGAGGACAAAATGAAACACTGCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGATTCAG         GTCATTGACATTTCCATGATCTTGGCCGAAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 129298 AAGATTCAGGTA...TAGGTCATTGACATTTCCATGATCTTGGCCGAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AATCCGAAGGACACACAATGGGGAATCCGTGTCCTACCTGTTCAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131239 AATCCGAAGGACACACAATGGGGAATCCGTGTCCTACCTGTTCAGCCATG

   1000     .
    947 TCCCGCTA
        ||||||||
 131289 TCCCGCTA