seq1 = pF1KE3126.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KE3126/gi568815588f_127637274.tfa (gi568815588f:127637274_127838962), 201689 bp

>pF1KE3126 954
>gi568815588f:127637274_127838962 (Chr10)

1-511  (100001-100511)   100% ->
512-954  (101247-101689)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCTACTGCGACGACCTGGGCCCCTCCTCGGCCCCGCCCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCTACTGCGACGACCTGGGCCCCTCCTCGGCCCCGCCCGGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCAGGCCACCGCGCACCCCCCGGGCTATGAGCCAGGGGATCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCAGGCCACCGCGCACCCCCCGGGCTATGAGCCAGGGGATCTGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGTGGGCGGGGGCCCCCTCCTGTGGGTGAACGCGCCAGCGCTCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGTGGGCGGGGGCCCCCTCCTGTGGGTGAACGCGCCAGCGCTCAGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGTCCTACGCTTCGGGTCCCGGGCCTGCGCCGCCCTACGCGGCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGTCCTACGCTTCGGGTCCCGGGCCTGCGCCGCCCTACGCGGCCCCGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTACGGGGCTCCCGGCCCGCTCCTCGGCGCCCCGGGCGGCCTGGCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTACGGGGCTCCCGGCCCGCTCCTCGGCGCCCCGGGCGGCCTGGCGGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGACCTCGCCTGGCTGAGCCTCTCCGGCCAGCAGGAGCTGCTGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGACCTCGCCTGGCTGAGCCTCTCCGGCCAGCAGGAGCTGCTGAGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCGGCCGCCCTACTCCTACTCGGCGCTCATCGCCATGGCCATCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCGGCCGCCCTACTCCTACTCGGCGCTCATCGCCATGGCCATCCAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCGCCGCTGCGGAAGCTGACGCTCAGCCAGATCTACCAGTACGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCGCCGCTGCGGAAGCTGACGCTCAGCCAGATCTACCAGTACGTGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTAACTTCCCTTTCTACAAGCGCAGCAAGGCGGGCTGGCAGAACTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTAACTTCCCTTTCTACAAGCGCAGCAAGGCGGGCTGGCAGAACTCCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCCACAACCTGTCGCTCAACGACTGCTTCAAGAAGGTGCCCCGCGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCCACAACCTGTCGCTCAACGACTGCTTCAAGAAGGTGCCCCGCGACGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGACGACCCAG         GTAAAGGCAATTACTGGACCCTGGACCCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGACGACCCAGGTA...CAGGTAAAGGCAATTACTGGACCCTGGACCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACTGCGAGAAGATGTTTGACAACGGGAACTTCCGAAGGAAGAGGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101277 ACTGCGAGAAGATGTTTGACAACGGGAACTTCCGAAGGAAGAGGAAGAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGAGCTGAAGCCAGCGCGGCCGTGCGCTCGGGAGCCAGGAGCGTGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101327 AGAGCTGAAGCCAGCGCGGCCGTGCGCTCGGGAGCCAGGAGCGTGGGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGCCGAGGCGCCAGCGCTGGAGCCCCCGAGCGCGGCTTGCCTGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101377 GGCCGAGGCGCCAGCGCTGGAGCCCCCGAGCGCGGCTTGCCTGGACCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGCCTCGCCCTCTCCATCCGCACCCGAGGCCGCCACCTGCTTCTCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101427 AGGCCTCGCCCTCTCCATCCGCACCCGAGGCCGCCACCTGCTTCTCCGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTCGCTTCTGCTATGAGCGCTCTGGCTGGCGGCCTTGGCACCTTCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101477 TTCGCTTCTGCTATGAGCGCTCTGGCTGGCGGCCTTGGCACCTTCCCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGGCCTGGCGGGCGACTTTTCTTTCGGGAGGCGGCCACCGACAGTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 GGGCCTGGCGGGCGACTTTTCTTTCGGGAGGCGGCCACCGACAGTCGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCCACGCTCCCCAGACCCTTAACCCCTCCCCTGGCTTCGCCCCTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101577 CCCACGCTCCCCAGACCCTTAACCCCTCCCCTGGCTTCGCCCCTGGCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGACCGCGGCCGCCGGCTTCCGCCTCAGTCACCTCCTCTACAGCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101627 CAGACCGCGGCCGCCGGCTTCCGCCTCAGTCACCTCCTCTACAGCCGGGA

    950     .    :
    942 AGGGACCGAAGTT
        |||||||||||||
 101677 AGGGACCGAAGTT