seq1 = pF1KE3125.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE3125/gi568815589f_37661932.tfa (gi568815589f:37661932_37877704), 215773 bp

>pF1KE3125 948
>gi568815589f:37661932_37877704 (Chr9)

1-186  (100001-100186)   100% ->
187-295  (100646-100754)   100% ->
296-420  (101698-101822)   100% ->
421-573  (106145-106297)   100% ->
574-652  (108010-108088)   100% ->
653-720  (108741-108808)   100% ->
721-844  (114351-114474)   100% ->
845-948  (115670-115773)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTGGAAATTGGAAGGGAGTACTCAGAAAGTAGAGTCACCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTGGAAATTGGAAGGGAGTACTCAGAAAGTAGAGTCACCTGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGGGCAAGAAGGCATCCTAGAGGAGACAGGTGAAGATGGACTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGGGCAAGAAGGCATCCTAGAGGAGACAGGTGAAGATGGACTTCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGCTTCCAGCTTCTGCAGATCGATGCGGAAGGCGAGTGCCAGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGGCTTCCAGCTTCTGCAGATCGATGCGGAAGGCGAGTGCCAGGAGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGATCCTGGCCACAGGCAGTACGGCATGGTGCTCG         AAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100151 GAGATCCTGGCCACAGGCAGTACGGCATGGTGCTCGGTG...AAGAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCCAGAGAAAACAGAGACACTGGGAAAAGATAGTTGCAGCAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTCCAGAGAAAACAGAGACACTGGGAAAAGATAGTTGCAGCAAAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAAAAGAAAGCAAGAAAAAGAACGAAGAAAAGCCAATCGTGCAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAAAAGAAAGCAAGAAAAAGAACGAAGAAAAGCCAATCGTGCAGAAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCAG         GCATTTGCCCCCAGCACAGCAAACGTTTCCTGAGAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCAGGTG...TAGGCATTTGCCCCCAGCACAGCAAACGTTTCCTGAGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTAACCAAAGACAAACTTTTGGAAGCCAAACACTCAGGACCAAGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101735 TCTAACCAAAGACAAACTTTTGGAAGCCAAACACTCAGGACCAAGACTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTATCGATTTGAGTATGACCCACTACATGTCAAAGAAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101785 GTATCGATTTGAGTATGACCCACTACATGTCAAAGAAGGTA...AAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTAAGTAGACTGGCTGGACAGATTCGAAGGTTGTATGGTTCAAACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106148 TTAAGTAGACTGGCTGGACAGATTCGAAGGTTGTATGGTTCAAACAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCTGACAGGCCATTTTGGATCTGCCTCACTGGATTCACAACAGACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106198 AGCTGACAGGCCATTTTGGATCTGCCTCACTGGATTCACAACAGACAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCTTTATGAAGAGTGTGTGAGGATGAATGATGGATTTTCTAGTTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106248 CCCTTTATGAAGAGTGTGTGAGGATGAATGATGGATTTTCTAGTTACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574          TTAGACATAACAGAAGAAGACTGCTTTAGTTTATTTCCCTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106298 GTA...CAGTTAGACATAACAGAAGAAGACTGCTTTAGTTTATTTCCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAAACCCTTGTGTACCTGACTCCTGACTCAGAACACG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108051 GGAAACCCTTGTGTACCTGACTCCTGACTCAGAACACGGTA...TAGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGAAGATGTTGATCTAAACAAAGTTTACATCCTCGGTGGGCTTGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108744 TTGAAGATGTTGATCTAAACAAAGTTTACATCCTCGGTGGGCTTGTGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAAGCATTCAGAAG         AAGGTGACATTTCAAAAGGCCCGGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 108794 GAAAGCATTCAGAAGGTA...CAGAAGGTGACATTTCAAAAGGCCCGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATACTCTGTCAAGACCGCACGCTTGCCAATCCAGGAATACATGGTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114377 ATACTCTGTCAAGACCGCACGCTTGCCAATCCAGGAATACATGGTCAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCAGAATGGGAAAAACTATCATTCAGAGATACTGGCCATCAATCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114427 ACCAGAATGGGAAAAACTATCATTCAGAGATACTGGCCATCAATCAAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845        TGTTTGATATCCTGTCCACTTACTTAGAGACTCACAACTGGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114477 A...CAGTGTTTGATATCCTGTCCACTTACTTAGAGACTCACAACTGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGAAGCATTGAAGAAAGGAGTTTCTTCAGGAAAAGGCTATATTCTTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115713 TGAAGCATTGAAGAAAGGAGTTTCTTCAGGAAAAGGCTATATTCTTCGGA

   1000     .    :
    938 ACTCAGTGGAA
        |||||||||||
 115763 ACTCAGTGGAA