seq1 = pF1KE3124.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE3124/gi568815586r_109351598.tfa (gi568815586r:109351598_109569729), 218132 bp

>pF1KE3124 939
>gi568815586r:109351598_109569729 (Chr12)

(complement)

1-217  (100000-100215)   99% ->
218-387  (108925-109094)   100% ->
388-474  (111652-111738)   100% ->
475-527  (112048-112100)   100% ->
528-723  (113417-113612)   100% ->
724-939  (117917-118132)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAGATGTCAGGAGAAAGTGTGGTGAGCTCAGCGGTGCCAGCGGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGAAGAGATGTCAGGAGAAAGTGTGGTGAGCTCAGCGGTGCCAGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTACCCGCACCACTTCCTTCAAGGGCACGAGCCCCAGCTCCAAATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TGCTACCCGCACCACTTCCTTCAAGGGCACGAGCCCCAGCTCCAAATACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGCTGAATGTGGGTGGAGCCCTCTACTATACCACCATGCAGACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TGAAGCTGAATGTGGGTGGAGCCCTCTACTATACCACCATGCAGACGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCAAGCAGGACACCATGCTGAAGGCCATGTTCAGCGGGCGCATGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 ACCAAGCAGGACACCATGCTGAAGGCCATGTTCAGCGGGCGCATGGAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCACCGACAGTGAAG         GCTGGATCCTCATTGACCGCTGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100199 GCTCACCGACAGTGAAGGTA...CAGGCTGGATCCTCATTGACCGCTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAAGCACTTTGGTACGATACTCAACTACCTTCGAGACGGGGCGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108949 GGAAGCACTTTGGTACGATACTCAACTACCTTCGAGACGGGGCGGTGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTACCCGAGAGCCGCCGGGAGATCGAGGAGCTGCTAGCAGAAGCCAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108999 TTACCCGAGAGCCGCCGGGAGATCGAGGAGCTGCTAGCAGAAGCCAAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTACCTAGTCCAAGGCCTGGTGGAAGAGTGCCAGGCGGCCCTACAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109049 CTACCTAGTCCAAGGCCTGGTGGAAGAGTGCCAGGCGGCCCTACAAGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388      AACAAAGATACTTATGAGCCTTTCTGCAAGGTCCCTGTGATCACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109099 ..CAGAACAAAGATACTTATGAGCCTTTCTGCAAGGTCCCTGTGATCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCATCCAAGGAAGAACAAAAACTTATAGCGACTTCAAATAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111697 TCATCCAAGGAAGAACAAAAACTTATAGCGACTTCAAATAAGGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475  CCAGCCGTGAAGTTGCTCTACAACAGAAGTAACAACAAATACTCATATA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112047 GCCAGCCGTGAAGTTGCTCTACAACAGAAGTAACAACAAATACTCATATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAG         CAATTCTGACGACAATATGTTGAAAAACATTGAACTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112097 CCAGGTA...CAGCAATTCTGACGACAATATGTTGAAAAACATTGAACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTGATAAGCTGTCTCTGCGCTTTAACGGAAGGGTCCTGTTCATAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113454 TTTGATAAGCTGTCTCTGCGCTTTAACGGAAGGGTCCTGTTCATAAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTTATTGGGGATGAAATCTGCTGCTGGTCCTTTTATGGTCAGGGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113504 TGTTATTGGGGATGAAATCTGCTGCTGGTCCTTTTATGGTCAGGGCCGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGATTGCTGAAGTCTGTTGTACCTCCATCGTCTATGCCACTGAGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113554 AGATTGCTGAAGTCTGTTGTACCTCCATCGTCTATGCCACTGAGAAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGACCAAG         GTGGAGTTTCCCGAAGCCCGGATTTATGAGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113604 CAGACCAAGGTA...CAGGTGGAGTTTCCCGAAGCCCGGATTTATGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GACCCTGAACATTTTGCTGTATGAGGCCCAGGATGGCCGGGGACCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117949 GACCCTGAACATTTTGCTGTATGAGGCCCAGGATGGCCGGGGACCTGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGCGCTCCTGGAGGCCACAGGCGGGGCGGCGGGGCGCTCCCACCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117999 ATGCGCTCCTGGAGGCCACAGGCGGGGCGGCGGGGCGCTCCCACCACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACGAGGACGAGGAGCGGGAGCGGATCGAGCGCGTGCGGAGGATCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118049 GACGAGGACGAGGAGCGGGAGCGGATCGAGCGCGTGCGGAGGATCCACAT

    950     .    :    .    :    .    :
    906 CAAGCGCCCTGATGACCGGGCCCACCTCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118099 CAAGCGCCCTGATGACCGGGCCCACCTCCACCAG