seq1 = pF1KE3123.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KE3123/gi568815596f_161218826.tfa (gi568815596f:161218826_161511397), 292572 bp

>pF1KE3123 930
>gi568815596f:161218826_161511397 (Chr2)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-120  (148653-148724)   100% ->
121-240  (148959-149078)   100% ->
241-311  (151282-151352)   100% ->
312-462  (152347-152497)   100% ->
463-570  (166639-166746)   100% ->
571-645  (172279-172353)   100% ->
646-771  (176253-176378)   100% ->
772-834  (190012-190074)   100% ->
835-930  (192477-192572)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGACTTCTTAGACTTGGAGGAGGTATGCCTGGACTGGGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGACAGACTTCTTAGACTTGGAGGAGGTATGCCTGGACTGGGCCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GGGCCACCTACAGATGCTCCTGCAGTGGACACAGCAGAACAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 T...TAGGGGCCACCTACAGATGCTCCTGCAGTGGACACAGCAGAACAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTATATCTCTTCCCTGGCACTGTTAAAA         ATGTTAAAACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 148696 TCTATATCTCTTCCCTGGCACTGTTAAAAGTA...CAGATGTTAAAACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGCCGTGCTGGAGTTCCAATGGAAGTTATGGGTTTGATGCTTGGAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148971 GGCCGTGCTGGAGTTCCAATGGAAGTTATGGGTTTGATGCTTGGAGAATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTTGATGATTATACCGTCAGAGTGATTGATGTGTTTGCTATGCCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149021 TGTTGATGATTATACCGTCAGAGTGATTGATGTGTTTGCTATGCCACAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGGAACA         GGTGTCAGTGTGGAGGCAGTTGATCCAGTGTTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 149071 CAGGAACAGTG...CAGGGTGTCAGTGTGGAGGCAGTTGATCCAGTGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAAGCTAAAATGTTGGATATGTTGAAGCAGACAGGAAG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 151315 CAAGCTAAAATGTTGGATATGTTGAAGCAGACAGGAAGGTA...CAGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGAGATGGTTGTTGGTTGGTATCACAGTCACCCTGGCTTTGGTTGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152350 GGAGATGGTTGTTGGTTGGTATCACAGTCACCCTGGCTTTGGTTGTTGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTTCTGGTGTGGATATCAACACTCAGCAGAGCTTTGAAGCCTTGTCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152400 TTTCTGGTGTGGATATCAACACTCAGCAGAGCTTTGAAGCCTTGTCGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGAGCTGTGGCAGTGGTTGTGGATCCCATTCAGAGTGTAAAAGGAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 152450 AGAGCTGTGGCAGTGGTTGTGGATCCCATTCAGAGTGTAAAAGGAAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        GTTGTTATTGATGCCTTCAGATTGATCAATGCTAATATGATGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152500 A...CAGGTTGTTATTGATGCCTTCAGATTGATCAATGCTAATATGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCTTAGGACATGAACCAAGACAAACAACTTCGAATCTGGGTCACTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166682 TCTTAGGACATGAACCAAGACAAACAACTTCGAATCTGGGTCACTTAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGCCATCTATCCAG         GCATTAATTCATGGACTAAACAGACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 166732 AAGCCATCTATCCAGGTA...TAGGCATTAATTCATGGACTAAACAGACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTATTACTCCATTACTATTAACTATCGGAAAAATGAACTGGAACAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 172305 TTATTACTCCATTACTATTAACTATCGGAAAAATGAACTGGAACAGAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646         ATGTTGCTAAATTTGCATAAGAAGAGTTGGATGGAAGGTTTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172355 TA...TAGATGTTGCTAAATTTGCATAAGAAGAGTTGGATGGAAGGTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACACTTCAGGACTACAGTGAACATTGTAAACACAATGAATCAGTGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176295 ACACTTCAGGACTACAGTGAACATTGTAAACACAATGAATCAGTGGTAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAGATGTTGGAATTAGCCAAGAATTACAATAAG         GCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 176345 AGAGATGTTGGAATTAGCCAAGAATTACAATAAGGTA...CAGGCTGTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAGAAGAAGATAAGATGACACCTGAACAGCTGGCAATAAAGAATGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190019 AAGAAGAAGATAAGATGACACCTGAACAGCTGGCAATAAAGAATGTTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGCAG         GACCCCAAACGTCATTTGGAGGAACATGTGGATGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190069 AAGCAGGTG...TAGGACCCCAAACGTCATTTGGAGGAACATGTGGATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ACTTATGACCTCAAATATTGTCCAGTGTTTAGCAGCTATGTTGGATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192512 ACTTATGACCTCAAATATTGTCCAGTGTTTAGCAGCTATGTTGGATACTG

   1000     .    :
    920 TCGTATTTAAA
        |||||||||||
 192562 TCGTATTTAAA