seq1 = pF1KE3119.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KE3119/gi568815597f_11568659.tfa (gi568815597f:11568659_11773848), 205190 bp

>pF1KE3119 879
>gi568815597f:11568659_11773848 (Chr1)

1-286  (100001-100286)   100% ->
287-413  (102608-102734)   100% ->
414-509  (103270-103365)   100% ->
510-645  (104619-104754)   100% ->
646-879  (104957-105190)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGCTCCCCACTCCAAAGCAGCCCTGGACAGCATTAACGAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGCTCCCCACTCCAAAGCAGCCCTGGACAGCATTAACGAGCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGAACATCCTGCTGGAGCTGTTCACGCACGTGCCCGCCCGCCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGAACATCCTGCTGGAGCTGTTCACGCACGTGCCCGCCCGCCAGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGAACTGCCGCCTGGTCTGCAGCCTCTGGCGGGACCTCATCGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGAACTGCCGCCTGGTCTGCAGCCTCTGGCGGGACCTCATCGACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGACCCTCTGGAAACGCAAGTGCCTGCGAGAGGGCTTCATCACCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGACCCTCTGGAAACGCAAGTGCCTGCGAGAGGGCTTCATCACCAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGGACCAGCCCGTGGCCGACTGGAAAATCTTCTACTTCCTACGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGGGACCAGCCCGTGGCCGACTGGAAAATCTTCTACTTCCTACGGAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCATAGGAACCTCCTGCGCAACCCGTGTGCTGAAG         AGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100251 TGCATAGGAACCTCCTGCGCAACCCGTGTGCTGAAGGTG...TAGAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGTTTGCATGGCAAATTGATTTCAATGGTGGGGACCGCTGGAAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102613 ATGTTTGCATGGCAAATTGATTTCAATGGTGGGGACCGCTGGAAGGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAGCCTCCCTGGAGCCCACGGGACAGATTTTCCTGACCCCAAAGTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102663 GAGCCTCCCTGGAGCCCACGGGACAGATTTTCCTGACCCCAAAGTCAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGTATTTTGTCACATCCTACGA         AATGTGCCTCAAGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102713 AGTATTTTGTCACATCCTACGAGTA...CAGAATGTGCCTCAAGTCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGTGGACCTTGTAGCCGAGGGCTACTGGGAGGAGCTACTAGACACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103289 CTGGTGGACCTTGTAGCCGAGGGCTACTGGGAGGAGCTACTAGACACATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCGGCCGGACATCGTGGTTAAGGACTG         GTTTGCTGCCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103339 CCGGCCGGACATCGTGGTTAAGGACTGGTG...CAGGTTTGCTGCCAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGACTGTGGCTGCACCTACCAACTCAAAGTGCAGCTGGCCTCGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104633 CCGACTGTGGCTGCACCTACCAACTCAAAGTGCAGCTGGCCTCGGCTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACTTCGTGTTGGCCTCCTTCGAGCCCCCACCTGTGACCATCCAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104683 TACTTCGTGTTGGCCTCCTTCGAGCCCCCACCTGTGACCATCCAACAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAACAATGCCACATGGACAGAG         GTCTCCTACACCTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104733 GAACAATGCCACATGGACAGAGGTG...CAGGTCTCCTACACCTTCTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTACCCCCGGGGTGTCCGCTACATCCTCTTCCAGCATGGGGGCAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104976 ACTACCCCCGGGGTGTCCGCTACATCCTCTTCCAGCATGGGGGCAGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACCCAGTACTGGGCAGGCTGGTATGGGCCCCGAGTCACCAACAGCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105026 ACCCAGTACTGGGCAGGCTGGTATGGGCCCCGAGTCACCAACAGCAGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTCGTCAGCCCCAAGATGACCAGGAACCAGGCCTCCTCCGAGGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105076 TGTCGTCAGCCCCAAGATGACCAGGAACCAGGCCTCCTCCGAGGCTCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGGGCAGAAGCATGGACAGGAGGAGGCTGCCCAATCGCCCTACCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105126 CTGGGCAGAAGCATGGACAGGAGGAGGCTGCCCAATCGCCCTACCGAGCT

    900     .    :    .
    865 GTTGTCCAGATTTTC
        |||||||||||||||
 105176 GTTGTCCAGATTTTC