seq1 = pF1KE3118.tfa, 876 bp
seq2 = pF1KE3118/gi568815586r_49738374.tfa (gi568815586r:49738374_49943087), 204714 bp

>pF1KE3118 876
>gi568815586r:49738374_49943087 (Chr12)

(complement)

1-234  (100001-100234)   100% ->
235-876  (104073-104714)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTGCCCACGGAACTGGATGGAGGGAGTGTTAAGGAGACCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTGCCCACGGAACTGGATGGAGGGAGTGTTAAGGAGACCGCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGAGGAATCGCGAGTTCTGGCACCTGGCGCCGCCCCGTTCGGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGAGGAATCGCGAGTTCTGGCACCTGGCGCCGCCCCGTTCGGAAATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCCTCATTATTCTCGCTTCCACCCTCCGGAGCAACGGCTCCGCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCCTCATTATTCTCGCTTCCACCCTCCGGAGCAACGGCTCCGCCTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCCCGGAGCTGCTTCGACAGCTCTTTCCTGAGAGTCCCGAGAACGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCCCGGAGCTGCTTCGACAGCTCTTTCCTGAGAGTCCCGAGAACGGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATTCTGGGGCTCGACGTGGGGTGTAACTCCGGG         GATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100201 GATTCTGGGGCTCGACGTGGGGTGTAACTCCGGGGTG...TAGGATCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGTGGCTCTATACAAACACTTCCTCTCCCTACCTGACGGGGAAACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104080 GTGTGGCTCTATACAAACACTTCCTCTCCCTACCTGACGGGGAAACCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCAGATGCCTCAAGAGAATTCCGTCTCCTCTGCTGCGACATAGATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104130 TCAGATGCCTCAAGAGAATTCCGTCTCCTCTGCTGCGACATAGATCCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTGGTGAAGCGAGCCGAAAAAGAATGTCCTTTTCCTGATGCCTTGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104180 CCTGGTGAAGCGAGCCGAAAAAGAATGTCCTTTTCCTGATGCCTTGACTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTATCACCCTGGACTTCATGAATCAAAGGACCCGGAAGGTTCTCTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104230 TTATCACCCTGGACTTCATGAATCAAAGGACCCGGAAGGTTCTCTTGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCTTTCTTAAGCCAATTTGGACGTTCAGTTTTTGACATTGGCTTCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104280 TCTTTCTTAAGCCAATTTGGACGTTCAGTTTTTGACATTGGCTTCTGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCAATAACCATGTGGATTCATCTGAATCATGGAGACCATGGCCTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104330 GTCAATAACCATGTGGATTCATCTGAATCATGGAGACCATGGCCTATGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTTCCTGGCCCATCTTTCCTCCCTCTGCCACTACCTCCTTGTGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104380 AGTTCCTGGCCCATCTTTCCTCCCTCTGCCACTACCTCCTTGTGGAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAACCCTGGAAGTGTTACCGGGCAGCTGCAAGGCGTCTCCGAAAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104430 CAACCCTGGAAGTGTTACCGGGCAGCTGCAAGGCGTCTCCGAAAGCTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACTCCATGATTTTGACCACTTCCACTCCCTTGCCATCCGAGGTGACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104480 ACTCCATGATTTTGACCACTTCCACTCCCTTGCCATCCGAGGTGACATGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCAATCAGATTGTGCAGATCTTGACCCAGGATCATGGCATGGAATTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104530 CCAATCAGATTGTGCAGATCTTGACCCAGGATCATGGCATGGAATTAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGTTGCTTTGGCAACACCAGTTGGGACAGAAGCCTTCTGCTCTTCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104580 TGTTGCTTTGGCAACACCAGTTGGGACAGAAGCCTTCTGCTCTTCAGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AAAACAAACCATAGAGACTCATCCAATCCCTGAATCACTGATAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104630 AAAACAAACCATAGAGACTCATCCAATCCCTGAATCACTGATAGAAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .
    842 GGAAAGAAAAGAACAGATTAAGTTTCCAGAAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104680 GGAAAGAAAAGAACAGATTAAGTTTCCAGAAGCAG