seq1 = pF1KE3116.tfa, 873 bp
seq2 = pF1KE3116/gi568815596r_112131836.tfa (gi568815596r:112131836_112354981), 223146 bp

>pF1KE3116 873
>gi568815596r:112131836_112354981 (Chr2)

(complement)

1-74  (100001-100074)   100% ->
75-156  (104710-104791)   100% ->
157-370  (116454-116667)   100% ->
371-504  (118287-118420)   100% ->
505-621  (120746-120862)   100% ->
622-735  (121611-121724)   100% ->
736-843  (123037-123144)   100% ->
844-873  (124032-124061)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTTGAGAATCTTTTCTCAAAACCCCCCAACCCGGCCCTCGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTTGAGAATCTTTTCTCAAAACCCCCCAACCCGGCCCTCGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACGGCCACGGACTCTGACGAAAG         AATCGATGATGAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100051 AACGGCCACGGACTCTGACGAAAGGTG...CAGAATCGATGATGAAATAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATACAGAAGTTGAAGAAACACAAGAAGAGAAAATTAAACTGGAGTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104727 ATACAGAAGTTGAAGAAACACAAGAAGAGAAAATTAAACTGGAGTGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAATTCCCAAAAAA         TTTAGACACTCTGCAATATCACCAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104777 CAAATTCCCAAAAAAGTA...TAGTTTAGACACTCTGCAATATCACCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGTTCGCTGCATAGAAAATCAAGAAGTAAGGACTATGATGTATATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116480 AAGTTCGCTGCATAGAAAATCAAGAAGTAAGGACTATGATGTATATAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAATGATATCTGCAGTCAGGAATCAGAAGATAATTTTGCCAAAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116530 ATAATGATATCTGCAGTCAGGAATCAGAAGATAATTTTGCCAAAGAGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAACAGTACATACAAGCCAGAGAAATGGCAAATGCTGCTCAACCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116580 CAACAGTACATACAAGCCAGAGAAATGGCAAATGCTGCTCAACCTGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCTACAAAGAAAGAAGGAGTAAAAGATACCCCACAGG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 116630 ATCTACAAAGAAAGAAGGAGTAAAAGATACCCCACAGGGTA...TAGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTAAACAAAAAAATAAAAATCTTAAAGCTGGTCACAAGAATGGCAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118290 CTAAACAAAAAAATAAAAATCTTAAAGCTGGTCACAAGAATGGCAAACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAAAATGAAGCGAAAATGGCCTGGCCCTGGAAACAAAGGATCAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118340 AAGAAAATGAAGCGAAAATGGCCTGGCCCTGGAAACAAAGGATCAAATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTGCTGAGGAACAGCGGCTCACAGGAAGAG         GATGGTAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118390 TTTGCTGAGGAACAGCGGCTCACAGGAAGAGGTA...AAGGATGGTAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTAAAGAGAAGCAGCAGCATTTGAGTCAGGCATTCATCAACCAACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120756 CTAAAGAGAAGCAGCAGCATTTGAGTCAGGCATTCATCAACCAACATACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGAACGCAAGGGAAAACAAATTTGTAAATATTTTCTTGAAAGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120806 GTGGAACGCAAGGGAAAACAAATTTGTAAATATTTTCTTGAAAGGAAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATTAAG         GGAGACCAGTGTAAATTTGATCATGATGCAGAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120856 TATTAAGGTA...TAGGGAGACCAGTGTAAATTTGATCATGATGCAGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGAAAAGAAAAAGGAAATGTGTAAGTTTTATGTACAAGGATATTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121645 TAGAAAAGAAAAAGGAAATGTGTAAGTTTTATGTACAAGGATATTGTACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAGGTGAAAACTGTCTGTATTTGCATAAT         GAATATCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 121695 AGAGGTGAAAACTGTCTGTATTTGCATAATATC...CATGAATATCCTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAAGTTTTACCATACAGGAACAAAATGTTATCAGGGAGAATACTGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123048 TAAGTTTTACCATACAGGAACAAAATGTTATCAGGGAGAATACTGCAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTTCTCATGCTCCACTGACTCCTGAAACACAAGAATTGTTGGCTAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 123098 TTTCTCATGCTCCACTGACTCCTGAAACACAAGAATTGTTGGCTAAAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .
    844       GTTTTGGATACTGAAAAGAAGTCATGTAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 123148 ...TAGGTTTTGGATACTGAAAAGAAGTCATGTAAA