seq1 = pF1KE3112.tfa, 852 bp
seq2 = pF1KE3112/gi568815593r_55325209.tfa (gi568815593r:55325209_55634629), 309421 bp

>pF1KE3112 852
>gi568815593r:55325209_55634629 (Chr5)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-210  (159180-159331)   100% ->
211-491  (166481-166761)   100% ->
492-549  (192722-192779)   100% ->
550-726  (208591-208767)   100% ->
727-852  (209296-209421)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGACAAGACGCGGCTGCCGTACGTGGCCCTCGATGTGCTCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGACAAGACGCGGCTGCCGTACGTGGCCCTCGATGTGCTCTGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTGCTGG         CTGGATTGCCTTTTGCAATTCTTACTTCAAGGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTGCTGGGTA...TAGCTGGATTGCCTTTTGCAATTCTTACTTCAAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATACCCCCTTCCAACGAGGAGTATTCTGTAATGATGAGTCCATCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159213 ATACCCCCTTCCAACGAGGAGTATTCTGTAATGATGAGTCCATCAAGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTTACAAAGAAGACACCATACCTTATGCGTTATTAGGTGGAATAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159263 CCTTACAAAGAAGACACCATACCTTATGCGTTATTAGGTGGAATAATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCATTCAGTATTATCGTT         ATTATTCTTGGAGAAACCCTGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 159313 TCCATTCAGTATTATCGTTGTA...CAGATTATTCTTGGAGAAACCCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGTTTACTGTAACCTTTTGCACTCAAATTCCTTTATCAGGAATAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166503 CTGTTTACTGTAACCTTTTGCACTCAAATTCCTTTATCAGGAATAACTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATAGCCACTATTTACAAAGCCATTGGAACCTTTTTATTTGGTGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166553 ATAGCCACTATTTACAAAGCCATTGGAACCTTTTTATTTGGTGCAGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAGTCAGTCCCTGACTGACATTGCCAAGTATTCAATAGGCAGACTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166603 TAGTCAGTCCCTGACTGACATTGCCAAGTATTCAATAGGCAGACTGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCACTTCTTGGATGTTTGTGATCCAGATTGGTCAAAAATCAACTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166653 CTCACTTCTTGGATGTTTGTGATCCAGATTGGTCAAAAATCAACTGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGGTTACATTGAATACTACATATGTCGAGGGAATGCAGAAAGAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166703 GATGGTTACATTGAATACTACATATGTCGAGGGAATGCAGAAAGAGTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAAGGCAG         GTTGTCCTTCTATTCAGGCCACTCTTCGTTTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 166753 GGAAGGCAGGTG...CAGGTTGTCCTTCTATTCAGGCCACTCTTCGTTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCATGTACTGCATGCTGTTTGTGGCA         CTTTATCTTCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 192754 CCATGTACTGCATGCTGTTTGTGGCAGTA...TAGCTTTATCTTCAAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGGATGAAGGGAGACTGGGCAAGACTCTTACGCCCCACACTGCAATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208606 AGGATGAAGGGAGACTGGGCAAGACTCTTACGCCCCACACTGCAATTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCTTGTTGCCGTATCCATTTATGTGGGCCTTTCTCGAGTTTCTGATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208656 TCTTGTTGCCGTATCCATTTATGTGGGCCTTTCTCGAGTTTCTGATTATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AACACCACTGGAGCGATGTGTTGACTGGACTCATTCAGGGAGCTCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208706 AACACCACTGGAGCGATGTGTTGACTGGACTCATTCAGGGAGCTCTGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCAATATTAGTT         GCTGTATATGTATCGGATTTCTTCAAAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 208756 GCAATATTAGTTGTA...TAGGCTGTATATGTATCGGATTTCTTCAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAGAACTTCTTTTAAAGAAAGAAAAGAGGAGGACTCTCATACAACTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209325 AAGAACTTCTTTTAAAGAAAGAAAAGAGGAGGACTCTCATACAACTCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    806 ATGAAACACCAACAACTGGGAATCACTATCCGAGCAATCACCAGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209375 ATGAAACACCAACAACTGGGAATCACTATCCGAGCAATCACCAGCCT