seq1 = pF1KE3107.tfa, 831 bp
seq2 = pF1KE3107/gi568815596f_73826911.tfa (gi568815596f:73826911_74058247), 231337 bp

>pF1KE3107 831
>gi568815596f:73826911_74058247 (Chr2)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-255  (112000-112112)   100% ->
256-443  (119809-119996)   100% ->
444-591  (123675-123822)   100% ->
592-707  (130215-130330)   100% ->
708-807  (131236-131335)   100% ->
808-831  (131800-131823)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGGGCCGCCTCTTTCTAAGTCGGCTTCGAGCACCCTTCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGGGCCGCCTCTTTCTAAGTCGGCTTCGAGCACCCTTCAGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGCCAAGAGCCCACTCGAGGGCGTTTCCTCCTCCAGAGGCCTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGCCAAGAGCCCACTCGAGGGCGTTTCCTCCTCCAGAGGCCTGCACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGGCGCGGGCCCCGAAGGCTCTCCATCGAAGGCAACATTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 CGGGGCGCGGGCCCCGAAGGCTCTCCATCGAAGGCAACATTGGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  CTGTGGGAAAGTCCACGTTTGTGAAGTTACTCACGAAAACTTACCCAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111999 GCTGTGGGAAAGTCCACGTTTGTGAAGTTACTCACGAAAACTTACCCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGGCACGTAGCTACAGAACCTGTAGCAACATGGCAGAATATCCAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112049 ATGGCACGTAGCTACAGAACCTGTAGCAACATGGCAGAATATCCAGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGCACCCAAAAA         GCCTGCACTGCCCAAAGTCTTGGAAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112099 CTGGCACCCAAAAAGTA...TAGGCCTGCACTGCCCAAAGTCTTGGAAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGCTGGATATGATGTACCGGGAGCCAGCACGATGGTCCTACACATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119836 TTGCTGGATATGATGTACCGGGAGCCAGCACGATGGTCCTACACATTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACATTTTCCTTTTTGAGCCGCCTGAAAGTACAGCTGGAGCCCTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119886 GACATTTTCCTTTTTGAGCCGCCTGAAAGTACAGCTGGAGCCCTTCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAAACTCTTACAGGCCAGGAAGCCAGTACAGATCTTTGAGAGGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119936 AGAAACTCTTACAGGCCAGGAAGCCAGTACAGATCTTTGAGAGGTCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACAGTGACAG         GTATATCTTTGCAAAGAATCTTTTTGAAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 119986 TACAGTGACAGGTA...CAGGTATATCTTTGCAAAGAATCTTTTTGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGTTCCCTCAGTGACATCGAGTGGCATATCTATCAGGACTGGCATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123705 TGGTTCCCTCAGTGACATCGAGTGGCATATCTATCAGGACTGGCATTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTCTCCTGTGGGAGTTTGCCAGCCGGATCACATTACATGGCTTCATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123755 TTCTCCTGTGGGAGTTTGCCAGCCGGATCACATTACATGGCTTCATCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCCAGGCTTCTCCCCAG         GTTTGTTTGAAGAGACTGTACCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 123805 CTCCAGGCTTCTCCCCAGGTA...TAGGTTTGTTTGAAGAGACTGTACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGGGCCAGGGAGGAGGAGAAAGGAATTGAGCTGGCCTATCTAGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130238 GAGGGCCAGGGAGGAGGAGAAAGGAATTGAGCTGGCCTATCTAGAGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCATGGCCAACACGAAGCCTGGCTTATTCACAAGACAACGAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 130288 TGCATGGCCAACACGAAGCCTGGCTTATTCACAAGACAACGAAGTA...T

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    708   GCTCCACTTTGAGGCTCTGATGAACATTCCAGTGCTGGTGTTGGATGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131234 AGGCTCCACTTTGAGGCTCTGATGAACATTCCAGTGCTGGTGTTGGATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAATGATGATTTTTCTGAGGAAGTAACCAAACAAGAAGACCTCATGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131284 CAATGATGATTTTTCTGAGGAAGTAACCAAACAAGAAGACCTCATGAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .
    806 AG         GTAAACACCTTTGTAAAGAATCTG
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 131334 AGGTG...CAGGTAAACACCTTTGTAAAGAATCTG