seq1 = pF1KE3106.tfa, 828 bp
seq2 = pF1KE3106/gi568815579r_49769920.tfa (gi568815579r:49769920_49976655), 206736 bp

>pF1KE3106 828
>gi568815579r:49769920_49976655 (Chr19)

(complement)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-439  (103354-103739)   100% ->
440-517  (104767-104844)   100% ->
518-687  (104940-105109)   100% ->
688-828  (106596-106736)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTTTGAGGGCGGTGACGGCGCCGGGCCGGCCATGCTGGCTACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTTTGAGGGCGGTGACGGCGCCGGGCCGGCCATGCTGGCTACGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAC         GGCGCGGATGGCGTCGGGGCGCCCCGAGGAGCTGTGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACGTG...CAGGGCGCGGATGGCGTCGGGGCGCCCCGAGGAGCTGTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCCGTGGTGGGGGCCGCTGAGCGCTTCCGGGCCCGGACTGGCACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103392 AGGCCGTGGTGGGGGCCGCTGAGCGCTTCCGGGCCCGGACTGGCACGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGTGCTGCTGACCGCGGCCCCGCCGCCACCACCCCGCCCGGGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103442 CTGGTGCTGCTGACCGCGGCCCCGCCGCCACCACCCCGCCCGGGCCCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCCTATGCTGCCCATGGTCGAGGAGCCCTGGCGGAGGCAGCGCGCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103492 TGCCTATGCTGCCCATGGTCGAGGAGCCCTGGCGGAGGCAGCGCGCCGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCTCCACGACATCGCACTGGCCCACAGGGCTGCCACTGCTGCTCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103542 GCCTCCACGACATCGCACTGGCCCACAGGGCTGCCACTGCTGCTCGGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTGCGCCCCCACCAGCACCACAGCCACCCAGTCCCACACCCAGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103592 CCTGCGCCCCCACCAGCACCACAGCCACCCAGTCCCACACCCAGCCCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCGGCCTACCCTGGCCAGAGAGGACAACGAGGAGGACGAGGATGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103642 CCGGCCTACCCTGGCCAGAGAGGACAACGAGGAGGACGAGGATGAGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGAGACAGAGACCTCCGGGGAGCAGCTGGGCATTAGTGATAATGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103692 CAGAGACAGAGACCTCCGGGGAGCAGCTGGGCATTAGTGATAATGGAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    440        GGCTCTTTGTGATGGATGAGGACGCCACCCTCCAGGACCTTCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103742 G...CAGGGCTCTTTGTGATGGATGAGGACGCCACCCTCCAGGACCTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCCCTTCTGTGAGTCAGACCCCGAGAGTACAGATG         ATGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104810 CCCCTTCTGTGAGTCAGACCCCGAGAGTACAGATGGTG...CAGATGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCTGAGCGAGGAGACCCCCGCCGGCCCCCCCACCTGCTCAGTGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104946 GCCTGAGCGAGGAGACCCCCGCCGGCCCCCCCACCTGCTCAGTGCCCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCTCAGCCCTACCCACACAGCAGTACGCCAAGTCCCTGCCTGTGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104996 GCCTCAGCCCTACCCACACAGCAGTACGCCAAGTCCCTGCCTGTGTCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCCGTCTGGGGCTTCAAGGAGAAGAGGACAGAGGCGCGGTCATCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105046 GCCCGTCTGGGGCTTCAAGGAGAAGAGGACAGAGGCGCGGTCATCAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGAGAATGGGCCG         CCCTCTTCGCCCGACCTGGACCGCATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105096 AGGAGAATGGGCCGGTG...CAGCCCTCTTCGCCCGACCTGGACCGCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCGGCGAGCATGCGCGCGCTGGTGCTGCGAGAGGCCGAGGACACCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106623 GCGGCGAGCATGCGCGCGCTGGTGCTGCGAGAGGCCGAGGACACCCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTCGGGGACCTGCCACGGCCGCGGCTTAACACCAGCGACTTCCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106673 CTTCGGGGACCTGCCACGGCCGCGGCTTAACACCAGCGACTTCCAGAAGC

    850     .    :
    815 TGAAGCGGAAATAT
        ||||||||||||||
 106723 TGAAGCGGAAATAT