seq1 = pF1KE3102.tfa, 807 bp
seq2 = pF1KE3102/gi568815597r_61583439.tfa (gi568815597r:61583439_61825306), 241868 bp

>pF1KE3102 807
>gi568815597r:61583439_61825306 (Chr1)

(complement)

1-352  (100001-100352)   100% ->
353-424  (101523-101594)   100% ->
425-533  (115870-115978)   100% ->
534-625  (124282-124373)   100% ->
626-699  (130537-130610)   100% ->
700-807  (141761-141868)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATATTTTAAAAGGGTCTCCCAATGTGATTCCACGGGCTCACGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATATTTTAAAAGGGTCTCCCAATGTGATTCCACGGGCTCACGGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGAACACGCGAAGAGACGGAACTGGCCTCTATCCTATGCGAGGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGAACACGCGAAGAGACGGAACTGGCCTCTATCCTATGCGAGGTCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAAGAACCTCGCCCTGTTGCCCTTCTCCCTCCCGCTCCTGGGCGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTAAGAACCTCGCCCTGTTGCCCTTCTCCCTCCCGCTCCTGGGCGGAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAAGCGGAAGTGGCGAGAAAGTGTCGGTCTCCAAGATGGCGGCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAAGCGGAAGTGGCGAGAAAGTGTCGGTCTCCAAGATGGCGGCCGCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCGTCTGGTCCGTCTGCTCCGGAGGCCGTGACGGCCAGACTCGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCGTCTGGTCCGTCTGCTCCGGAGGCCGTGACGGCCAGACTCGTTGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTGTGGTTCGTCTCAGTCACTACAGGACCCTGGGGGGCTGTTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTGTGGTTCGTCTCAGTCACTACAGGACCCTGGGGGGCTGTTGCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCGCCGGGGGCGAGGAGTCGCTTAAGTGCGAGGACCTCAAAGTGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCGCCGGGGGCGAGGAGTCGCTTAAGTGCGAGGACCTCAAAGTGGGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AT         ATATTTGTAAAGATCCAAAAATAAATGACGCTACGCAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATATC...CATATATTTGTAAAGATCCAAAAATAAATGACGCTACGCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AACCAGTTAACTGTACAAACTACACAGCTCATG         TTTCCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101562 AACCAGTTAACTGTACAAACTACACAGCTCATGGTA...CAGTTTCCTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTCCAGCACCCAACATAACTTGTAAGGATTCCAGTGGCAATGAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115878 TTTCCAGCACCCAACATAACTTGTAAGGATTCCAGTGGCAATGAAACACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTTACTGGGAACGAAGTTGGTTTTTTCAAGCCCATATCTTGCCGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115928 TTTTACTGGGAACGAAGTTGGTTTTTTCAAGCCCATATCTTGCCGAAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 T         AAATGGCTATTCCTACAAAGTGGCAGTCGCATTGTCTCTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115978 TGTA...CAGAAATGGCTATTCCTACAAAGTGGCAGTCGCATTGTCTCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTTCTTGGATGGTTGGGAGCAGATCGATTTTACCTTGGATACCCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124322 TTTCTTGGATGGTTGGGAGCAGATCGATTTTACCTTGGATACCCTGCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GG         GTTTGTTAAAGTTTTGCACTGTAGGGTTTTGTGGAATTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124372 GGGTG...TAGGTTTGTTAAAGTTTTGCACTGTAGGGTTTTGTGGAATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGAGCCTAATTGATTTCATTCTTATTTCAATGCAG         ATTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 130576 GGAGCCTAATTGATTTCATTCTTATTTCAATGCAGGTA...TAGATTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGACCTTCAGATGGAAGTAGTTACATTATAGATTACTATGGAACCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141767 GGACCTTCAGATGGAAGTAGTTACATTATAGATTACTATGGAACCAGACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TACAAGACTGAGTATTACTAATGAAACATTTAGAAAAACGCAATTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141817 TACAAGACTGAGTATTACTAATGAAACATTTAGAAAAACGCAATTATATC

    850 
    806 CA
        ||
 141867 CA