seq1 = pF1KE3094.tfa, 789 bp
seq2 = pF1KE3094/gi568815597f_228041634.tfa (gi568815597f:228041634_228248457), 206824 bp

>pF1KE3094 789
>gi568815597f:228041634_228248457 (Chr1)

1-196  (100001-100196)   100% ->
197-310  (103878-103991)   100% ->
311-352  (104393-104434)   100% ->
353-449  (105209-105305)   100% ->
450-588  (105773-105911)   100% ->
589-673  (105982-106066)   100% ->
674-759  (106738-106823)   100% ->
760-789  (107032-107061)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGAAGCCAGAAGGAGGAGATTATGCCGCCACAGCAGGGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGAAGCCAGAAGGAGGAGATTATGCCGCCACAGCAGGGAGTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCCAGGAAAGCGGCTGCTGGGGCAGCATGGGAGCCCAGTCCAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTCCAGGAAAGCGGCTGCTGGGGCAGCATGGGAGCCCAGTCCAGGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTCTGGCAGAGACCATTCCGGAACATGGATCTGCGCCGGCGGCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTTCTGGCAGAGACCATTCCGGAACATGGATCTGCGCCGGCGGCTCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGACCTTCCATCTCGGAGCTCCTGTGGAGACCACGTGCCTGGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100151 GAGACCTTCCATCTCGGAGCTCCTGTGGAGACCACGTGCCTGGCAGGTC.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197      GCATGTCGGGCCCCAGGCCTGTGGTGCTGAGCGGGCCTTCGGGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ..CAGGCATGTCGGGCCCCAGGCCTGTGGTGCTGAGCGGGCCTTCGGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGGAAGAGCACCCTGCTGAAGAGGCTGCTCCAGGAGCACAGCGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103923 CTGGGAAGAGCACCCTGCTGAAGAGGCTGCTCCAGGAGCACAGCGGCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGGCTTCAGCGTGTCCC         ATACCACGAGGAACCCGAGGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103973 TTTGGCTTCAGCGTGTCCCGTG...TAGATACCACGAGGAACCCGAGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGGCGAGGAGAACGGCAAAG         ATTACTACTTTGTAACCAGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104415 CGGCGAGGAGAACGGCAAAGGTG...CAGATTACTACTTTGTAACCAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTGATGCAGCGTGACATAGCAGCCGGCGACTTCATCGAGCATGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105230 AGGTGATGCAGCGTGACATAGCAGCCGGCGACTTCATCGAGCATGCCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCTCGGGGAACCTGTATGGCACGAG         CAAGGTGGCGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105280 TTCTCGGGGAACCTGTATGGCACGAGGTG...CAGCAAGGTGGCGGTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCCGTGCAGGCCATGAACCGCATCTGTGTGCTGGACGTGGACCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105788 GGCCGTGCAGGCCATGAACCGCATCTGTGTGCTGGACGTGGACCTGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGTGCGGAACATCAAGGCCACCGATCTGCGGCCCATCTACATCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105838 GTGTGCGGAACATCAAGGCCACCGATCTGCGGCCCATCTACATCTCTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGCCGCCTTCACTGCACGTGCTG         GAGCAGCGGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105888 CAGCCGCCTTCACTGCACGTGCTGGTG...TAGGAGCAGCGGCTGCGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCGCAACACTGAAACCGAGGAGAGCCTGGTGAAGCGGCTGGCTGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105999 GCGCAACACTGAAACCGAGGAGAGCCTGGTGAAGCGGCTGGCTGCTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGCCGACATGGAGAGCA         GCAAGGAGCCCGGCCTGTTTGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106049 AGGCCGACATGGAGAGCAGTG...CAGGCAAGGAGCCCGGCCTGTTTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGGTCATCATTAACGACAGCCTGGACCAGGCCTACGCAGAGCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106761 GTGGTCATCATTAACGACAGCCTGGACCAGGCCTACGCAGAGCTGAAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCGCTCTCTGAG         GAAATCAAGAAAGCTCAAAGGACCGGCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106811 GGCGCTCTCTGAGGTG...CAGGAAATCAAGAAAGCTCAAAGGACCGGCG

    850 
    788 CC
        ||
 107060 CC