seq1 = pF1KE3090.tfa, 780 bp
seq2 = pF1KE3090/gi568815594f_70893836.tfa (gi568815594f:70893836_71126757), 232922 bp

>pF1KE3090 780
>gi568815594f:70893836_71126757 (Chr4)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-207  (104232-104347)   100% ->
208-401  (128532-128725)   100% ->
402-549  (129724-129871)   100% ->
550-665  (131981-132096)   100% ->
666-756  (132830-132920)   100% ->
757-780  (135517-135540)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCCCGCCCAAGAGAAGCTGCCCGTCTTTCTCAGCCAGCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCCCGCCCAAGAGAAGCTGCCCGTCTTTCTCAGCCAGCTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGACCCGCATCAAGAAAATCTCCATCGAAGGGAACATCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GGGGACCCGCATCAAGAAAATCTCCATCGAAGGGAACATCGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGCAGGGAAGTCAACATTTGTGAATATCCTTAAACAATTGTGTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104232 CTGCAGGGAAGTCAACATTTGTGAATATCCTTAAACAATTGTGTGAAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGGAAGTGGTTCCTGAACCTGTTGCCAGATGGTGCAATGTTCAAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104282 TGGGAAGTGGTTCCTGAACCTGTTGCCAGATGGTGCAATGTTCAAAGTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAAGATGAATTTGAG         GAACTTACAATGTCTCAGAAAAATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104332 TCAAGATGAATTTGAGGTA...TAGGAACTTACAATGTCTCAGAAAAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGGGAATGTTCTTCAGATGATGTATGAGAAACCTGAACGATGGTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128557 GTGGGAATGTTCTTCAGATGATGTATGAGAAACCTGAACGATGGTCTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCTTCCAAACATATGCCTGTCTCAGTCGAATAAGAGCTCAGCTTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128607 ACCTTCCAAACATATGCCTGTCTCAGTCGAATAAGAGCTCAGCTTGCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGAATGGCAAGCTCAAAGATGCAGAGAAACCTGTATTATTTTTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128657 TCTGAATGGCAAGCTCAAAGATGCAGAGAAACCTGTATTATTTTTTGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GATCTGTGTATAGTGACAG         GTATATTTTTGCATCTAATTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 128707 GATCTGTGTATAGTGACAGGTA...TAGGTATATTTTTGCATCTAATTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATGAATCTGAATGCATGAATGAGACAGAGTGGACAATTTATCAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129746 TATGAATCTGAATGCATGAATGAGACAGAGTGGACAATTTATCAAGACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCATGACTGGATGAATAACCAATTTGGCCAAAGCCTTGAATTGGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129796 GCATGACTGGATGAATAACCAATTTGGCCAAAGCCTTGAATTGGATGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCATTTATCTTCAAGCCACTCCAGAG         ACATGCTTACATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 129846 TCATTTATCTTCAAGCCACTCCAGAGGTA...TAGACATGCTTACATAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATATATTTACGGGGAAGAAATGAAGAGCAAGGCATTCCTCTTGAATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131996 ATATATTTACGGGGAAGAAATGAAGAGCAAGGCATTCCTCTTGAATATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGAGAAGCTTCATTATAAACATGAAAGCTGGCTCCTGCATAGGACACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132046 AGAGAAGCTTCATTATAAACATGAAAGCTGGCTCCTGCATAGGACACTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 A         AACCAACTTCGATTATCTTCAAGAGGTGCCTATCTTAACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132096 AGTA...CAGAACCAACTTCGATTATCTTCAAGAGGTGCCTATCTTAACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGATGTTAATGAAGACTTTAAAGACAAATATGAAAGTCTGGTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132870 CTGGATGTTAATGAAGACTTTAAAGACAAATATGAAAGTCTGGTTGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :
    756 G         GTCAAAGAGTTTTTGAGTACTTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 132920 GGTA...CAGGTCAAAGAGTTTTTGAGTACTTTG