seq1 = pF1KE3089.tfa, 771 bp
seq2 = pF1KE3089/gi568815593f_64406625.tfa (gi568815593f:64406625_64709249), 302625 bp

>pF1KE3089 771
>gi568815593f:64406625_64709249 (Chr5)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-332  (101087-101253)   100% ->
333-463  (169150-169280)   100% ->
464-611  (188086-188233)   100% ->
612-682  (191741-191811)   100% ->
683-771  (202537-202625)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTCTGCACCGAATGGGCGCAAAAAGCGCCCCAGCCGGTCCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTTCTGCACCGAATGGGCGCAAAAAGCGCCCCAGCCGGTCCACCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCTCGATCTTCCAGATCAGCAAGCCCCCGCTGCAGAGCGGAGATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCTCGATCTTCCAGATCAGCAAGCCCCCGCTGCAGAGCGGAGATTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCGCAGGGGCAGCGGCTCCGAGAGCGCCCACAAAACCCAACGAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCGCAGGGGCAGCGGCTCCGAGAGCGCCCACAAAACCCAACGAGCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGACTGCAAGATG         CTTGTCCAAGAGTTCAACACACAAGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACGACTGCAAGATGGTG...CAGCTTGTCCAAGAGTTCAACACACAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCCTGTACCGAGAGCTGGTCATTTCTATTGGGGATGTCTCGGTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101113 GGCCCTGTACCGAGAGCTGGTCATTTCTATTGGGGATGTCTCGGTCAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCCCTCACTCCGGGCGGAAATGCACAAGACAAGAACCAAAGGCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101163 GCCCCTCACTCCGGGCGGAAATGCACAAGACAAGAACCAAAGGCTGTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGCCCGTCAGGCACACCAAAAATTGGCTGCCATCTCAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101213 ATGGCCCGTCAGGCACACCAAAAATTGGCTGCCATCTCAGGGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCGGAAGATGGTGAGATCCATCCAGAAATCTGTCGGCTTTACATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169150 CCCGGAAGATGGTGAGATCCATCCAGAAATCTGTCGGCTTTACATCCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCAGTGCTGCTTAGAAATGTATACCACAGAGATGCTAAAATCCATATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169200 TGCAGTGCTGCTTAGAAATGTATACCACAGAGATGCTAAAATCCATATGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGCTGGGGTCTCTTCAGTTTCATCGAAAAG         GAAAGGAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 169250 CTGCTGGGGTCTCTTCAGTTTCATCGAAAAGGTA...TAGGAAAGGAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGCGGGGGAACCAAGAGTTTGGATTGCAAAATTGAGGAGAGTGCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188096 TGGCGGGGGAACCAAGAGTTTGGATTGCAAAATTGAGGAGAGTGCTGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CACCTGCCCTAGAAGACTCCTCATCATCCCCCGTAGATAGTCAGCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188146 CACCTGCCCTAGAAGACTCCTCATCATCCCCCGTAGATAGTCAGCAACAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCTGGCAGGTTTCCACAGACATTGAGAACACTGAAAG         AGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 188196 TCCTGGCAGGTTTCCACAGACATTGAGAACACTGAAAGGTA...CAGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATGAGAGAAATGAAAAACCTTTTAAGCAAACTCAGGGAAACTATGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191744 CATGAGAGAAATGAAAAACCTTTTAAGCAAACTCAGGGAAACTATGCCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TACCATTGAAAAATCAAG         ATGACAGCAGCCTTCTGAATCTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 191794 TACCATTGAAAAATCAAGGTG...CAGATGACAGCAGCCTTCTGAATCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACTCCCTACCCCCTGGTGAGAAGACGGAAGAGAAGGTTCTTTGGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202560 ACTCCCTACCCCCTGGTGAGAAGACGGAAGAGAAGGTTCTTTGGGCTGTG

    800     .    :    .
    756 TTGTCTCATCTCAAGC
        ||||||||||||||||
 202610 TTGTCTCATCTCAAGC