seq1 = pF1KE3088.tfa, 645 bp
seq2 = pF1KE3088/gi568815586f_26854159.tfa (gi568815586f:26854159_27064730), 210572 bp

>pF1KE3088 645
>gi568815586f:26854159_27064730 (Chr12)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-253  (102385-102502)   100% ->
254-396  (103443-103585)   100% ->
397-510  (109184-109297)   100% ->
511-645  (110438-110572)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTGCACAATTGAGAAGGCACTTGCCGACGCTAAAGCTCTTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTTGCACAATTGAGAAGGCACTTGCCGACGCTAAAGCTCTTGTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGATTAAGAGATCATGACGATGCAGCAGAATCTCTGATTGAGCAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGATTAAGAGATCATGACGATGCAGCAGAATCTCTGATTGAGCAAACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCTCTCAACAAGCGAGTAGAAGCCATGAAACAG         TATCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 CAGCTCTCAACAAGCGAGTAGAAGCCATGAAACAGGTT...TAGTATCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGAAATTCAAGAACTTAATGAAGTCGCGAGACATCGGCCACGGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102391 GAAGAAATTCAAGAACTTAATGAAGTCGCGAGACATCGGCCACGGTCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTAGTTATGGGAATCCAGCAAGAAAACAGACAAATCAGAGAGTTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102441 GTTAGTTATGGGAATCCAGCAAGAAAACAGACAAATCAGAGAGTTGCAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGAAAACAAAG         AATTACGTACATCTCTGGAAGAACATCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102491 AAGAAAACAAAGGTA...TAGAATTACGTACATCTCTGGAAGAACATCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGGCCTTGGAACTTATAATGAGCAAGTACCGAGAACAAATGTTTAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103472 TCGGCCTTGGAACTTATAATGAGCAAGTACCGAGAACAAATGTTTAGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTAATGGCTAGCAAAAAAGATGATCCGGGTATAATAATGAAGTTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103522 GCTAATGGCTAGCAAAAAAGATGATCCGGGTATAATAATGAAGTTAAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCAGCACTCCAAG         GAACTGCAAGCACATGTTGACCAGATA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103572 AGCAGCACTCCAAGGTA...CAGGAACTGCAAGCACATGTTGACCAGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTGAAATGGCAGCAGTAATGAGGAAAGCCATTGAAATTGACGAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109211 ACTGAAATGGCAGCAGTAATGAGGAAAGCCATTGAAATTGACGAGCAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGTTGCAAGGAACAAGAACGAATATTTCAACTTGAA         CAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109261 GGGTTGCAAGGAACAAGAACGAATATTTCAACTTGAAGTA...TAGCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAACAAAGGCTTGAGAGAGATCCTTCAAATAACTCGAGAATCATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110442 AAAACAAAGGCTTGAGAGAGATCCTTCAAATAACTCGAGAATCATTTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACCTAAGGAAAGATGATGCGTCGGAAAGTACTTCTTTGTCAGCATTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110492 AACCTAAGGAAAGATGATGCGTCGGAAAGTACTTCTTTGTCAGCATTAGT

    650     .    :    .    :    .    :
    615 GACCAACAGTGATTTGAGTCTGAGGAAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 110542 GACCAACAGTGATTTGAGTCTGAGGAAGAGC