seq1 = pF1KE3078.tfa, 714 bp
seq2 = pF1KE3078/gi568815586f_64510633.tfa (gi568815586f:64510633_64794909), 284277 bp

>pF1KE3078 714
>gi568815586f:64510633_64794909 (Chr12)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-219  (174155-174262)   100% ->
220-457  (177584-177821)   100% ->
458-567  (180838-180947)   100% ->
568-714  (184131-184277)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAGCGGCTACAGCAGCCTGGAGGAGGACGCCGAGGACTTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCAGCGGCTACAGCAGCCTGGAGGAGGACGCCGAGGACTTCTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGCCAGGACCTCCTTCTTCAGGAGAGCGCCCCAGGGCAAGCCCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCGCCAGGACCTCCTTCTTCAGGAGAGCGCCCCAGGGCAAGCCCCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGCCAACAA         GATGTTGAGAAAGAGAAGGAAACCCACAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGCCAACAAGTG...TAGGATGTTGAGAAAGAGAAGGAAACCCACAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCTCAGCAAAGAGGAGATCAAAGAGAAAGTTCATAAATACAACTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174185 TACCTCAGCAAAGAGGAGATCAAAGAGAAAGTTCATAAATACAACTTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTCACAGACAAGTTGAAGATGACCTTG         AATTCAAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 174235 AGTCACAGACAAGTTGAAGATGACCTTGGTA...CAGAATTCAAATGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTTACACTGGCTTCATTAAAGTACAGATGGAACTCTGCAAACCTCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177597 TTTACACTGGCTTCATTAAAGTACAGATGGAACTCTGCAAACCTCCACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTTCTCCAAATTCTGGAAAACTCTCTCCCAGTAGCAATGGCTGTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177647 ACTTCTCCAAATTCTGGAAAACTCTCTCCCAGTAGCAATGGCTGTATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACACTTCATATCAGCAGCACAAACACTGTCGGGGAAGTGATCGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177697 TACACTTCATATCAGCAGCACAAACACTGTCGGGGAAGTGATCGAGGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGCTCAAAAAGTTTCTCGTGACTGAGAGCCCTGCCAAGTTTGCACTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177747 TGCTCAAAAAGTTTCTCGTGACTGAGAGCCCTGCCAAGTTTGCACTTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGCGTTGTCACAGGGAAGACCAAG         TCTACGCCTGCAAGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 177797 AAGCGTTGTCACAGGGAAGACCAAGGTA...CAGTCTACGCCTGCAAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCAGACCGGGAACATCCACTCTACCTGCGTTTGGTAGCAGGGCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180854 CTCAGACCGGGAACATCCACTCTACCTGCGTTTGGTAGCAGGGCCCAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGACACACTTAGTTTTGTTCTTCGTGAACATGAAATTGGAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 180904 CAGACACACTTAGTTTTGTTCTTCGTGAACATGAAATTGGAGAGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568    TGGGAAGCCTTCAGCCTTCCAGAACTACAGAATTTCTTGCGCATCTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184128 CAGTGGGAAGCCTTCAGCCTTCCAGAACTACAGAATTTCTTGCGCATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGACAAGGAAGAAGATGAACAGCTGCAGAACCTGAAGAGGCGCTACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184178 GGACAAGGAAGAAGATGAACAGCTGCAGAACCTGAAGAGGCGCTACACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTACAGGCAGAAGCTGGAAGAAGCCCTCCGTGAGGTGTGGAAGCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184228 CCTACAGGCAGAAGCTGGAAGAAGCCCTCCGTGAGGTGTGGAAGCCTGAT